ENCODE勉強会( #encodejp )午前の部
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Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「125種類のヒト細胞について DNase I-Seqとヒストン修飾ChIP-Seq」「290万個のDHSを同定95%が遺伝子間・イントロンに存在．細胞特異的なDHSはイントロンや遺伝子間のDHSではかなりある．」 #encodejp-03
2012-09-29 10:32:36
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
#encodejp-03 「113622個のプロモータ領域を同定する．DHSとヒストン修飾の位置関係（TSS前にDHS，H3K4me3がTSSの後ろに）はかなり安定して観察される」
2012-09-29 10:35:11
りふる
@seirefl
DNAのメチル化が受動的であるということとさっきちらっと言ったがん細胞株で異常なメチル化が起こっていることに関係性はあるのかなあ？ #encodejp-03
2012-09-29 10:36:45
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
次は小田真由美さんによる「An expansive human regulatory lexicon encoded in transcription factor footprints」 #encodejp-04
2012-09-29 10:39:48
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「保存性の高い領域，実際の転写因子結合と強く発現している，転写因子ChIP-Seqのタグ数が多いほど，DNase I-Seqはタグが少ない．」 #encodejp-04
2012-09-29 10:43:23
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「footprintではDNAメチル化しづらい」「footprintの形と転写因子の立体構造が関連しているように見える→footprintの形から転写因子のDNA結合様式を推定できるかも」 #encodejp-04
2012-09-29 10:44:53
Wataru IWASAKI
@iwasakiw
転写因子の立体構造とfootprintのパターンが関係するってのは面白いですね（面白すぎるぐらいですね）。 #encodejp-04
2012-09-29 10:45:14
ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧
@dritoshi
転写因子の立体構造とDNA結合量のプロファイルの関係、熱いな。バイオインフォの新しい課題になるかも #encodejp-04
2012-09-29 10:45:50
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「footprintからDNAに直接/間接的に結合する転写因子を見分けられるかを検証．footprintとChIP-peakとmotifは直接結合．ChIP peakだけだとindirectt，など」 #encodejp-04
2012-09-29 10:46:49
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「footprintを使って細胞特異的なモチーフを探す．683のモチーフ．そのうち289が新規．」 #encodejp-04
2012-09-29 10:49:00
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「細胞特異的な未知のモチーフに結合する因子を探す．細胞選択的なプロモータの遠位に存在することなど．新たな制御配列．DNase-Seqがdeepになるほど，footprintは出てくる」 #encodejp-04
2012-09-29 10:51:22
naka-take
@Yuhki_Nakatake
未知のmotifを配列のconservationのみでscreening→細胞種の特異性→結合因子の予想、と通常と逆のアプローチ #encodejp-04
2012-09-29 10:51:25
ʕ•ᴥ•ʔ
@mymod_pf
うまく説明できなかったのですが、DHSとfootprintは炙れば炙るほど出てくる様子。かなり動的な結合因子のturn overを想像させるもので大変興味深いものでした。 #encodejp-04 やってみよかな… ^^
2012-09-29 10:59:24
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
次は脇和規さんの「Architecture of the human regulatory network derived from ENCODE data」 #encodejp-05
2012-09-29 10:52:48
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「119個のTFについて5個の細胞株でChIP-Seq，および，siRNAで転写因子をKDしたRNA-Seq」 #encodejp-05
2012-09-29 10:53:30