デジタルPCRの原理とアプリケーション、新製品QuantStudio™ 3D デジタルPCRシステムのご紹介

PCR 産物のゲル電気泳動を第一世代、リアルタイムPCRによる定量的PCRを第二世代とすると、デジタルPCRの革新的な手法は第三世代といえます。この新技術、デジタルPCRの原理とアプリケーション例、新製品QuantStudio™ 3D デジタルPCRシステムについて、ライフテクノロジーズジャパンの中の人 (@LifetechJPN) がご紹介します!
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サーモフィッシャーサイエンティフィック @ThermoFisherJP

新製品のデジタルPCRのプロモーションを開始して以来、「デジタルPCRの原理って何?」「dPCRとqPCRの違いは?」などといったお問い合わせが増えて来ましたので、ここでデジタルPCRの原理と弊社の新製品についてご説明します!連続ツイートです!

2013-01-24 13:55:59

デジタルPCRとは

サーモフィッシャーサイエンティフィック @ThermoFisherJP

#DigitalPCR (1) デジタルPCRとは、「対象サンプルを1ウェル当たり1分子になるように多くのウェルに分配して、個別にPCRを行うことで、各ウェルでの"増幅の有無"を検出し、シグナルのあるウェルの数をターゲットのコピー数として直接的に算出する方法」です。

2013-01-24 13:57:25
サーモフィッシャーサイエンティフィック @ThermoFisherJP

#DigitalPCR (2) はじめにqPCRとデジタルPCRでの定量方法の違いについて。qPCRは対象サンプルの濃度を知るために、別に用意した検量線と同時に比較し、検量線から算出された数値をもとに対象サンプルの濃度を求める方法です。 http://t.co/Tl4Hi48Q

2013-01-24 14:00:21
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サーモフィッシャーサイエンティフィック @ThermoFisherJP

#DigitalPCR (3) 現在多くの研究分野で多用されており、低濃度から高濃度までの幅広いレンジでの定量に適しています。しかし、サイクル数から間接的に対象サンプルの濃度を推定する事と、低発現領域における微量な変化に関しては、技術的な限界が生じてしまいます。

2013-01-24 14:02:01
サーモフィッシャーサイエンティフィック @ThermoFisherJP

#DigitalPCR (4) デジタルPCRは多くのウェルにサンプルを分配し、それぞれのウェルで個別にPCRを行います。ターゲットの含まれるウェルでは蛍光シグナルを得ることができ、ターゲットを含まないウェルではシグナルは得られません。 http://t.co/Jei2aEbG

2013-01-24 14:04:26
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サーモフィッシャーサイエンティフィック @ThermoFisherJP

#DigitalPCR (5) 例えば、1000個のウェルでシグナルが得られた場合は、およそ1000コピーあった事を意味し、対象サンプルの濃度に関して、統計処理を含めた直接的な推定ができます。

2013-01-24 14:06:01
サーモフィッシャーサイエンティフィック @ThermoFisherJP

#DigitalPCR (6) また、低発現領域、例えば、100コピーと120コピーのような微量な差に関しての比較で威力を発揮することが特徴として挙げられます。

2013-01-24 14:07:49

新製品 QuantStudio™ 3D デジタルPCRシステム

サーモフィッシャーサイエンティフィック @ThermoFisherJP

#DigitalPCR (7) 弊社の新製品 QuantStudio™ 3D デジタルPCRシステムは、対象のサンプルと試薬を混合し、専門の使い捨てチップにロードして"ふた"をすることで、およそ1分間で準備が完了します。 http://t.co/MvBa1J3Y

2013-01-24 14:09:50
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サーモフィッシャーサイエンティフィック @ThermoFisherJP

#DigitalPCR (8) 次にPCR装置で増幅を行い、蛍光読み取り装置で蛍光シグナルを検出して解析します。PCR装置では"一度に"最大24枚のチップの反応が可能で、蛍光リードにかかる時間もチップ1枚当たり1分間とシンプルなワークフローでデジタルPCRを提供します。

2013-01-24 14:12:10
サーモフィッシャーサイエンティフィック @ThermoFisherJP

#DigitalPCR (9) デジタルPCRのアプリケーションとして、癌関連遺伝子のレアバリアント検出、病原性微生物遺伝子の検出、ChIPのターゲット配列の定量、次世代シーケンサにおけるライブラリのQC確認等が挙げられます。 http://t.co/nw1EWmql

2013-01-24 14:17:18
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サーモフィッシャーサイエンティフィック @ThermoFisherJP

#DigitalPCR (10) 以上のことから、QuantStudio™ 3D デジタルPCRシステムは、シンプルなワークフローと拡張性を持たせたチップフォーマットで提供された新しいデジタルPCRシステムといえます。 http://t.co/AGoW14Bh

2013-01-24 14:21:48
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2013年3月29日までキャンペーン中なので宣伝。

サーモフィッシャーサイエンティフィック @ThermoFisherJP

#DigitalPCR (11) この新しいデジタルPCRが、QuantStudio™ 3D本体、GeneAmp 970、1年保証付きで今ならなんと! 480万円でご提供いたします!!! http://t.co/XG4dRFm3

2013-01-24 14:23:56

で、最後の最後で間違える。

サーモフィッシャーサイエンティフィック @ThermoFisherJP

GeneAmp 970 って何だ…orz GeneAmp 9700の間違いです。。。

2013-01-24 14:24:52

ランニングコストについて

腰痛先生… oʇoɯɐʞo ɐɹıʞɐ @yoh2

@LifetechJPN 勉強になりました! ちなみに消耗品というか、ランニングコストはいくらくらいなんですか? チップとか試薬とか…。

2013-01-24 16:03:00
サーモフィッシャーサイエンティフィック @ThermoFisherJP

@yoh2 まだ確定ではないのですが、チップとMasterMix試薬で約600円程度、それに別途プローブ代を合わせても、1サンプル当たり1,000円以内を考えています。qPCRと比較して検量線を書かないので、その分のコストがかかりません。

2013-01-24 16:11:57
腰痛先生… oʇoɯɐʞo ɐɹıʞɐ @yoh2

@LifetechJPN チップそんなに安いんですか!? 超スゴい!

2013-01-24 16:13:14

解説動画も公開

サーモフィッシャーサイエンティフィック @ThermoFisherJP

デジタルPCRの原理についての解説動画ができました! ぜひ見てください! | QuantStudio™ 3DデジタルPCR - デジタルPCRとは?-YouTube http://t.co/MlR6UcFa

2013-02-08 14:03:09