XDSの方がdensity改善した話からの派生

やはりXDS使ったほうがいいご時世?
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K. Yam @yam_cpp

@cuemolnohito 今いくつか漁ってみると,1/d^3も,1/d^2も,どっちも見かけますね.その使い分けのポイントを是非知りたいところですが..

2013-02-04 00:02:10
K. Yam @yam_cpp

@cuemolnohito @timasaki 昔,ダウンロードして(軽ーく)見てみた限り,論文で謳っているような機能は無かったように思います.(誰か作者に連絡を..

2013-02-04 00:03:02
kiyoshikanata @kkanata

XDSでいいことあるんかー(ログあさり中

2013-02-04 00:06:51
きゅうもるの中の人 @cuemolnohito

@yam_cpp truncateのlogはwilson plotを含めて大概は1/d^2になってますね.よく分からんです.

2013-02-04 00:08:33
kiyoshikanata @kkanata

やっぱ面倒くさがらず両方やった方がいいか…….HKLのスポットサイズ調整の理屈がよう分からんし..

2013-02-04 00:08:45
K. Yam @yam_cpp

@kkanata overlapしない限りできるだけ広げたほうが良いのかなあとか思ってましたが,どうなんでしょうね.

2013-02-04 00:12:22
ima3 @timasaki

@kkanata @yam_cpp わたしもとにかく大きく、が良いと思ってますw

2013-02-04 00:12:52
kiyoshikanata @kkanata

@timasaki @yam_cpp やはり大きい方がSN比が上がるってことで?

2013-02-04 00:13:26
ima3 @timasaki

ちゅうかカメラ距離遠くてもざくも高いとデフォルトだとサイズが小さすぎる >HKL

2013-02-04 00:13:49
ima3 @timasaki

@kkanata @yam_cpp 大きいほうがスポットちゃんとカバーできるから?私の場合、今まで汚いスポットの結晶が多かったので

2013-02-04 00:15:51
kiyoshikanata @kkanata

@timasaki @yam_cpp 楕円形の調節とかしたことあります? 

2013-02-04 00:16:41
ima3 @timasaki

@kkanata @yam_cpp 楕円は方位によって流れる向きが変わるので無駄だと思ってやってません

2013-02-04 00:17:27
きゅうもるの中の人 @cuemolnohito

@timasaki @kkanata @yam_cpp 2passになっても良いから自動でやってほしいような希ガス...

2013-02-04 00:17:37
K. Yam @yam_cpp

@kkanata @timasaki あの楕円ってやっぱり同じ方向のしか定義できないんですかね.だとしたら使えるケースなんて殆ど無さそうですね…

2013-02-04 00:18:40
kiyoshikanata @kkanata

@timasaki @yam_cpp 言われてみるとそうですねえ……無駄機能?

2013-02-04 00:18:47
きゅうもるの中の人 @cuemolnohito

@timasaki @kkanata @yam_cpp 全く同意.方位が変わると流れる向きも変わるので,そういう意味ではあんま利用価値のないパラメータですね.(結晶の乗せ方によっては変わらないケースもあるのかもしれませんが)

2013-02-04 00:19:02
ima3 @timasaki

@cuemolnohito @yam_cpp @kkanata 楕円を自動で修正して欲しいっす。ver up のたびにいつも思ってた

2013-02-04 00:19:30
きゅうもるの中の人 @cuemolnohito

@yam_cpp @kkanata @timasaki ただ,数枚ずつとか処理して,それで角度・扁平度と半径とか決めて,数枚ごとにパラメータを変えて処理するようなスクリプトを作ってやったら使えるかも...(だれもそんなんやらんか

2013-02-04 00:21:11
ima3 @timasaki

@cuemolnohito @yam_cpp @kkanata 気合と根性っすねw。でも GPCR の人たちってこういうのやってたりするんですかね?

2013-02-04 00:22:15
K. Yam @yam_cpp

@cuemolnohito @kkanata @timasaki それでも,写真中の全ての反射に対して同一の形状を仮定したら,やっぱり上手くいかない気がしますが..XDSの,全てのピクセルを逆空間中で一番近い反射に帰属させるpixel-labellingは素敵です.

2013-02-04 00:24:24
kiyoshikanata @kkanata

@timasaki @cuemolnohito @yam_cpp GPCRの解析の話は、たまに現実的に考えて本当にやったのかって話が出てくるから怖いです。。。

2013-02-04 00:25:14
きゅうもるの中の人 @cuemolnohito

@yam_cpp @kkanata @timasaki なんとそんなことやってんすね.すごい...

2013-02-04 00:26:40
ima3 @timasaki

@yam_cpp @cuemolnohito @kkanata 流れてる反射は XDS強そうですね

2013-02-04 00:27:13
K. Yam @yam_cpp

@timasaki @cuemolnohito @kkanata MOS/HKL/XDSの中ではXDSが強いと思いますが,そもそもEwald球上でのプロファイルが同一である前提なので,その辺をちゃんと考慮したプログラムの方が良い結果になるだろうなとは思います(EVAL15?

2013-02-04 00:32:18