XDSの方がdensity改善した話からの派生

きゅうもるの中の人 @cuemolnohito

うほっXDSで処理したらHKL2000より明らかにdensityが良くなったｗｗ

K. Yam @yam_cpp

@cuemolnohito なんと！どのくらいですか！？

きゅうもるの中の人 @cuemolnohito

@yam_cpp 見えてなかった側鎖や機能的に重要な水が見えてきたりしてますよ．

K. Yam @yam_cpp

@cuemolnohito それは何とも大きな違いですね…！HKLでの処理は，あまりうまく行ってない感じがしていたとかですか？分解能は同じ所で切っているのでしょうか？

きゅうもるの中の人 @cuemolnohito

@yam_cpp 使用イメージ，分解能範囲ともに同じ条件なので，純粋にプログラムの違いによる差のようです．

K. Yam @yam_cpp

@cuemolnohito なるほど．．有難うございます．ちなみに，データ処理の統計値（I/σ, R値等）はどちらのほうが良く見えているでしょうか？

きゅうもるの中の人 @cuemolnohito

@yam_cpp 最外殻HKL2000: I/sigI=0.98, R= ???(>100)で，一方XDS: I/sigI=0.70 R=206.7%でした．（分解能を頑張りすぎている感はありますが．．．）I/sigIだけ見るとHKL2000の方が良さげに見えますね．

きゅうもるの中の人 @cuemolnohito

@yam_cpp Rwork/Rfreeは（まったく同じ条件パラメタで）XDSの方が下がっているところを見ると，何かしら良くはなっているようです．

K. Yam @yam_cpp

@cuemolnohito わざわざ有難うございます．I/σはHKLとXDSでerror modelが違うので，厳密な比較はちょっと難しいところですよね．どちらにせよ，データ処理後の統計値では「データの正しさ」の判断が難しく，精密化で確認するべきというのは正しいんでしょうね．

きゅうもるの中の人 @cuemolnohito

@yam_cpp 確かにその通りですね．あと，話がずれますがCORRECT.LPのstatのテーブルの分解能シェルの分割の仕方って，どういう基準になってるんでしょうか？

ima3 @timasaki

@yam_cpp @cuemolnohito HKLで汚い反射の場合、スポットサイズをいじるとinetensity 見積もりが良くなり、電子密度も非常に良くなった経験があるのですが、その可能性というのはどうでしょう？

きゅうもるの中の人 @cuemolnohito

@timasaki @yam_cpp 両者とも，デフォルトパラメータでどうなるか？という比較実験でした．なのでスポットサイズはいじっていません．なのでそこらへんも最適化すればHKLもよくなる可能性はあると思います．

ima3 @timasaki

@cuemolnohito @yam_cpp 理解しました。

K. Yam @yam_cpp

@cuemolnohito CORRECT.LPのmerged <I/σ> >= -3のテーブルですか？1/d**2の範囲を9分割しているはずです．

K. Yam @yam_cpp

@cuemolnohito @timasaki たしかに，スポットサイズは結構重要なパラメータですよね．この辺りを色々変えた比較をやりたいとは思ってるんですが，HKLでパラメータ振るのって面倒くさいんですよね．．

K. Yam @yam_cpp

@cuemolnohito さっきはすっかり忘れてましたが，HKLだと1/d**3をn分割するので，最外殻と言っても範囲は違ったりするんですよね．unmergedで吐かせてphenix.merging_statisticsとかに掛けないと同じ基準での比較すらできないですねorz

きゅうもるの中の人 @cuemolnohito

@yam_cpp @timasaki 確かに最もベストなパラメータでどちらが良いか？という比較の方が良いですね．（ただ両方のプログラムを極めてない自分には難しい．．．）

きゅうもるの中の人 @cuemolnohito

@yam_cpp なるほど，1/d^2と1/d^3の違いですか．反射数がだんだん変わっているので何でかな？と．しかし何で1/d^2になってるんでしょうか．（直観的に考えると反射数をshell毎に揃えた方が良いような気がしますが．．．）

K. Yam @yam_cpp

@cuemolnohito @timasaki 実際問題としてはデフォルトで良い結果を出してくれる方が嬉しいんですけどね．比較は興味深いですが．HKLも自動処理があると良いんですけど…（「公開」されてるやつは無いという認識ですが，探せばあるんでしょうか

ima3 @timasaki

@yam_cpp @cuemolnohito HKLは自動処理を目指していない気がする・・。派生で shelx とかと組ませた HKL3000 とかありますけどね

K. Yam @yam_cpp

@cuemolnohito 何故かは聞いたこと無いです…Wilson plotとの対応でという理由くらいしか思いつかないのですが…．Scalaも1/d^2で切ってたと思います．

K. Yam @yam_cpp

@timasaki @cuemolnohito denzo+scalepackを自動でパラメータ調整しながら流す非公式スクリプトが世に出てても良いと思うんですが…MOSFLMやXDSは結構ありますし．

きゅうもるの中の人 @cuemolnohito

@yam_cpp なるほど...そういわれると，確かに1/d^2が横軸になっているプロットの方が多いような気がしてきましたｗ

ima3 @timasaki

@yam_cpp @cuemolnohito 非公式スクリプトが無いのは何故でしょうね？HKLが商利用を目指してて閉鎖的？

きゅうもるの中の人 @cuemolnohito

@timasaki @yam_cpp pyHKL(http://t.co/dM9llNXK)というのが過去のyamさんのツイートにありましたがどうでしょう．（だれか試用レポを．．．）