タンパク質からの核酸除去まとめ

核酸結合タンパク質と闘う術。誰でも編集可です。
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Ryorishu @ryorishu

タンパクからの核酸除去が案外面倒な気がする

2013-09-25 11:40:01
ima3 @timasaki

@ryorishu high salt wash でもだめ?

2013-09-25 11:41:31
Ryorishu @ryorishu

@timasaki とりあえず1M NH4Clではダメでした

2013-09-25 11:42:28
ima3 @timasaki

@ryorishu それってどれくらいのconductivity? 1M NaCl より上?

2013-09-25 11:43:26
Ryorishu @ryorishu

@timasaki おそらく同程度か上なような気がします。一応0.5M NaCl中でゲルろ過とかもしてみましたが効果はあまり無しってなかんじです。

2013-09-25 11:47:11
ima3 @timasaki

@ryorishu 常道はaffinity-tag でレジンにトラップしてhigh salt でガシガシwashですがそれでもとれないならそのまま結晶化ですかね?Ago2とかとれないからそうやったみたいですし

2013-09-25 11:50:20
Ryorishu @ryorishu

@timasaki そのまんま結晶化とかあるんですね。ちょい長めの核酸ぽいのでとりあえずDNase、RNaseあたりで処理しようかと。。

2013-09-25 11:53:10
ima3 @timasaki

@ryorishu そのまま結晶化の場合 RNase 処理したかとかよく覚えていないので詳細は論文読んでください

2013-09-25 11:54:42
酵母の中の酵母 @Beer_yeast

@ryorishu @timasaki Benzonaseがオススメです。DNA、RNA、どんな形でも切ります http://t.co/JxlFdCuedw

2013-09-25 11:58:57
torusengoku💙💛 @torusengoku

@Beer_yeast @ryorishu @timasaki 私はturbo nucleaseを使うかニッケル樹脂上で2 M NaClを試します

2013-09-25 12:04:07
takanzai @takanzai

PEIを使っていたことがあるな

2013-09-25 12:09:25
takanzai @takanzai

NMRでは問題なかったが、結晶化には向かないかも

2013-09-25 12:10:20
酵母の中の酵母 @Beer_yeast

核酸除去にも色々方法あるな

2013-09-25 12:09:00
ima3 @timasaki

ストレプトマイシンで除核酸処理してたこともあったな。DNA結合タンパク、タグ無し

2013-09-25 12:13:53
hide_hdb @hide_hdb

硫酸プロタミンも使ってたな…

2013-09-25 12:25:17
torusengoku💙💛 @torusengoku

@hide_hdb @timasaki @Beer_yeast ストレプトマイシンはいろんな核酸への親和性があるんでしょうかねえ。そもそも23S RNAにくっついて働く抗生物質なので

2013-09-25 13:03:49
baramonia @baramonia

@timasaki @torusengoku @hide_hdb @Beer_yeast ヘパリンカラムもたまに効きますね。後はゲルろ過の後イオン交換すると取れたことも。

2013-09-25 13:08:16
baramonia @baramonia

@timasaki @torusengoku @hide_hdb @Beer_yeast 間違えました、ゲルろ過後にハイドロキシアパタイト

2013-09-25 13:12:43
torusengoku💙💛 @torusengoku

@hide_hdb @baramonia @timasaki @Beer_yeast 我々はヘパリンカラムを核酸結合タンパク質の精製によく使います。ヘパリンは硫酸基がついた糖なので核酸の糖リン酸バックボーンと構造的に似ているからかなと。コンタミ核酸との競合も期待できますね

2013-09-25 13:43:10