構造生物学者による四方山話 ～君の宝刀は～
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@timasaki
single protein => function だと研究しやすいけど multi-protein => function だと構造情報ないとどうにも研究できない、と最近よく思う
2012-01-11 23:40:27
ima3
@timasaki
@kun32xu むかし鶴田さんとコラボでやったことがあります。でもコンフォメーション変化が激しいタンパクなのでか、よく分からない sax model が出てきました。タンパクは Y の形をしているはずが model はハンペンみたいな形
2012-01-11 23:45:00
ひ○たく
@kun32xu
@timasaki おぉ鶴田さんとやってたのね。こないだAk山さんと飲みにけーしょんしてたら、「構造の妥当性の指標がないのがつらい<SAX」いうてたな、まさに。EMか。ステインでもそれなりにネイティブな相互作用は見えるもの？というかそこにもってく調製が難しくないん？
2012-01-11 23:51:25
Naoki Sakai
@nsakaii
@kun32xu @timasaki negative stainが妥当な構造かどうかって議論はどうなってるんだっけ？ @hshigema
2012-01-11 23:53:14
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@timasaki
@kun32xu Ak山さん、お元気でした (スペインで初めてお会いした)？やはり一つの手法のみで構造を語るのは低分解能だと厳しいでしょう。EM と組み合わせるのはひとつの手かと。EM と SAX 両方で同じ構造だったら結構皆信じざるを得ない
2012-01-11 23:53:49
ima3
@timasaki
@hshigema 独立できたらぜひぜひｗ。でっかい蛋白質発現に関しては任せてくださいｗ。現在 expression の手法開発もやっており、結構いい感じです
2012-01-11 23:54:54
shige
@hshigema
@timasaki とりあえずの全体構造から始める、サブユニット欠損でどこか調べるならGrafixもいいよ。あとは抗体ラベルのネガステね。君の研究とEMは相性がいいw もちろんSAXもいいけどねwww
2012-01-11 23:55:59
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@timasaki
@nsakaii 私がコラボレーたから聞いた少ない情報では、蛋白質によってはステインで形が変わる、とのこと。ちなみに Mediator Head module は結晶構造、negative stain 構造、ほぼ同じでした
2012-01-11 23:56:27
ひ○たく
@kun32xu
@timasaki 間違いない。Ak山さん相変わらず気鋭って感じで元気よｗ EM & SAXってのは今後どんどん組み合わさるんかなぁ。SAXは放射光施設ではかなり盛り返しているような気がするので、ダミーアトムモデル以降かなり力入ってきてるんかなという印象がある。
2012-01-11 23:58:46
Naoki Sakai
@nsakaii
@hshigema @timasaki まさにその辺を知りたかったのです。結晶と溶液のようにEMでも仰るようなコンセンサスがあるということなんですね（でいいのかな？）
2012-01-12 00:03:34
ima3
@timasaki
@kun32xu やはりモデルが作れるようになったのはでかいですよね。EM との組み合わせ以外にはやはり biochemistryでしょうね。3つ以上の手法で同じ結果が出たらかなりの説得力
2012-01-12 00:03:53
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@timasaki
@nsakaii @hshigema あとは高速 AFM ・・・。私の言った構造の変形はネガティブすていんで見た時と cryo で見た時で構造に差がある、といった話でした。言葉足らずで申し訳ないです
2012-01-12 00:06:49
shige
@hshigema
@nsakaii @timasaki cryoEMとネガステでは見てるものが違う。前提は前述のこと。なので染色剤の粒の大きさが分解能の限界。それからネガステは乾かすのでいくら染色剤に埋めてても構造変化があることがある。フラットニングとか。いろいろやってるけど、まちまちorz
2012-01-12 00:07:18