2013年度・第176回農林交流センターワークショップ〈分子系統学の理論と実習〉ツイートまとめ

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws **** は阿呆である．（オフレコ）

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws 距離行列法には未来がある．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws 【質問】距離行列の評判の悪さに反論するには？／【回答】頑健性あり！　どーだ！

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws お昼ごはん〜♫•*¨*•.¸¸♪

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws 午後は伊藤剛さんの講義＆実習「ゲノム情報の探索と配列のアラインメント」から始まる．暖かい昼下り，正午の気温は18.5度まで上がってきた．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws DDBJ と UniProt に接続ちう．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws _･) ｡oO (睡魔が来たりて笛を吹く)

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws _･) ｡oO (Nessun dorma)

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws ClustalW と MAFFT によるアラインメント実習．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws 作業用パスからすべてのマルチバイト文字を撲滅せよ．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws 多重アラインメントの配列本数が多ければ（数千本サイズ） MAFFT の方が ClustalW よりもさくさく早い．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws SeaView http://t.co/WvvhNO1DZD を用いて配列エディット．ClustalW はアンドゥーできないので要注意．めんどくさい配列は最初から相手にしないというオトナの態度．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws ClustalW の系統樹はよろしくない．Plant Cell 誌は投稿規定に ClustalW-tree はダメと書いている．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws アラインメント法や系統推定法をいろいろ変更してみてもそんなに大きなちがいはない．データを良くする努力が実は大事だ．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws 良質のデータと良質のアラインメントが良質の系統樹をもたらす．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws tree-building と alignment の循環論法は否定できない．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws _･) ｡oO (アラインメントと系統樹の「同時推定」しか循環性の回避策はないだろう)

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws アートですなあ．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws アラインメントの相互比較は客観的には不可能である．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws TMRセンセ，ご登場．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws ちょいと一休みなう．

Naoki TAKATA (高田 直樹) @naotak96

#176ws 「分子系統学の理論と実習」に参加中。

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws 田村浩一郎さんの講義「MEGA5を用いた分子系統解析」始まりました．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws 樹形数はn=53で全宇宙の原子数10^80に達してしまう．ベストの系統樹を選べというのは，まさに全宇宙の原子からたったひとつの原子を見つけ出せというようなもの．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#176ws 最適樹形探索って，しょせんは虚しいよね……．