2013年度・第176回農林交流センターワークショップ〈分子系統学の理論と実習〉ツイートまとめ
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[欹耳袋]今回の分子系統ワークショップ http://t.co/ccE7sTWAec のハッシュタグは #176ws とします.
2013-11-06 09:05:01#176ws 分子系統ワークショップ http://t.co/sz3f9LcKGp の参加者のみなさんで,ツイッター利用されている方は,ハッシュタグ付きでこっそりつぶやいてください.
2013-11-06 09:09:20#176ws ワタクシの前座噺「生物体系学概論:チェイン・ツリー・ネットワーク」は終わり,斎藤成也さんの「進化距離行列からの系統樹作成」が始まっている.
2013-11-06 10:40:28#176ws Saitou Naruya.| Introduction to Evolutionary Genomics | 2014 forthcoming | Springer Verlag http://t.co/lWmNNNqCeC ※来年はじめに出版,予価8000円.
2013-11-06 10:44:39#176ws 塩基置換モデルいろいろ.JC, K2P, F81, Tajima-Nei, HKY85, Tamura-Nei, Kimura3P, ... General 12P.さらに,新しいモデルもある.
2013-11-06 11:01:30#176ws データが少なければ p-distance でもOK,データが巨大なら General 12P 以外はいらない.
2013-11-06 11:07:21#176ws NGS がこれから普及すると,分子系統学の “風景” はがらっと変わる.そういう時代になれば進化速度一定性を仮定する UPGMA だって生き返るかも.
2013-11-06 11:12:33#176ws ゲノム全体は “無限母集団” ではなく, “有限母集団” である.したがって,伝統的な統計学的な根本仮定は揺らいでいる.
2013-11-06 11:19:04#176ws 系統樹は「歴史」なので認識論的に唯一的.統計学はイデアの世界なのでもともと系統学と相容れない.
2013-11-06 11:21:04#176ws Transformed distance method (Farris-transform) – 元論文は Farris, Kluge & Eckardt 1970. A numerical approach to phylogenetic systematics.
2013-11-06 11:41:53#176ws (承前)Systematic Zoology, Vol. 19, No. 2 (Jun., 1970) pp. 172-189 http://t.co/yMWywvxR9J
2013-11-06 11:42:50#176ws Buneman 1971 の「four-point condition」を満足するかどうかは距離法にとって重要.
2013-11-06 11:45:17#176ws 樹形探索の組合せ論的爆発を防ぐためには 4-taxon subtree sampling は将来有望.
2013-11-06 11:46:56#176ws NJ法なう.Null-star から出発するアルゴリズムは neighbor を逐次的につくることにより,探索空間がより小さくなる.
2013-11-06 11:51:15#176ws まとめ(1)樹形探索と樹長推定は分離すべし.(2)トップダウンで効率的な樹形探索しよう.(3)樹形探索三昧.┣┣" たくさん.
2013-11-06 11:58:47