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2013年度・第176回農林交流センターワークショップ〈分子系統学の理論と実習〉ツイートまとめ

期間:2013年11月6日(水)〜11月8日(金) 場所:情報通信共同利用館(電農館)3階セミナー室 主催:筑波農林研究交流センター/農業環境技術研究所 http://sto.affrc.go.jp/event/workshop/176ws http://leeswijzer.tumblr.com/post/56924566515/2013-176
自然 系統解析
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MINAKA Nobuhiro @leeswijzer 2013-11-06 09:05:01
[欹耳袋]今回の分子系統ワークショップ http://t.co/ccE7sTWAec のハッシュタグは #176ws とします.
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer 2013-11-06 09:09:20
#176ws 分子系統ワークショップ http://t.co/sz3f9LcKGp の参加者のみなさんで,ツイッター利用されている方は,ハッシュタグ付きでこっそりつぶやいてください.
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer 2013-11-06 09:15:28
#176ws 雲がやや多いかも.今日の高座スライドを確認するする.
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer 2013-11-06 09:30:13
#176ws もうすぐ開始〜♫•*¨*•.¸¸♪
ケムシ屋 @alciopidae 2013-11-06 09:44:58
分子系統ワークショップ参加したかった。教材で自習するかな #176ws
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer 2013-11-06 10:40:28
#176ws ワタクシの前座噺「生物体系学概論:チェイン・ツリー・ネットワーク」は終わり,斎藤成也さんの「進化距離行列からの系統樹作成」が始まっている.
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer 2013-11-06 10:44:39
#176ws Saitou Naruya.| Introduction to Evolutionary Genomics | 2014 forthcoming | Springer Verlag http://t.co/lWmNNNqCeC ※来年はじめに出版,予価8000円.
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer 2013-11-06 11:01:30
#176ws 塩基置換モデルいろいろ.JC, K2P, F81, Tajima-Nei, HKY85, Tamura-Nei, Kimura3P, ... General 12P.さらに,新しいモデルもある.
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer 2013-11-06 11:07:21
#176ws データが少なければ p-distance でもOK,データが巨大なら General 12P 以外はいらない.
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer 2013-11-06 11:12:33
#176ws NGS がこれから普及すると,分子系統学の “風景” はがらっと変わる.そういう時代になれば進化速度一定性を仮定する UPGMA だって生き返るかも.
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer 2013-11-06 11:14:30
#176ws 進化速度一定でなくても,additive ならば現実的.
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer 2013-11-06 11:17:10
#176ws 離散変量に関する最尤法は可能か.
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer 2013-11-06 11:19:04
#176ws ゲノム全体は “無限母集団” ではなく, “有限母集団” である.したがって,伝統的な統計学的な根本仮定は揺らいでいる.
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer 2013-11-06 11:21:04
#176ws 系統樹は「歴史」なので認識論的に唯一的.統計学はイデアの世界なのでもともと系統学と相容れない.
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer 2013-11-06 11:21:42
#176ws _・) 。oO (いいね!いいね!いいね!)
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer 2013-11-06 11:41:53
#176ws Transformed distance method (Farris-transform) – 元論文は Farris, Kluge & Eckardt 1970. A numerical approach to phylogenetic systematics.
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer 2013-11-06 11:42:50
#176ws (承前)Systematic Zoology, Vol. 19, No. 2 (Jun., 1970) pp. 172-189 http://t.co/yMWywvxR9J
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer 2013-11-06 11:45:17
#176ws Buneman 1971 の「four-point condition」を満足するかどうかは距離法にとって重要.
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer 2013-11-06 11:46:56
#176ws 樹形探索の組合せ論的爆発を防ぐためには 4-taxon subtree sampling は将来有望.
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer 2013-11-06 11:51:15
#176ws NJ法なう.Null-star から出発するアルゴリズムは neighbor を逐次的につくることにより,探索空間がより小さくなる.
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer 2013-11-06 11:56:00
#176ws アラインメントなしの距離法もあり.メタゲノム時代に向いている?
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer 2013-11-06 11:58:47
#176ws まとめ(1)樹形探索と樹長推定は分離すべし.(2)トップダウンで効率的な樹形探索しよう.(3)樹形探索三昧.┣┣" たくさん.
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コメント

ひろ@猫もふ欠乏症 @hiro_h 2013-11-09 16:49:53
というかやったな… NGSデータからアセンブリして、用意してあった配列とマルチプルアラインメントするパイプライン https://mobile.twitter.com/leeswijzer/status/397995102070919168 publishできるかどうかは闇の中orz
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