分生2013 GGRNA/GGGenome
分生2013のセッション #4WA2 での、GGRNA/GGGenomeに関するディスカッション。2013年12月6日
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meso_cacase
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Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
統合遺伝子検索GGRNA：塩基配列データベースをすばやく検索するには ○内藤 雄樹,1 坊農 秀雅1 #MBSJ2013
2013-12-06 09:29:20
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「塩基配列データベースの検索では，検索ワードが多様（遺伝子名，機能，ID，タンパク質名，アミノ酸配列，疾患，塩基配列…）なため，適切な入り口を知らないと効率よく探せない．また，塩基配列のBLASTなどによる類似性検索は遅い」
2013-12-06 09:31:13
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「遺伝子をGoogleを検索できるツールをつくった GGRNA http://t.co/ChD5c0vtcx ユーザがよく探すのは，ゲノムよりもtranscriptだから，"RNA"が名前に入っている」
2013-12-06 09:32:40
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「生物種を選んで，遺伝子名，塩基配列やアクセッション番号などで検索できる．ヒトゲノム中で4万以上がヒットするような短い配列をクエリとした検索でも素早く結果が返ってくる．PFI者のSedueにより高速化（Suffix arrayのindexをSSDに載せてる）」 #MBSJ2013
2013-12-06 09:36:36
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「アミノ酸配列でも検索できる．全ての生物種を対象にもできる．キーワードのAND検索などもできる（２つの部分配列が両方あるエントリを絞るなど）」 #MBSJ2013
2013-12-06 09:37:55
オープンデータ推進者なので情報共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ
@bonohu
架空のデータw 私がPhotoshopで出したデータw #MBSJ2013
2013-12-06 09:38:45
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「PCRプライマーでどこが・どのぐらいの長さで増えたかを調べることができる（座標が表示される）」 #MBSJ2013
2013-12-06 09:39:15
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「マイクロアレイのプローブIDがどんなプローブセットに対応しているか検索することも可能．クリックすると，遺伝子のどの部分に対してプローブがデザインされているかを表示してくれる」 #MBSJ2013
2013-12-06 09:40:59