分生2013 GGRNA/GGGenome
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meso_cacase
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Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「高速配列検索 GGGenome http://t.co/PEKPA33c8g GGRNAのRNAがGenomeに変わった」 #MBSJ2013
2013-12-06 09:42:48
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「完全マッチの配列だけでなく，ゲノム上のミスマッチを含む箇所も検索できる．速いのは，PFIの技術による．」 #MBSJ2013
2013-12-06 09:43:40
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「GGRNA, GGGenomeはともにREST APIを提供．REST APIでは検索結果とURLが１対１対応しているので，URLを返ると出力結果を変えたりできる．」 #MBSJ2013
2013-12-06 09:45:23
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「REST APIをウェットの人も色々活用できる．Excelでプライマー配列を並べて，隣のセルにREST APIのURLを作る．関数でとってきてもらうようにすれば，クリックしすぎて疲れることもなくなる」 #MBSJ2013
2013-12-06 09:46:40
オープンデータ推進者なので情報共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ
@bonohu
Google drive のスプレッドシート。ImportData関数 #MBSJ2013
2013-12-06 09:46:43
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「GGGenomeは1kb以下，短い配列が特異．モデル生物種のゲノムおよび転写産物．ミスマッチ・ギャップに対応．REST APIが便利．R，Ruby, Galaxyからも．」 #MBSJ2013
2013-12-06 09:47:48
Shigeru Flower-Field 🌱🌱🌱
@shigeruflowerFi
GGRNA. refseq検索、短い配列得意。 GGGENOME. 塩基配列、1kbまで ミスマッチにも対応。 GoogledocやRでまとめて検索
2013-12-06 09:48:52
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「GGRNAとGGGenomeの拡張計画．GenBank/EMBL/DDBJの国際塩基配列DB全体を全て検索できるようにしたい．課題は，1)データベース更新についていけるか，2)多くの検索結果をどうランキングするか」 #MBSJ2013
2013-12-06 09:49:45
小野 浩雅 ONO, Hiromasa
@h_ono
GGGenome の応用例としての、Google Document のスプレッドシートを利用したプライマー配列情報の整理方法については下記統合TVで紹介しています。 http://t.co/DEpLt7Lnio
2013-12-06 09:50:39
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
フロア「転写因子結合モチーフのような曖昧な検索はできるか」 内藤「GGRNAは対応しているが，GGGenomeは対応していない．検討中です」 #MBSJ2013
2013-12-06 09:50:47
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
フロア「Refseqはどのくらい更新？」 内藤「Refseqの更新に合わせて更新している」 #MBSJ2013
2013-12-06 09:51:22
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
フロア「GGGenomeでアミノ酸配列による検索は出来るか」 内藤「便利だと思うが，できない」 #MBSJ2013
2013-12-06 09:51:57
小野 浩雅 ONO, Hiromasa
@h_ono
GGGenome の応用例としての、Google Document のスプレッドシートを利用したプライマー配列情報の整理方法については下記統合TVで紹介しています。 http://t.co/DEpLt7Lnio #MBSJ2013 #4AW2
2013-12-06 09:52:15
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
PFIの紹介． http://t.co/g41X7voCGx 従業員27名中23名がエンジニア． #MBSJ2013
2013-12-06 09:53:41