STAP細胞は実はES細胞だった!?ネズミを尋ねてにゃん千里 #STAP

🌸🍀眞葛原雪🍀🌸 @pririn_

@jyouhou_syusyu @FrdmFries @druoh 承前>若山氏&放医研「FLS…この細胞は８株すべて１２９B6F1であり、論文で用いたマウスと一致した。(オス)」 mainichi.jp/graph/2014/06/…

🌸🍀眞葛原雪🍀🌸 @pririn_

@jyouhou_syusyu 阪大岡部緑光鼠はホモで致死。ヘミで超輝くとあります。X連鎖遺伝病みたいな事が起きてるなら、オスばかりなのが説明できるかな?と思いました。

🌸🍀眞葛原雪🍀🌸 @pririn_

@jyouhou_syusyu バッククロスして作ったマウスでも絶対ではなく、何%かにはこういう現象がみられるというのは、知りませんでした。 anim.med.kyoto-u.ac.jp/Kuramoto/conte…

UO @druoh

@pririn_ @jyouhou_syusyu @FrdmFries 第3者機関と理研ではGLSの性別も違いますよね。性別の決定方法、129B6とB6129をどう区別したか(していないか)、CAGGFPがどちらのアレルに載っていたかということが公表されないと判断できないのでは？

🌸🍀眞葛原雪🍀🌸 @pririn_

@druoh @jyouhou_syusyu @FrdmFries 研究所が「129B6」と「B6129」を誤記するとは思えないです。

UO @druoh

@pririn_ 129とB6がゲノムに半々だということと、129B6かB6129かということは別の話です。何をどうやって調べたかわからないのに、誤記と言ってしまうのに違和感あります。理研は6SNPを調べたと言っていたと思いますが、それがXY染色体を含むかわかりません。

🌸🍀眞葛原雪🍀🌸 @pririn_

@druoh 表記の規則を守らない理由はなんですか?

UO @druoh

@pririn_ 調べたか記載がないので判断が付きません。調べてないのであれば、順番に意味がなくなります。その場合129とB6のF1と書くのが適切だと思いますが、そこまで書かなくても良いと考えたのか、何か他の意図があるのかわかりません。

UO @druoh

@pririn_ 若山先生側だとGLSはメスになっていますが、CDBはY染色体の一部欠損してオスだと報告しています。メスの場合性染色体のSNPだけでは親がどちらか調べることができないので、表記は交配に合わせただけかもしれません。

Endo, Takaho @caripso

@druoh @pririn_ RNAseqのデータを見るとXは大半がB6由来なので129B6でよいと思います．ちなみに18番はほとんどがB6で，若山研オリジナルの129マウスは18番はほぼ組換えなしのB6の模様．

🌸🍀眞葛原雪🍀🌸 @pririn_

@caripso @druoh 理研はFLS-3, FLS-4を129B6ではなく【B6129F1】と記載されれていますがこれは別な種類の細胞があったのでしょうか。若山氏側との一致点にも出てきませんし。 CAG-GFPは１５番染色体に複数コピー（ タンデム）と記載されていますね。

🌸🍀眞葛原雪🍀🌸 @pririn_

@caripso @druoh それとも、オンラインデータで「C57BL/6 x 129/sv」と記載されているものは、129B6のことなのですか？そして理研の資料のB6129は、実は129B6なのでしょうか。わからないです。

Endo, Takaho @caripso

@pririn_ @druoh 理研のドキュメントのB6129は正しいか分かりません．その細胞のデータがあるかどうか分からないので．

Νagira Κazusa @umiuniumuminchu

@caripso @druoh @pririn_ 横から失礼します。B6(メス)x129(オス)でB6129F1のオスとなった時のみXがB6由来のみになると思うのですが、違いますでしょうか。

Endo, Takaho @caripso

@umiumiumuminchu @druoh @pririn_ CD45+以外はRNAseqで使われているのはほぼオスの細胞だけだと思います．CD45+だとXに両方の遺伝型が観察されます．残存サンプルのSTAP-SCと同様です．

Νagira Κazusa @umiuniumuminchu

@caripso @druoh @pririn_ 　ありがとうございます。18番とXはB6ばかり，他は129S1とB6のヘテロ、という特徴からSTAP-SCとして登録されたRNA-seqはFLS(CAG-GFP@chr15)やGLS(B6, Oct4-GFP)では無さそうですね。

Endo, Takaho @caripso

@umiumiumuminchu @druoh @pririn_ はい．RNAseq CD45+はXの129:B6が1:2なので129B6でオスメス1:1だとうまく説明がつきます．ChIPseq CD45+はOct4-GFPです．FLS相当があるかどうかはまだ分かりません．

UO @druoh

@caripso @pririn_ オスのX染色体がB6なら記法に従うとB6129ですね。2点確認したいのですが、全サンプル129S1でしょうか？CD45以外のサンプルでGFPが乗っている染色体がどちらに由来するかわかりますか？

Endo, Takaho @caripso

@druoh @pririn_ dbSNPにある129P2, 129S1, 129S5の中では129S1にとても近いという意味です．GFPの染色体上の位置は分かりません．129S1, S5, S6の系統関係をご存知なら教えて頂ければと．

UO @druoh

@caripso 名称が変わっていますが、この論文が参考になりそうです。Fig2が真ん中にあるJR0090がS1、129/SvEvBrdがS5、129/SvEvTacがS6　nature.com/ng/journal/v16… 名称について＞ jaxmice.jax.org/support/nomenc…

Endo, Takaho @caripso

@druoh ありがとうございます．マウスの系統について全く素人なのでとても助かります．

UO @druoh

@caripso 僕もせいぜい129, B6とかそれぐらいしか知らず、こんなに亜系統があるというのは驚きました。勉強になります。PがParental, SがSteel, TがTerという亜系統の頭文字みたいですね。

Endo, Takaho @caripso

@druoh @jyouhou_syusyu ありがとうございます．確かに129でない可能性についても考えなければならないかなと思っているところです．ただもうそうなると一体何のデータなのかということになりますが．

🌸🍀眞葛原雪🍀🌸 @pririn_

マスコミはなぜ、FLS細胞の系統が違うのをチェック・指摘しないのか不思議。若山さんのは【129B6F1】、理研は【B6129F1】で、違う。なぜ? #STAP #STAP細胞 #NHK pririnsoccer.web.fc2.com/journal/scienc… pic.twitter.com/A29MdJRX3e

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🌸🍀眞葛原雪🍀🌸 @pririn_

FI幹細胞でCD-1のTS細胞様のものが１／１０混ざってたというけど、CD-1のTS細胞も同時に調べたのだから、まず解析時の器具の汚染を疑うのが先では?と思うんですRT @momo0078: 私もそこが #STAP #STAP細胞 pic.twitter.com/6l4haDVmMZ

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