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kinoboriyagi
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彦坂暁/Hikosaka Akira
@acoela
@hiro_h サブゲノムの進化が非対称になるのが、どのくらい普遍的な現象なのか、とても興味があるところです。
2016-10-20 12:21:56
奥山雄大(茨城県在住関西人)
@yokuyama
@acoela 論文、ざっとですが大変興味深く拝見致しました。といいますのも僕も異質4倍体のゲノムを持つ植物の一群を扱っていて、まさにゲノムシーケンスを試みているためです（は言え、小さいチームですのでここまで高精細のものは困難ですが）。２つ質問があります。もしお時間があれば。
2016-10-20 12:18:34
彦坂暁/Hikosaka Akira
@acoela
@yokuyama 簡単なことならすぐ答えられると思いますが、難しい質問だと少しお時間を頂くかもしれません。明日の１コマの講義の準備をしているところですので…。すみません。
2016-10-20 12:24:32
奥山雄大(茨城県在住関西人)
@yokuyama
@acoela ひとつめは，サブゲノム間のシンテニーについてです。Fig.1を拝見したところ、かなりLS染色体間のシンテニーは保存されているように見受けられましたが、染色体の転座などはあまり起きていないと見ていいのでしょうか？
2016-10-20 12:25:33
奥山雄大(茨城県在住関西人)
@yokuyama
@acoela と言いますのも、こちらの材料だと明らかに異なるサブゲノムに由来すると考えられる重複遺伝子のセットが、連鎖関係にあったりすることがあるもので、それはどういうことなのか、よくあることなのかが気になっているためです。ちなみに染色体数はきちんと倍になってます。
2016-10-20 12:34:14
彦坂暁/Hikosaka Akira
@acoela
@yokuyama 染色体内での逆位等は何箇所か見られますが、トランスポゾンを指標にみる限り、サブゲノムの間での組換えはほとんど起きていないと思います。仮にあったとしても、ごく小規模だと思います。
2016-10-20 12:31:08
奥山雄大(茨城県在住関西人)
@yokuyama
@acoela ありがとうございます！もうひとつはトランスポゾンを利用したサブゲノムの識別法についてで、ぜひ同じような手法を自分も使えたらと思っていますが、こちらはもう少し論文を精読した後でお尋ねしたいと思います。
2016-10-20 12:36:48
彦坂暁/Hikosaka Akira
@acoela
@yokuyama 面白いですね。祖先種同士の近縁性が影響しないでしょうか？ アフリカツメガエルでは２種の祖先種が分岐してから交雑するまでかなり（千数百万年）の時間が経っていたらしいので、サブゲノム間の組換えができなくなるほど染色体が分化してしまったのかもしれません。
2016-10-20 12:43:06
奥山雄大(茨城県在住関西人)
@yokuyama
@acoela はい。十分あり得ると思います。植物と動物の違いなのかもしれませんが、とにかくゲノム再構成が酷そうな印象です。実はサブゲノムが由来する2倍体種が現生して、それらは今では別属に分類されるほど違うのですが、交雑した当初は互いにかなり近縁だった可能性はあります。
2016-10-20 12:54:58
奥山雄大(茨城県在住関西人)
@yokuyama
@acoela はい。ぜひそれをやりたいと思っています。しかし、トランスポゾンがサブゲノム間で異なるというのは全く発想がありませんでした。言われてみれば確かに、2倍体種の種分化後にコピー数増加が起きた場合シーケンスベースでそれらが区別出来るはずで、まさに画期的な方法だと思います！
2016-10-20 13:05:26
奥山雄大(茨城県在住関西人)
@yokuyama
ちなみにこの仕事、サブゲノムの由来する種を突き止めるために非常に特殊な系統推定の方法を提唱し、使っているのですが、残念ながら誰も同様の手法を他の材料で扱ったという話を聞きません…。まあ、応用出来る状況が限られているため仕方ないかもしれませんが。
2016-10-20 13:10:43
windowmoon＠𝕏
@windowmoon
@acoela @yokuyama 交雑した祖先種の血を引いてる種ですが、時間が経ってるので別物になってしまっている可能性もありますけどね。いずれにしろその2種のゲノムも欲しいですね。
2016-10-20 13:05:48
奥山雄大(茨城県在住関西人)
@yokuyama
@windowmoon @acoela お金がキビシーですが、とりあえずイルミナのリードだけでも得ようかなとは考え中です。
2016-10-20 13:13:32
Keisuke_Hitachi
@kei_sleep
@acoela ツメガエルゲノム論文の出版おめでとうございます。まだプレスリリースしか読んでないのですが、サブゲノムの方の発現が少ない？とのことですが、サブゲノムの転写調節領域が欠損したり、DNAメチル化が増加していたりするのでしょうか？
2016-10-20 12:42:45
彦坂暁/Hikosaka Akira
@acoela
@kei_sleep 全体としてみると、祖先種Sのサブゲノムより祖先種Lのサブゲノムの遺伝子の方がよく保持されていて、発現も強いという傾向があります。conserved noncoding elementsやメチル化の比較等も行われていますので、興味があれば見てみてください。
2016-10-20 12:57:53
Keisuke_Hitachi
@kei_sleep
@acoela ありがとうございます。自分がやっていた遺伝子の転写調節領域の保存性等見てみようと思います。
2016-10-20 13:02:55
縞うさぎ／詫摩雅子
@shima_usa96
モデル動物なのに未解読だったのが意外だったけれど、雑種から丸ごと倍数化した複雑なゲノムだったのか。＞遺伝研アフリカツメガエルの複雑なゲノムを解読：脊椎動物への進化の原動力「全ゲノム重複」の謎に迫る nig.ac.jp/nig/ja/2016/10…
2016-10-20 19:35:20
縞うさぎ／詫摩雅子
@shima_usa96
こちらは同じニュースの基生研のページ。遺伝研と読み比べるのも楽しい。＞基生研アフリカツメガエルの複雑なゲノムを解読： 脊椎動物への進化の原動力「全ゲノム重複」の謎に迫る nibb.ac.jp/pressroom/news…
2016-10-20 19:41:23
オイカワ丸
@oikawamaru
これはまさにヤマトシマドジョウで起こっていることなんだろうなあ。しかもヤマトシマでは両親となった2倍体の系統がどちらも絶滅していない。面白いのは一方の系統は遠いところで地理的に隔離されて残り、もう一方の系統は同じ川でも生息場を違えることで生き残っていること。
2016-10-20 13:25:29
奥山雄大(茨城県在住関西人)
@yokuyama
アフリカツメガエルの古異質4倍体ゲノム解析論文が話題ですが、チャルメルソウも古異質4倍体なのです。ツメガエルではサブゲノムが由来する2倍体種は現生しないようですが、チャルメルソウでは北米に現生することを明らかにした論文がこちらです。 mbe.oxfordjournals.org/content/29/1/4…
2016-10-20 12:46:48
彦坂暁/Hikosaka Akira
@acoela
アフリカツメガエルのゲノム論文、広島大学からもプレスリリースが出ていたのでリンクしておきます。 hiroshima-u.ac.jp/news/show/id/2…
2016-10-20 18:15:08