「糖鎖インフォマティクスシンポジウム」つぶやきまとめ

Maori Ito @maoringo

糖鎖修飾を受けているとAsnの側鎖の二面角が制限される。#glycoinfo

(^_^)/ @_shk

モーリスあたりがパワポ持ってそうな質問ですね。

Maori Ito @maoringo

立体構造から糖鎖結合部位及び糖鎖配列の予測。糖鎖結合部位を比較して予測に利用する。#glycoinfo

Maori Ito @maoringo

レクチンの糖鎖認識パターンも3次元で#glycoinfo

Maori Ito @maoringo

グラフ理論を使って解析すると特徴ごとに分けられるらしい。（曖昧すまぬ）#glycoinfo

【引退】 @orenotwitter

タンパク質と糖鎖の結合様式は大まかに言って3つ　1. 芳香族アミノ酸と糖鎖の環が垂直、2. 平行、3. 水酸基に対して水素結合 #glycoinfo

Maori Ito @maoringo

糖鎖の立体構造を考える上で難しいこと。１、糖鎖と水　水が多いことが統計的にも証明。水分子を介した水素結合がヘリックス形成に関与している。#glycoinfo

Maori Ito @maoringo

難しいこと　２．糖鎖はすごくゆらぐ。根からGlcGlcManはあまり揺らいでいないがその先はとっても揺らいでいる。#glycoinfo

Maori Ito @maoringo

レクチンが糖鎖の何を認識するかが大事。#glycoinfo

Maori Ito @maoringo

糖鎖蛋白質の角度や距離を調べることで糖鎖の３次元的な構造特徴が分かる。#glycoinfo

Maori Ito @maoringo

もーすこしで糖鎖の二面角やどこについているかの情報は公開する予定。#glycoinfo

Maori Ito @maoringo

すごいなぁ・・・超やられた感。むしろちょっと感動。#glycoinfo

Maori Ito @maoringo

PDBデータの３０％は間違っている？？#glycoinfo

Maori Ito @maoringo

追加　糖鎖間の結合においても2面角のφψをみると、水素結合が2面角を規定している。#glycoinfo

【引退】 @orenotwitter

PDBに入っている糖鎖構造の30％は間違っている！

Maori Ito @maoringo

X線解析の際に使用するソフト自体の間違えで糖鎖のの位置情報を間違えていることも・・・#glycoinfo

Maori Ito @maoringo

システムバイオロジーの糖鎖への応用　木下先生#glycoinfo

【引退】 @orenotwitter

糖鎖構造のデータね RT @maoringo: PDBデータの３０％は間違っている？？#glycoinfo

Maori Ito @maoringo

@orenotwitter にしても多いですね・・#glycoinfo

Maori Ito @maoringo

糖鎖のシステム生物学に向けて日本国内の技術で実現できるか。#glycoinfo

Maori Ito @maoringo

糖鎖生物学者が普段何を求めているか、バイオインフォの研究はそれにどう応えられるか#glycoinfo

Maori Ito @maoringo

帰納法的な方法（実験データのデータベース化や、データマイニング、機械学習）が一般的だが、演繹法（物理化学、ペトリネット、微分方程式など＞ももっと用いられるはず。#glycoinfo

Maori Ito @maoringo

データベースの問題点、エラーが多い、フォーマットの統一、生物と化学の考え方の違い、証拠や参照、本当に整備されたデータベースが必要・・・#glycoinfo

Maori Ito @maoringo

シミュレーションでの問題点：物理化学（力場、Amber-GLYCAN等）API,LIBRARYの充実、システムバイオロジー（SMBLを糖鎖に対応させるのは大変、糖鎖用の解析ソフト）#glycoinfo

Maori Ito @maoringo

実験者との協力が重要、データは原則公開　であるべき #glycoinfo