X線的ディスカッション

ima3 @timasaki

去年 CCP4 の講習資料ですが、Garib がいくつか small molecule 用toolについて触れていました。PDF 資料、端が切れていますがもし良ければどうぞ. 他にもその際の資料がupされています。 　http://bit.ly/9x5xjb　@dobuo

どぶお @dobuo

@timasaki ありがとうございます(^^)。恥ずかしながらずっと以前Sketcherの使い方がよくわからず断念した記憶が・・・欲しい情報なのに端が切れてるのが悔やまれます(ToT) QT CCP4の講習資料

ima3 @timasaki

Printout も持っているので もし必要であれば 連絡ください。 @dobuo

どぶお @dobuo

@timasaki ありがとうございます。とりあえず、がんばってPDFを解読してみます(^^;

ima3 @timasaki

この講習の中で Kevin Cowtan が Parrot を紹介していて、使ってみたのですが、めちゃくちゃ早くて良い電子密度を出すので感動しました。機会がありましたら使ってみてください。 @dobuo

どぶお @dobuo

@timasaki CowtanのBuccaneerが低分解能に強いという話を聞いて少し試したことがありました。Parrotは未経験ですが、単体でも強力なんですね。頑張ってデータを取って試してみます(^^)

ima3 @timasaki

多分 DM を発展させたモノ、みたいな位置づけなんじゃないでしょうか？Cowtan に DM 関連の質問をしたらこれを使え、と言われました。NCSマスクを自分できっちり当てたい、というときはDM の方がいいと思いますが、automation 好きならこちらだと。 @dobuo

ima3 @timasaki

ちなみに Arp/Warp 7.1 のひとつの売りは low resolution model building らしいです。Resolve もこの辺強いですし、Auto model building にどれを使うかはもう好みの問題かもしれませんね。 @dobuo

どぶお @dobuo

@timasaki Arpも低分解能対応ですか。Arpは低分解能に弱いという定説がどこまで覆るか楽しみです(^^)。2.6A前後のデータを扱うことが多いので(^^;、効いてくれたらいいなぁ！

ima3 @timasaki

Refinement も低分解能対応が増えてきているみたいですね。Buster とかどうなんでしょう？使ったことありませんが。。。 http://bit.ly/cHUlbr　@dobuo

どぶお @dobuo

@timasaki 私はいつも結局CNS/REFMACの組み合わせでゴリゴリRを下げてしまうので、そろそろ転換期なのかもしれません。ちょうどRが下がりにくいデータがあるので試してみようと思います(まあ、データもよくないですが)。BioKidsも新プログラム対応を目指したい！

ima3 @timasaki

僕も3 Å以下はCNS/Refmac です (twin refinement もありますし)。しかし最近4Åとかなので、その辺りに目を向けざるを得なくなったのが実情です。必要に迫られないと勉強しないので。 @dobuo

どぶお @dobuo

@timasaki うわぁ、4Aですか。未知の領域です(^^;

ima3 @timasaki

phenix, buster は2次構造を壊さない option があるようなので興味があります。CNS の simulated annealing とかだとあっという間にぐちゃぐちゃになります。もうちょっとrestriction きつくすればい良いのかも？ @dobuo

どぶお @dobuo

@timasaki 私の2.3Aより低分解能の場合、CNSではannealをあまりせず、せいぜいrefine.inpぐらいです。最終的にはREFMACでweightを調整しつつ落としどころを探してます。キツい時は0.03とか。

ima3 @timasaki

ありがとうございます。refmac もうちょっと使いこなせるようがんばります。昔は2.8Åでhigh resolutionとか言うな、とか思っていましたが今では3Åは超 high resolution です w。遠い。。。　@dobuo

どぶお @dobuo

@timasaki 何か、REFMACでTLS入れたりとかWeightいじったりしてR/FreeRの落としどころを探してると結局Rってどうなん？っていう疑問がわきます(^^;。新プログラムも使いこなしつつお互い頑張りましょう！(^^)

ima3 @timasaki

Refmac で TSL いれてRは劇的に落ちたことはあるのですが、電子密度が綺麗になった、って経験ないんですけどそんなもんなんでしょうかね？なにか使える program があったらまた報告します。ちなみにphenix は最近 ver. up してました。 @dobuo

どぶお @dobuo

@timasaki TLS効くときは劇的ですね。私の場合も電子密度が劇的に変わったかっていうとそうでもなかったです。むしろ無理矢理高分解能で描かせた方がメッシュが細かくなってきれいに見えるかも(--;。また新プログラム教えて下さい！こちらも何かあればまとめまーす。

どぶお @dobuo

しまった、X線的ディスカッションjpxtalつけたらよかったかな・・・(^^;