Disorder予測ソフトに関して

Naoki Sakai @nsakaii

【ゆる募】構造屋さんのみなさま，蛋白質のdisorder予測はどのソフトウェアがお気に入りですか？

ima3 @timasaki

@nsakaii やはり ponder からですかね。正直あまり使っていません >disorder soft

Hideaki E. Kato @emeKato

@nsakaii DisoPred2が多いですねぇ。実際に構造が解けたタンパクをいくつかピックアップして、全長のアミノ酸配列、および構造が実際に解けた部分のアミノ酸配列をそれぞれDisopred、Poodle、foldindexなどに投げたことが有るのですが、

Hideaki E. Kato @emeKato

@nsakaii Disopredの示す結果が一番「構造が解けるかどうかの指標」としてのdisorder度を返してくれていました。・・・にしても、poodleの出す結果は悲観的すぎる。。

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@nsakaii poodleですね。グラフ表示が分かりやすいし、確かオプションによっては、二次構造予測などの結果も考慮してくれます。後は、xtalpred の結果に表示されるdisorder2（だったかな？）を見ています。

Naoki Sakai @nsakaii

質問したままでした…PONDRですね．僕もこれを良く使いますね．RT @timasaki: @nsakaii やはり ponder からですかね。正直あまり使っていません >disorder soft

Naoki Sakai @nsakaii

ありがとうございます．解けた蛋白質で比較した事は無かったですから参考になります．ドメインサーチの指標にもなりそうですね（それが今回の目的）RT @emeKato: @nsakaii DisoPred2が多いですねぇ。

Naoki Sakai @nsakaii

poodle Iってやつですね＞二次構造　僕はpoodleとDisopredの結果をつきあわせている事が多いです．RT @HironoriSuzuki: @nsakaii poodleですね。…二次構造予測などの結果も考慮してくれます。

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@nsakaii そうですそうです。POODLE Iにもいくつか種類がありますが、ASA informationとsimilar structure も考慮してくれるものをメインで使っています。

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@nsakaii ちなみに新規コンストラクトを作製するとき、予測されたdisorder region はどこまで短くします？本来は二次構造予測なども考慮するのでしょうが、他の予測を考慮しないとしたら、ギリギリまで短くします？それとも末端は構造が崩れやすいとして、数残基残します？

Naoki Sakai @nsakaii

@HironoriSuzuki 予測されたdisorder regionは数残基残してドメインを決めています．ドメインの場合切り方で発現量や溶解度が変わるので３残基単位で削ったり延ばしたりのバリエーションでコンストラクトを作っています．

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@nsakaii なるほど。ありがとうございます。いつも悩むんですよ…ある程度決まったコンストラクト作製のstrategyを決めたいと思ってたので、参考にさせていただきます。これもゆる募してみるかなｗ

Naoki Sakai @nsakaii

@HironoriSuzuki ドメインのコンストラクト作りはいつも悩みます．disorder予測と二次構造予測を組み合わせるのですが，最終的にはいろんなコンストラクトで数を打つことになりますw　こちらこそありがとうございました．