PCR検査でガチ偽陽性か。その原因について検証(2020.7.18作成) #新型コロナウイルス

けんもう新型コロナ対策本部 @kenmomd

おっこれはガチの偽陽性だ 神奈川県　新型コロナウイルス感染症による患者情報の訂正について pref.kanagawa.jp/docs/ga4/prs/r… 全自動遺伝子解析装置 ミュータスワコー g1 jaclas.or.jp/Product/index?… pic.twitter.com/cZZtOGThmy

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けんもう新型コロナ対策本部 @kenmomd

見た感じリアルタイムではないのかな

ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

↓が早速室月氏にもRTされましたが「再度検査をしたところ、陰性の判定」…再検では分からない？ これプライマー1セットですね。duplicateもなし。まずそこが問題。リアルタイムPCRでない新規的手法ですし、条件や設定の見直しを。「泳動」って、バンドの位置は？プライマーダイマーかコンタミか。 twitter.com/kenmomd/status…

内田 @uchida_kawasaki

RTの記録 pic.twitter.com/c0rPKbC2xb

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ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

補足：実際のところは詳細不明なので分かりませんが、陽性判定するレベルの非特異的増幅が複数primerで同時発生するのは考えにくく、duplicateや再検でも同じ結果というのは確率的によほどのこと。そのため「1primer1施行陽性で陽性判定」と推測しています。何よりこれは簡易法でしょうね。

ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

本邦では1primer1回のみが多い？豪ではあの件数なのに3primer+他施設再検がデフォ。韓国も3つ。だから世界では特異度99.999…%なのでしょう。本邦は体制がpoorでprimerを減らし再検もしない…なら危険。 分科会の再検無意味デマは悪質。「やらない理由」よりやる工夫を。 twitter.com/morilyn1123/st… twitter.com/morilyn1123/st…

ペン二郎 @morilyn1123

以前ASBさんからいただいた情報では、オーストラリアでは3プライマー使用した上陽性サンプルは転送して再検。検体処理後の偽陽性はまず出ないだろう。韓国も3プライマー。中国でもある論文で、CDCに転送し再検という記載を見た。海外の状況は情報を得にくいが、これらと比べ日本はどうなのか。 pic.twitter.com/IC5C4PBLI6

2020-06-27 15:17:26

ペン二郎 @morilyn1123

以前ASBさんからいただいた情報では、オーストラリアでは3プライマー使用した上陽性サンプルは転送して再検。検体処理後の偽陽性はまず出ないだろう。韓国も3プライマー。中国でもある論文で、CDCに転送し再検という記載を見た。海外の状況は情報を得にくいが、これらと比べ日本はどうなのか。 pic.twitter.com/IC5C4PBLI6

2020-06-27 15:17:26

ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

「再度検査を実施しても偽陽性者を見分けることはできない」 という衝撃の記載はこちら。 twitter.com/morilyn1123/st… twitter.com/morilyn1123/st…

ペン二郎 @morilyn1123

分科会資料(下RTより) 「偽陽性者がいても再度検査を行えば良い、という意見があるが、再度検査を実施しても偽陽性者を見分けることはできない」 この衝撃的に知性の感じられない一文は何？ なぜ見分けられないのか、正確に教えていただけませんかね。BuzzFeedさん、この言説のエビデンスレベルは？ pic.twitter.com/MXfQINVrTf

2020-07-18 00:00:07

ペン二郎 @morilyn1123

分科会資料(下RTより) 「偽陽性者がいても再度検査を行えば良い、という意見があるが、再度検査を実施しても偽陽性者を見分けることはできない」 この衝撃的に知性の感じられない一文は何？ なぜ見分けられないのか、正確に教えていただけませんかね。BuzzFeedさん、この言説のエビデンスレベルは？ pic.twitter.com/MXfQINVrTf

2020-07-18 00:00:07

ピーシーアール @Lt53NdFV1g4vwYJ

@morilyn1123 @Kam_ma_lay 本邦の試薬は、1つのものがいくつか、2つのものがほとんど、3つのものが少々といった感じです。2つの物はほぼNとN2ですね。感染研法が元になってますので。海外メーカー品などは異なる遺伝子を見ることがあります。

ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

@Lt53NdFV1g4vwYJ @Kam_ma_lay 情報ありがとうございます！ 「流行期は1プライマー1施行」を感染研が勧めていたのが拡大解釈されていないか心配していました。運用の問題をPCRの性能の問題だと誤解されると困るな…と思っています。 twitter.com/morilyn1123/st… twitter.com/morilyn1123/st…

ペン二郎 @morilyn1123

朝日から福島でPCR偽陽性？という記事が出ている(朝日はとにかくPCRが嫌い)。台湾の例も含め、偽陽性の可能性があるなら運用体制を見直せば良いだけの話。検査性能の問題ではない。 感染研のマニュアルでは流行期は1プライマー1試行とあり、この点は以前から気になっている。 news.yahoo.co.jp/articles/b7172… pic.twitter.com/BSBMcpx0gv

2020-06-27 15:09:30

ペン二郎 @morilyn1123

朝日から福島でPCR偽陽性？という記事が出ている(朝日はとにかくPCRが嫌い)。台湾の例も含め、偽陽性の可能性があるなら運用体制を見直せば良いだけの話。検査性能の問題ではない。 感染研のマニュアルでは流行期は1プライマー1試行とあり、この点は以前から気になっている。 news.yahoo.co.jp/articles/b7172… pic.twitter.com/BSBMcpx0gv

2020-06-27 15:09:30

ピーシーアール @Lt53NdFV1g4vwYJ

@morilyn1123 @Kam_ma_lay 感染研のお達しもあくまで抽出精製をきちんとした場合ですし、簡易法では分かりませんよね。テレビマンや記者はPCR検査の流れから各キットの添付文書まで読んだ上で報道しないとクビですよ。

ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

PCRは適切でない温度条件で実施すると特異性が低下し、めちゃくちゃな結果になることがあります(参考画像)。すぐ結果が出るものは特異性やや犠牲か。 ですので、既に高い特異性が確立したprimer、実験条件に従うのが重要。新規システムはこの辺り入念なバリデーションが必須。 thermofisher.com/jp/ja/home/lif… pic.twitter.com/8eFoiCrZpL

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ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

基本はやはり↓です。「現行のシステム、条件、プライマーでの」でもいいかも知れせんがそれは当然の話ですよね。 twitter.com/morilyn1123/st…

ペン二郎 @morilyn1123

こんなの「現行のプライマーでの特異度は理論値100%、でも陽性検体が多い状況ではコンタミが起こりやすいので品質管理を徹底しましょう」でいいんですよ。 既に明らかなようにmass testingのような陽性率が極めて低い状況ではコンタミなどまず起こりません。偽陽性を理由にやらないのはナンセンス。 pic.twitter.com/DhAHf662Tc

2020-07-05 12:36:09

ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

↑は通常コロナで利用されているリアルタイムPCRではなく普通のPCRで、電気泳動して判定する定量性のないもの。増幅後の検体を取り出すのでコンタミリスク高い。先程の神奈川の全自動システムは「泳動」「自動判定」と記載もあったので、条件次第で非特異的増幅やコンタミが起こり誤判定も出るかも。

研究者「」@1copyからのRT-PCR @uwemon

PCRをやる人間は初めっからコンタミを凄い気にするんですよ。3/18には既にそれを言っている。だからPCR否認主義者が指摘する事なんてとっくに解決済み。問題にならない twitter.com/uwemon/status/…

研究者「」@1copyからのRT-PCR @uwemon

大量処理で起こりがちな検体の取り間違えとかのヒューマンエラーも起こらないというメリットもある。感染研のプロトコールが推奨するキアゲンのQIAamp Viral RNA Mini KitのQIAcube版もあるのでそれを使えば感染研のRNA採取法を機械化することができる pic.twitter.com/v5k0lwaS3D

2020-03-18 01:38:49

ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

下研究者「」さんのRT、全く同感で、当初ダイヤモンド・プリンセス号の膨大な陽性者の数を見て真っ先に考えたのがコンタミ。 導線や廃棄手段なども含め、運用で大幅に改善出来ることも分かっています。 twitter.com/morilyn1123/st…

ペン二郎 @morilyn1123

私はPCRでコンタミしまくってコントロールでも強陽性地獄を経験してるので、あんなに陽性者が多いと偽陽性の可能性が気になる。

2020-02-07 17:31:15

けんもう新型コロナ対策本部 @kenmomd

プライマー1セットなんですかこれ？ twitter.com/morilyn1123/st… twitter.com/morilyn1123/st…

ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

@kenmomd 非特異的増幅が複数プライマーで同時に起こることは考えにくく、さらにduplicateでも同じ結果というのはよほど条件が悪くないと確率的にあり得ないかな、と。そうなると、1プライマー、1施行陽性で陽性判定していると考えました。

けんもう新型コロナ対策本部 @kenmomd

検体取り違えや汚染のまま気付かずとかインシデントレベルのものを検査の特異度として話すのは紛らわし過ぎるのでやめた方がいいと思う。QCの範疇でマネージメントや環境で大幅に変わるのに