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uchida_kawasaki
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カラ丸
@karamaru_td
新型コロナウイルスは、DNAではなく、RNAであり、二重らせんではなく一本鎖である。これを逆転写(Reverse Transcription, RT)という処理を行い、DNAの二重らせんに変換する。(だからRT-PCRという)
2020-07-13 10:20:48
カラ丸
@karamaru_td
二重らせんと言っても、AにTが、GにCがくっついてるだけで、情報量自体は一本と変わらない。なので、普通に一本鎖から二重らせんに変換できる。
2020-07-13 10:21:07
カラ丸
@karamaru_td
変換したDNAの中に GTGTAACCGTGGGCGTTAG という配列があれば、感染研が指定した遺伝子配列 CACATTGGCACCCGCAATC とくっつくので、発見できる。ウイルスのRNAではなく、ウイルスのRNAを変換したDNAが、この配列を持っているかを調べている。
2020-07-13 10:21:41
カラ丸
@karamaru_td
こうした、特定の遺伝子配列とくっつく短い遺伝子配列をプライマーという。 新型コロナウイルス以外に存在しない特徴的な遺伝子配列からプライマーを作ることで、新型コロナウイルス以外に反応しない正確なPCR検査が実現できる。
2020-07-13 10:22:14
カラ丸
@karamaru_td
多分ここまででPCRの一般的な理解としては十分で、ここから先は技術的にどうやってPCRを実現しているかの解説、本質とは関係ないどうでもいい話になってくると思う。でも書く。
2020-07-13 10:22:40
カラ丸
@karamaru_td
DNAは二重らせんであるが、90度に熱することで、2つの一本鎖DNAに分離することが出来る。 その後、温度を下げていくことで、再び二重らせんに戻ろうとする。この時、2つの一本鎖DNA同士はくっつくことが出来ず、基本的にプライマーとDNAがくっつくことになる。
2020-07-13 10:23:02
カラ丸
@karamaru_td
なぜかといえば、PCR検査キットの中にはプライマーが大量に入っており、ウイルスの遺伝子よりも圧倒的に数が多いので、DNA同士でくっつくことが非常に難しいためだ。
2020-07-13 10:23:18
カラ丸
@karamaru_td
プライマーは2つで1セットになっている。二重らせんが２本の一本鎖DNAに分かれた後、プライマー1はDNAの一本とくっつき、プライマー2はもう一本とくっつくようになっている。
2020-07-13 10:23:57
カラ丸
@karamaru_td
プライマーがくっつくと、それをきっかけに遺伝子のコピーが始まる。プライマーは短い配列だが、その隣、その隣と遺伝子が次々にくっついていき、一本鎖DNAとプライマーから自動的にDNAの二重らせんが形成される。
2020-07-13 10:24:16
カラ丸
@karamaru_td
なぜかといえば、そうなるようにPCR検査キットの中にはプライマーと共にDNAポリメラーゼという酵素が入っており、自動的に遺伝子がコピーされるように調整されているからだ。細胞分裂で遺伝子が複製されるのを人工的に再現しているわけだ。
2020-07-13 10:24:50
カラ丸
@karamaru_td
ウイルスがちょっとしか取れず、ウイルスをDNA化した二重らせんが一つしかなかったとしても、温度を上げることで2つに別れ、温度を下げるとプライマーとくっついてコピーされ、2つの二重らせんが形成される。結果として、1つの二重らせんが2つの二重らせんに増える。
2020-07-13 10:25:30
カラ丸
@karamaru_td
これをもう一度繰り返すと、2つの二重らせんが4つに、さらに繰り返すと4つが8つに、と倍々で増えていく。これを30-40回ぐらい繰り返すことで、非常に少量の新型コロナウイルスでも検出することが出来る。
2020-07-13 10:25:50
カラ丸
@karamaru_td
倍々で増えるのはいいが、どうやって増えたのを検出するか。これも特定の遺伝子配列とくっつくプローブというものを使う。 プローブも新型コロナウイルスの特定の遺伝子配列とくっつくようになっており、温度を上げたり下げたりする中で、プローブはウイルスの遺伝子配列とくっつく。
2020-07-13 10:26:20
カラ丸
@karamaru_td
その後プライマーからの遺伝子のコピーが始まる。遺伝子が次々コピーされていき、プローブがくっついた部分に到達すると、プローブは自動的に遺伝子配列から剥がれる。剥がれるときに蛍光物質が放出される。
2020-07-13 10:26:44
カラ丸
@karamaru_td
これが繰り返されることで、徐々に蛍光物質の量が増えていき、光を当てると色がつくので検出される、という仕組みだ。 こうして色がついていくのをリアルタイムで見ながら、何回温度を上げたり下げたりした結果検出されたかを見て、もともとのウイルス量を推定する仕組みがリアルタイムPCRだ。
2020-07-13 10:27:09
カラ丸
@karamaru_td
詳細は口では説明しづらいので動画かなんかを見てほしいが、プライマー1からコピーされる遺伝子配列と、プライマー2からコピーされる遺伝子配列の間にプローブの遺伝子配列がないと剥がされて色がつくことはないので、正確性が高くなっている。 youtube.com/watch?v=ThG_02…
2020-07-13 10:28:00
カラ丸
@karamaru_td
重傷者に検査を絞る場合、濃厚接触者は不安を抱えながら家で過ごす、軽症者は陽性か陰性か分からず、院内感染を防ぐため病院にもいけず家で過ごす、という事態にならざるを得ないが、その人達が家で過ごしてくれるのは緊急事態宣言のおかげであって、現状では熱がないなら仕事に出てしまう
2020-07-18 17:52:37
カラ丸
@karamaru_td
新型コロナは発症前がウイルス量/感染力が大きく、発熱してから休む、というのでは感染拡大を阻止できないので、「重傷者に検査を絞る」のなら緊急事態宣言をセットにするべきだろうと思う
2020-07-18 17:56:43
カラ丸
@karamaru_td
安心のためのPCRはダメ、全員検査は出来ない、などと藁人形を叩いてる人達は「有症状者へのPCRは否定してない」と言い訳をするだろうけど 体制が脆弱すぎて有症状者へのPCRも出来ない現状が温存される原因を作っており現在進行形で人の命を危機に晒している害悪 news.yahoo.co.jp/articles/b7c16…
2020-07-19 08:10:05
カラ丸
@karamaru_td
4月に発症してPCR陽性 5月に回復してPCR陰性 その後6月に呼吸困難になり入院、緊急救命室に。PCR陽性。 PCR陰性になっても、体内からウイルスが完全に消えることは多分なくて、後遺症に苦しんだり、体内で変異等することで再び再燃し、命を奪われることもありうるのだろうと思う twitter.com/DrEricDing/sta…
2020-07-19 10:13:51
Eric Feigl-Ding
@DrEricDing
Positive test in April with symptoms. Recovered. Negative in May. Then hospitalized in June. Positive Covid again. 🤔 “People don’t believe me that I got it twice. But I have the one from hospital and the one from April,” she said showing her paperwork. foxla.com/news/southern-…
2020-07-18 20:14:58
カラ丸
@karamaru_td
医療提供体制、感染症患者を受け入れる体制そのものが信じられないほど脆弱で、今のレベルの感染者数でも医療崩壊が間近に迫っている。入院先調整中の500人も、これから出てくる軽症患者も「うちで治そう」しか言えることがないほど日本の医療は弱い。
2020-07-19 11:07:00
カラ丸
@karamaru_td
陽性者が出てきたら「最近接触した人は～」と辿っていって検査を受けてもらい、芋づる式に陽性者を発見し隔離するべきだが、そんなマンパワーもどこにもない。保健所は軽症のPCR検査を弾いたり入院先を調整するので手一杯 爆弾はもう爆発するのを待つばかりだ
2020-07-19 11:09:00
カラ丸
@karamaru_td
緊急事態宣言下では医療が崩壊しバタバタ人が死んでいたNYや欧州を見て、正しく恐れることで自粛を成功させることが出来たが、欧米は大部分でパンデミックを克服し、日本より新規患者数が少ないぐらいで、恐れるべき実例が消えてしまった
2020-07-19 11:15:49