PCR検査推進側にもまだ誤解している方がいるかも？ギリギリ陽性は無い。ギリギリ陰性はある。正しく検査するためのノウハウについて(2020.7.23作成)

ramos @ramos59454108

のを恐れて、生命は分解酵素出しまくって自己防衛しています。 (実際、分解されにくい小さなRNAであるmicroRNAは体の中に入っています。東洋人の腸細胞からはお米特有のmicroRNAが検出されます) なので核酸抽出ではクソ強い化学試薬で蛋白変性させ、核酸を取ってくるんです。この時点で分解酵素も

ramos @ramos59454108

変性し、分解懸念もありません。 (前から言っている様に感染懸念もなく、感染研マニュアルのBSL縛りは単なる検査抑制の非科学です) これをさっさとPCRすればいいのですが、PCRも酵素反応なのでこのままではPCRできません。 なので精製操作が必要になります。 精製とはPCR反応を阻害する物を抜く作業

ramos @ramos59454108

ここまで来たらわかると思うのですが、 迅速診断試薬は、なるべく弱い変性剤で柔らかく細胞を溶かし(抽出効率が低い)、PCR反応に影響が出ない様にしただけのミックス試薬です。 それでもPCRの検出限界は神がかっているので、診断に支障はでないだけに過ぎません。 これで大事なのは、感度が下がる

ramos @ramos59454108

可能性があるので、ラボで事前に 5, 50, 500,…と対象遺伝子を入れた検体を作り、迅速診断試薬を使った場合の、検出限界をきちんと見ておく必要があります。 運が悪ければ、貴方のラボの検査限界(陽性陰性の閾値)は、例えば500遺伝子になります。 そして抽出効率が低いので、実際は更に感度は下がる

ramos @ramos59454108

と見るべきです。 それでもProbe法なら50回転、Cq45まで信頼できる数値なので、充分な検出限界確保できることの方が多いでしょうが 僕が迅速診断試薬を推しているのは、日本がこれだけPCRできない人達で溢れているとは(知ってはいたが)想定外だったためです。 あまりに日本はこの分野に弱い なら、

ramos @ramos59454108

混ぜるだけ、誰でもできる迅速診断試薬で検査数を稼ぎなさい。 そんな意図です。 さて、結局まとめると豪語しながら大事なこと書き忘れてる気がさっきから凄くするし、だらだら長文書いてしまったし。……クソだな。

ramos @ramos59454108

①ギリギリ陽性とかねぇよ、ギリギリ陰性はあるしそっち気にしろよ ②全自動検査機はネタ ③死ぬほど人材いないみたいだから、誰でも簡単にできる迅速診断試薬を推してます。でも、事前の閾値確認だけは絶対やれよ初心者ども！ 以上。 ここまで読んで頂いて申し訳ありませんが、このツイだけで良かっ

けんもう新型コロナ対策本部 @kenmomd

定量の難しさなど。 ここら辺読めば良いですか？ A Practical Approach to RT-qPCR — Publishing Data That Conform to the MIQE Guidelines bio-rad.com/webroot/web/pd… The MIQE Guidelines: Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments academic.oup.com/clinchem/artic… twitter.com/ramos59454108/…

ramos @ramos59454108

@kenmomd 前からMIQE読みなさいと言ってきておいてなんですが、実際僕のツイで読んだ人から難しかった。と 確かに僕が研究室入った時だったら理解できなかったなwと MIQEガイドライン作成を話し合ってる学会議事録なども見るといいと思います。論文検索で出てきて昔それ読んだ覚えがあります

けんもう新型コロナ対策本部 @kenmomd

@ramos59454108 情報ありがとうございます 上の論文や台湾のCt値35基準など、Ct値やコピー数と分離培養出来るかを検討しています。これらはご指摘のあたりも考慮されてるんでしょうか。厳密に定量ではなくても判断は出来るのかなと思っていたのですが とりあえず読んできます！

ramos @ramos59454108

@kenmomd 論文のnatureのものをマテメソ読みましたが、サンプル量あたり何コピーか、で議論していて、 僕が指摘した「定量なら何をコントロールにしてどう示すか」は考慮されてないですね。 CqじゃなくCtと呼んでいるのでたぶん自覚的で臨床サンプルから検出できた量でザックリ傾向を論じる感じかと。

ramos @ramos59454108

@kenmomd なのでコピー数推移の議論は10の何乗かのザックリしたオーダーを引いて見る感じでいいかと思います 個人的にはml換算してる痰などはコントロール加えて定量してほしかったなと思いますが。 粘液も細胞も入るスワブなら、なるべく多く拭うことで粘液影響を小さくし細胞補正が現実的でしょうか。

ramos @ramos59454108

今日長文書いたけど3月末に同じこと書いてたわ。 ということは、まだコロナが出てきてもうすぐ4ヶ月。この国は何の進歩もしてない(PCRやったことある人からすれば) twitter.com/ramos59454108/…

ramos @ramos59454108

ちなみに地方ニュースは結構大事です。 こんど見てみて下さい。PCRの映像が流れたとき、検査者はプレートじゃなく8連チューブ使ってませんか？ VVVVVVVV←こんなの これ、PCR一回で96検体測れるのに、最大8個しかやってないことを意味しています。 先日、とある試験機関が自治体に依頼される件数は

ramos @ramos59454108

1日10検体ほど。来月から民間向けにPCR陰性証明サービス（出張者等の需要向け）やろうとしている。って話をTweetしました。 つまり、ホントは今現在でも10倍検査できるはずなんです。 8連チューブ使ってんだから 何故か自治体が1日10検体しか依頼していないだけ。 そして経済が死にます。

ramos @ramos59454108

素晴らしいTweetです。 僕がずっと 「感度特異度を検査旧世代と同じに語ってるやつはPCRが理解できてない。バーカ。リアルタイムに反応曲線見ている検査だせ？」←語彙力ww って言っていたことを 図示して丁寧に説明されています。 twitter.com/Derive_ip/stat…

Noguchi Akio @Derive_ip

PCRデマが発生した理由(とりあえず陰謀説は否定する)は、単純にPCR検査の仕組みが解っていなかったのだと思います。そもそもPCRの検査は例の2×2の表計算を使うべきではありませんでした。あの2×2の表計算の背後には図のような頻度分布があることが前提だったのです。1/n pic.twitter.com/dtI0dLeq2z

2020-07-23 22:51:05

ramos @ramos59454108

まだ「科学に絶対はない」だからPCRの特異度100%は有り得ないと思っているバカへ。 下記記事を読んで考え直して下さい(語彙力ないので人に頼るスタイル)。 あのね、大学で検査に100%はない。って習うじゃん？ その時に理由を考えて理解するのが勉強。 ホゲーと言葉だけ丸暗記するのがお勉強@junmurot twitter.com/Derive_ip/stat…

ramos @ramos59454108

このTweetと合わせて考えて欲しいのは 米国はこの検査数3万5千件でも陽性率2%。つまり検査充実率は50程度で、充実率2500まで50倍足らないということ。 出遅れるとこうなります。 じゃあ、日本は？ twitter.com/AcousticGlimme… pic.twitter.com/sQEmQhEYXa

拡大

拡大

ramos @ramos59454108

テレビつけて何がビビったって、科学的事実を軽視する技官かなんか言う所詮東大出なんだろう馬鹿が、 科学的事実を軽視し世界に逆行しがちな日本医学界が裁判所に「お前らふざけんな」と言われたハンセン氏病を いま正に科学的事実を軽視し世界に逆行する言い訳に使ったこと 久々に怒りで震えたわ

ramos @ramos59454108

た理由はそんな所だろう。 ハッキリ言っておくが、日本のハンセン氏病の隔離政策はキチガイだ。 初めはニアミスから始まった。 光田健輔は確かに国際学会で世界の隔離政策を知り、それを推し進めた。ところが、いざ国策としてやろうという寸前で 世界はハンセン氏病の感染力の弱さに気付き、やめた