系統樹に関する備忘録

langstat @langstat

RT @leeswijzer @aonoa732384 NEXUSフォーマットで距離行列を読み込む際の「diagonal」オプションは，距離行列の対角要素を読むかどうかのon/offです．詳細は PAUP* のコマンド・レファレンスを： http://t.co/j22WoIc

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

@aonoa732384 NEXUSフォーマットで距離行列を読み込む際の「diagonal」オプションは，距離行列の対角要素を読むかどうかのon/offです．詳細は PAUP* のコマンド・レファレンスを： http://ow.ly/60wjS

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多謝！RT @aonoa732384 labelsはラベルがあればそれはどこにあるか。例えばlabels=leftだと一番左側の文字列をラベルとみなします。missingはデータの欠損値を何で表すか。この場合だと"?"です。後は、その下に実際の距離行列を入れて下さい。以上です!!

langstat @langstat

SplitsTree4 RT @aonoa732384 ntax=7;なので分類数7。triangle=LOWERは距離行列うち対角要素の上側、下側、両方のどのタイプの距離行列かで、この場合、下側。diagonalってのがいまいち私分かってません。自信ないです。すみません。。。

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SplitsTree4 RT @aonoa732384 BEGIN DISTANCES;~END;の間でデータタイプを色々指定する訳ですが、以下のようになります。south.nexデータで説明します（chainlettersも距離データみたいですね）。

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aonoa732384先生によるSplitsTree4の使い方講座。「分厚いマニュアル読むのいやだ」と言ったら、怒られましたwww RT @aonoa732384 距離データだとマニュアルの33ページでございます。"19.4 Distances Block"

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@aonoa732384 おお、ありがとうございます！ワガママも言ってみるものですね（←オイッ）。あとで、早速試してみます。おおそうだ、これもトゥギャっておかなければ。。。

A.ONOHARA @aonoa732384

@langstat 以上の説明でおそらくあってると思うのですが、もし間違ってたらご指摘ください。よろしくお願いいたします。

A.ONOHARA @aonoa732384

@langstat labelsはラベルがあればそれはどこにあるか。例えばlabels=leftだと一番左側の文字列をラベルとみなします。missingはデータの欠損値を何で表すか。この場合だと"?"です。後は、その下に実際の距離行列を入れて下さい。以上です!!

A.ONOHARA @aonoa732384

@langstat ntax=7;なので分類数7。triangle=LOWERは距離行列うち対角要素の上側、下側、両方のどのタイプの距離行列かで、この場合、下側。diagonalってのがいまいち私分かってません。自信ないです。すみません。。。

A.ONOHARA @aonoa732384

@langstat BEGIN DISTANCES;~END;の間でデータタイプを色々指定する訳ですが、以下のようになります。south.nexデータで説明します（chainlettersも距離データみたいですね）。

A.ONOHARA @aonoa732384

@langstat お兄さん、ワガママ言わないでください(笑)距離データだとマニュアルの33ページでございます。"19.4 Distances Block"。

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@aonoa732384 遅ればせながら、SplitsTree 4をいぢってみました。Exampleデータからサクっとツリーを描くことができました。エディタで.nexファイルの中身も見てみましたが、なかなか複雑な書式ですね。。。分厚いマニュアル読むのいやだ（ワガママ／笑）

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系統樹として図像的に表現される由来の構造（祖先子孫関係）は、実は「祖先がわかっている」という大きな仮定を置いて描かれているということを知ってほしい。（三中 2010: 174-175）

A.ONOHARA @aonoa732384

大根の断面だけ見ておいしそうかどうかを判断するのか、大根の断面から全体像を想像した上で判断するのか、ただそれだけなんだよね、おそらく。断面をよりよく知るためには全体像のデータもあった方が良かろうと…。まあ、大根の上下に時系列は無いのでより良い説明にはなってないけど…。

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観察されたパターンは提示された因果仮説を経験的にテストするためのよりどころになる。生物の時空的パターンの追求により、現在の私たちはさらに深い考察をすることができるようになった。（三中 2010: 157）

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私たちは現実の生物に関してその形質や分布に関する知見（パターン）を獲得しなければ、そのパターンがどのような因果過程（プロセス）によって生じたかを推論することができなくなる。（三中 2010: 156）

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（承前）系統樹を復元するとは、過去の地球において生じた進化的事象の連なりを、現時点で入手できるデータに基づいて推論することにほかならない。（三中 2010: 97）

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（承前）そのためには、系統推定論がどのような方法論的基盤の上に築かれているのか、いかなる推論様式が系統樹の構築を可能にしているのかについての理解を深める必要があるだろう。（続）

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データが十分にありさえすれば「真の系統樹」が導き出されるというわけではない。そもそも「真」の系統樹が発見できるという考えそのものが問題とされるべきである。（続）

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ちょくちょくツイートを追加しています。 RT @togetter_jp　.@langstat さんの「系統樹に関する備忘録」が250PV達成だってさ、早くしないと乗りおくれるよ！ http://togetter.com/li/161578

Togetter（トゥギャッター） @togetter_jp

.@langstat さんの「系統樹に関する備忘録」が250PV達成だってさ、早くしないと乗りおくれるよ！ http://togetter.com/li/161578

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@aonoa732384 そのうちどこかで機会があったら、「トリッキー」について相談させてくださいまし。ではでは、行って参りますー

A.ONOHARA @aonoa732384

@langstat そうですか。トリッキー、期待します。それではお気をつけて行ってらしてください。

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SplitsTreeの使い方 RT @aonoa732384 .nexおよび.nexusファイルはFile>OpenでローカルにあるExampleデータを選択すればひとまず開けます。.nexの中身はテキストエディタで開けば見れるのでとりあえず描くだけならRより易しいです。