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SAKAUE Akkuş Tatsuya
@sakaue
.@langstat さんの「系統樹に関する備忘録」をお気に入りにしました。 http://togetter.com/li/161578
2011-07-15 11:42:28
えすえすマフラー作戰
@ssmufler
.@langstat さんの「系統樹に関する備忘録」をお気に入りにしました。オイラの無意味なツイートまでまとめられててちょっと笑った。 http://togetter.com/li/161578
2011-07-15 11:19:36
Takumi TAGAWA
@dlit
.@langstat さんの「系統樹に関する備忘録」をお気に入りにしました。 http://togetter.com/li/161578
2011-07-15 11:15:33
ゆうくぼ
@yu_kubo
[twitter][進化][生物学]三中先生の本，読まなくちゃと思いつつそのままになってた。 / Togetter - 「系統樹に関する備忘録」 http://htn.to/aoPQUH
2011-07-15 09:17:47
langstat
@langstat
系統樹思考はオブジェクトどうしを「つなぐ」ことによって体系化を目指す。一方、分類思考はオブジェクトのパターンを「わける」ことによって体系化する。「つなぐ」ためには系統樹が必要となる。そして、「わける」ためには分割された集合すなわち「群」が必要となる。（三中 2009: 17）
2011-07-15 00:55:24
A.ONOHARA
@aonoa732384
実際のデータを使って様々な系統樹作成法の相対的な効率を調べることは、一般には極めて難しい。なぜなら、調べている生物群に対する真の系統樹が知られていることは皆無に近いからである。このため、何人かの研究者が計算機シミュレーションを用いてこの問題を研究してきた。根井(1990)
2011-07-14 21:33:49
A.ONOHARA
@aonoa732384
遺伝距離にびん首効果や近親交配の影響があるときにはUPGMAは誤った系統樹を与えることが予想される。この場合、系統樹の樹形を推定するには、変換距離法や近隣結合法を使うことが望ましい。根井(1990)
2011-07-14 21:32:57
langstat
@langstat
#807. 言語系統図と生物系統図の類似点と相違点（hellog～英語史ブログ） http://p.tl/Tc6W 系統樹を描いているときにこの記事を見つけるとは、何という偶然？ 因みに、ワタクシが描こうとしている系統樹は、比較言語学的なものでも比較文献学的なものでもありません。
2011-07-13 22:32:14
langstat
@langstat
@hola_baja 「性質の違うもの」といっても、どれくらい「違う」ものを入れたらいいのか（少なくとも最初は）分からないですよね。。。質的な研究とか理論的な研究をしているエライ人に若者が「それとそれと比べても、元々が違い過ぎていて意味ないだろ」と怒られている光景をたまに見ます。
2011-07-13 21:53:41
langstat
@langstat
このような外群は、単に「遠縁であると仮定」されているだけですが、その仮定を置くことで対象生物群――外群に対して「内群（ingroup）」と呼ばれます――の系統樹に根をつけることができます。（三中 2006: 173）
2011-07-13 21:42:28
langstat
@langstat
生物の系統樹を推定する場合には、対象となる生物群の中に少なくともひとつは「遠縁であると仮定された生物」を含めておきます。この生物を外群と呼びます。たとえば、ヒトを含む霊長類の系統関係を推定するときには、霊長類に含まれないサルが外群に指定されるでしょう。（三中 2006: 172）
2011-07-13 21:40:59
langstat
@langstat
ある無根系統樹に「根」の情報を付け加えることで、複数の有根系統樹を導くことができます。したがって、無根系統樹は有根系統樹の「集合」とみなすことが可能です。逆にいえば、無根系統樹は「祖先」の概念を抜かれた系統樹ということもできます。（三中 2006: 171）
2011-07-13 21:36:17
@sdohdachi
このごろはコンピュータソフトウエアが容易につかえる。このことは統計や系統推定にとても便利。しかし、昔の手計算でやっていた世代からみるとその仮定となる前提や理論がわからず、データを突っ込んで結果がでるというやり方が多いような気がする。社会実験で電脳使用を一月停めてみるのもいいかも。
2011-07-13 10:01:31
@sdohdachi
@leeswijzer @langstat そう。ロジックは同じですね。ただ生物の分子進化は、形質が４つないし５つしかないこと。変異モデルが明瞭なことなので有効です。言語はどの形質を使うか、変化のモデル、可塑性をどう客観的に評価するか、頻繁な水平伝播をどう扱うかが最重要問題です。
2011-07-13 09:56:54
Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主
@leeswijzer
言語系統樹も生物系統樹も系統推定のロジックは完全に同一ですので，ご参考になれば幸いです． QT @langstat: @leeswijzer 詳細な情報を教えて頂き、本当にありがとうございます。ツールに関しても、〈PHYLIP〉サイトで調べて、いろいろと試してみます。
2011-07-13 09:33:37
kos59125
@kos59125
集団系統樹の分岐パターンのノードに名前をつけるパターンだととんでもない数になるので計算が終わる気がしない。でも 4 集団くらいならやってやれないこともない気がする。
2011-07-13 10:37:04
langstat
@langstat
@leeswijzer 詳細な情報を教えて頂き、本当にありがとうございます。ツールに関しても、〈PHYLIP〉サイトで調べて、いろいろと試してみます。
2011-07-13 09:32:02
Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主
@leeswijzer
@langstat 言語系統樹やネットワークでしたら，最節約法・最尤法・ベイズ法の適用も有望だと思います．E. Paradis のＲ「ape」パッケージ以外にも Joe Felsenstein〈PHYLIP〉サイト http://ow.ly/5CWYO で多数のツールが一覧可能．
2011-07-13 09:25:58
langstat
@langstat
@leeswijzer （承前）統計的な言語研究をしており、ごく最近系統樹に興味を持ち、先生のご著書を知りました。Rで樹が描けるようにはなったのですが、言語データ（頻度分割表を距離行列に変換したもの）にどの距離や結合法が適しているのかを勉強中です http://p.tl/WhOY
2011-07-13 09:11:12
langstat
@langstat
ありがとうございます！大学に所蔵されているので、チェックします RT @leeswijzer ［欹耳袋］ @langstat 「距離」に関しては，その名もズバリ『Encyclopedia of Distances』をレファレンスとしてお薦めします http://p.tl/zBT9
2011-07-13 09:05:52
Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主
@leeswijzer
［欹耳袋］ @langstat 「距離」に関しては，その名もズバリ『Encyclopedia of Distances』をレファレンスとしてお薦めします． http://d.hatena.ne.jp/leeswijzer/20110510/1304857895
2011-07-13 08:08:12
Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主
@leeswijzer
［系統樹思考］本日の反響： @langstat コーパスいぢり 〜langstatの研究日誌〜「系統とか分類とか」（2011年7月12日） http://d.hatena.ne.jp/langstat/20110712#p1 ※距離に関心がおありですか．
2011-07-13 08:06:21