PCR検査における特異度100％の意味と日本の空港検疫・水際対策のダメさとインド変異株。そしてワクチンについて(2021.5.18作成) (2ページ目)

Hiroshi Makita Ph.D. 誰が日本のコロナ禍を悪化させたのか？扶桑社8/18発売中 @BB45_Colorado

@psj95708651 @ramos262740691 @mansakusenn 空港検疫での定量抗原検査の体たらくと諸外国でのPCR検疫検査の実績から、この数はかなり小さいとは考えています。

2021-05-18 08:48:07

ParkSJ　朴勝俊🌹GND 脱原発！グリーン・ニューディール @psj95708651

@BB45_Colorado @ramos262740691 @mansakusenn お忙しいなか早速のご回答どうもありがとうございます。よく分かりました。またよろしくお願いいたします。

2021-05-18 09:13:54

Hiroshi Makita Ph.D. 誰が日本のコロナ禍を悪化させたのか？扶桑社8/18発売中 @BB45_Colorado

@psj95708651 @ramos262740691 @mansakusenn こちらこそ、こういう質問が来ると文章の不味い部分や、自分の理解が不十分な点が明らかになるので助かります。

2021-05-18 09:40:21

ramos2 @ramos262740691

@BB45_Colorado @psj95708651 @mansakusenn RNA抽出についてカラム抽出法(RNeasy Micro)の場合、カラムの最低吸着量がありますので、コロナウィルス換算で100000000個とかいう計算になります。これはQiagenのRNeasy Microの説明書ダウンロードすればRNAの最低必要量書いてあるので誰でも計算できます。計算したシート見つけたらまた貼ります。

2021-05-18 20:45:55

ramos2 @ramos262740691

@BB45_Colorado @psj95708651 @mansakusenn が、ぶっちゃけキット説明書のRNA最低必要量÷コロナ1コピーの重さ(分子量÷アボガドロ数)するだけです。で、実際には検体にはヒト細胞RNAが多く含まれますし、RNAキャリアも入れるので、後は確率論になります。さっきの計算は検体が純然にコロナウイルスだけの時の必要量なので。

2021-05-18 20:48:43

ramos2 @ramos262740691

@BB45_Colorado @psj95708651 @mansakusenn そして、パンデミックで3時間もかかる手作業のRNA抽出やる人は今はいません。RNA抽出工程をスキップできるDirectPCR試薬一択でしょう。ここの抽出効率ですが、おそらく1/200〜1/500程度です。既知の細胞数と既知のコピー数の人工RNA入れて抽出効率見てたマニアックな論文(その人たちは)

2021-05-18 20:54:17

ramos2 @ramos262740691

@BB45_Colorado @psj95708651 @mansakusenn 自らが開発した抽出カセット(抽出部→ウォッシュ部→PCR部に隔壁で分けられたもの)を売りたいだけの宣伝論文でしたが原理上DirectPCRに近いかそれよりいいので参考になるかと)では、1/120〜350くらいだったのと、あととある大学のPCRセンターのラボデータ見ててそれくらいかなと。これも過去ログ救出

2021-05-18 20:57:27

ramos2 @ramos262740691

@BB45_Colorado @psj95708651 @mansakusenn しないと今手元にないのですが（笑）

2021-05-18 20:57:49

ramos2 @ramos262740691

@BB45_Colorado @psj95708651 @mansakusenn カラム最低必要量は、まぁ目視できる大きさのカラムでマニュアルでやるからそれなりに大きい量必要です。しかし、カラム精製時に全部吸われない様にキャリアRNA入れとけば後は確率論になります。ダイレクトPCRは、RNA取ってくるために細胞膜溶かす試薬がPCR酵素阻害するので、効率落ちそうに

2021-05-18 21:01:44

ramos2 @ramos262740691

@BB45_Colorado @psj95708651 @mansakusenn 思ってましたが、正直、コロナで流行ったけど存外いいな。という印象でいます。(今まで研究者が一生懸命抽出してたのは冷凍庫の一生眠り続けるバックアップサンプル増やすためだけのものだったのでは？涙と。まぁ正確な定量には精製必要だからええんやけど…)

2021-05-18 21:03:51

ramos2 @ramos262740691

@BB45_Colorado @psj95708651 @mansakusenn なのでザックリウイルス粒子万個単位あれば見えるっしょ＝感染細胞1個取れれば見えるっすわ。くらいの感覚かな。と思います

2021-05-18 21:07:33

ramos2 @ramos262740691

@BB45_Colorado @psj95708651 @mansakusenn よくある(僕もPCRの解析感度を説明するのに使う)「5コピーのCt値が38なので1個でもあれば検出するよ！」は、検体中の核酸の存在量の話です。ウイルス粒子を溶かす効率については、厳密には既知の濃度作って(核酸含むウイルス様粒子でも作る？)検討するしかないかと。ただ感染者を100%検出できる

2021-05-18 21:14:48

ramos2 @ramos262740691

@BB45_Colorado @psj95708651 @mansakusenn ことの証明はけっこう簡単かと。細胞感染実験系から、細胞取ってきて数数えて希釈してLoD見るだけだし、1感染細胞の検出はまず余裕。

2021-05-18 21:16:51

まとめ

Ct値は目安。量を議論するのは危険。だが「Ct値11」は今までのレベルを凌駕するスーパースプレッダーを意味する(20.. 3189 pv 50

kentarotakahashi @kentarotakahash

「インド在留邦人1万人の帰国ラッシュ」って、これ、オリンピック開催より強力なカードなんじゃないか？ news.yahoo.co.jp/articles/23524…

2021-05-18 07:17:04

kentarotakahashi @kentarotakahash

オリンピックは17日間、オリンピックそのものが隔離されて行われる。海外からの選手および関係者はワクチンは接種済みだろうし、期間中、毎日PCR検査を受けることになっている。対して、帰国する１万人のインド在留邦人は６日間の隔離で、７日目には市中に出て行く。 news.yahoo.co.jp/articles/23524…

2021-05-18 07:25:29

kentarotakahashi @kentarotakahash

オリンピックの選手団は1万人。関係者は2万人まで削減されたらしい。この３万人と、１万人のインド在留邦人のどちらが変異株を市中に持ち込む可能性が高いか。

2021-05-18 07:30:09

kentarotakahashi @kentarotakahash

というか、空港での検査って、今も抗原検査なんだっけ？　抗原検査のみで6日間の隔離？

2021-05-18 07:46:53

kentarotakahashi @kentarotakahash

やっぱり、インドからの帰国者に対しても抗原検査なのか。 twitter.com/yamazakitake01…

2021-05-18 07:48:26