ゲノム編集でノックイン／ノックアウトのゲノムデザイン初心者にありがちなこと

トクロンティヌス @tokurontinus

ノックアウトマウス屋、初期にトランザムして増えすぎたのを片っ端から人員削減した結果、今はコンストラクトの設計をする人がほとんど死に絶えてしまい、逆に職があるという状況下です

トクロンティヌス @tokurontinus

まさかゲノム編集でまた必要になるとか思わないじゃないですか………

Kemtaro @oxt23

そこにも需要あるのか…IVFやエレポ、ぷろぬっくれあインジェクションはあるだろうけど、デザインとか本とかweb見れば誰でもできると思ってた… twitter.com/tokurontinus/s…

トクロンティヌス @tokurontinus

@oxt23 ちゃんと受精卵/ESにはいってワークして、トランスミッションするコンストラクトなんて誰も設計したからないのでな

トクロンティヌス @tokurontinus

@oxt23 エンドで入れる設計自体ほとんどしないし、セーフハーバーに入れることの違いもだいたいの研究者わかってないでしょ

トクロンティヌス @tokurontinus

3末なり5末なり、エンドに入れていくときには、設計の自由度とマテリアル自体に大きな技術的な制限があるのに、セーフハーバーでなんか入れたことがあるってだけの査読者に無理なコメントつけられるってのは多々ある。『あーーこいつ頭は良いけど、何もやったことないな』ってのすぐにわかるよね

トクロンティヌス @tokurontinus

セーフハーバーに入れるのと、エンドのノックインを同じように考えてもらうと困るんですよね、作る技術者が。出来もしないコンストラクトよこしてきて「できねーできねー」って喚くし

トクロンティヌス @tokurontinus

元阪大微研の岡部先生が、なにかのときに話してたけど、学会に行ってポスターの遺伝子改変マウスのコンストラクトの設計図みたら『あ、これはワークしないな』ってのをよく見つけたって話も同じような感じ

トクロンティヌス @tokurontinus

「イントロンに入れるだけだから楽勝っしょ」ってやつは、だいたいスプライシングとかncRNAとか知らないし

UO @druoh

@tokurontinus え、世間の人（？）はエンドのノックイン設計できないの…？

トクロンティヌス @tokurontinus

@druoh アホみたいな依頼めちゃくちゃきますよ………

トクロンティヌス @tokurontinus

@druoh そもそもcr取れないところなのにとか、読み枠ずれたままリードスルーとかザラです。前ボスみたいに最初っから丸投げしてくれた方がやりやすいんすよね

UO @druoh

@tokurontinus gRNAがノックインドナーも切断したり？

トクロンティヌス @tokurontinus

@druoh それはもっとあるww　PAMつぶし入れてくれないのも多いですね

トクロンティヌス @tokurontinus

@druoh あとは地味に何の考えもなしにLoxpの挿入先選んでるのも多いですね。エクソン部分が3の倍数になったときに「スキップしたものできてても大丈夫ですか？」とか「このドメイン消すとnullって言えますか？」とかも質問しても帰ってこないことも多いです

UO @druoh

@tokurontinus あぁ。。。ノックイン、ノックアウトはそのタンパクに対する知識が意外といるのよね。既存のがあるならそれを真似するって選択肢もあるだろうけど。

トクロンティヌス @tokurontinus

@druoh そうすると作る意味があんまり無いんで、真に新しいことやるなら総合的に『デザイン出来る人が必要』なんですよね。まぁもう絶滅危惧種ですがww

ぺーさん @TGtheorigin

マジでそう。indel変異の場合、標的遺伝子のSplicing variantとか機能ドメインとか聞いても、とにかく表現型が出るのをってww 仕方なく文献調査とタンパク機能のウェブブラウザ駆使して標的部位選んだのに、貢献に関して動物作っただけって言われるとムカついて、今後一切関わらない！ってなる。 twitter.com/tokurontinus/s…

トクロンティヌス @tokurontinus

@TGtheorigin めちゃくちゃよくわかります！！

ぺーさん @TGtheorigin

@tokurontinus 共感ありがとうございます！RGENでマイクロホモロジーが3の倍数変異になりにくいgRNAとかわざわざ選んでるのに、変異個体出来たら〜やっぱCRISPR簡単なんだ〜って言われると、いやいやデザインが肝ですがなってなります。こういうのなかなか共感得られませんよね…

トクロンティヌス @tokurontinus

@TGtheorigin もう本当に『ワカル』しかないです😭 スプライシングバリアントやスキップのことなどまったく考えてないfloxedとかKOデザインをこちらでさりげに修正してても何の努力もしてないかのように思われてるの何度もあります……

トクロンティヌス @tokurontinus

こういう話を、じっくりと話したのは富山の森先生と、新潟の阿部先生だけだし、ちゃんとコンサルできる人、実はほとんどいないよね twitter.com/tokurontinus/s…

トクロンティヌス @tokurontinus

あとは筑波の高橋先生たちや、熊大の荒木先生、阪大微研の伊川先生のような『ちゃんとコンサルできるところ』に相談した方がいいですよね twitter.com/tokurontinus/s…