科学ライター・彩恵りりさんによる、奈良公園の「ニホンジカ」が独自の遺伝子型を持っていた！、という福島大学や山形大学・奈良教育大学の研究チームの発表を解説する連続ツイート

彩恵りり🧚‍♀️科学ライター✨おしごと募集中 @Science_Release

奈良公園の「ニホンジカ」は独自の遺伝子型を持っていたという結果が発表されたよ！詳細をリプで解説するね！ Toshihito Takagi, et al. "A historic religious sanctuary may have preserved ancestral genetics of Japanese sika deer (𝐶𝑒𝑟𝑣𝑢𝑠 𝑛𝑖𝑝𝑝𝑜𝑛)". Journal of Mammalogy, 2023. pic.twitter.com/Dubm0lpLrg

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奈良と言えばシカ！というイメージは多くの人が共有している事だよね？日本で見かけるシカは「ニホンジカ (𝐶𝑒𝑟𝑣𝑢𝑠 𝑛𝑖𝑝𝑝𝑜𝑛)」と言って、主要四島から離れた島まで、日本各地に生息しているよ。また、中国とロシア、そして台湾島にも、日本よりは分布は少ないけれど現在でも生息しているよ。

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こんなに分布が広いと、ニホンジカの分布の広がりを時系列的に推定可能だよ。実際、ニホンジカの遺伝子を調べた過去の研究によると、ニホンジカは元々日本列島にいたわけじゃなく、氷河期で海水面が低下し、ユーラシア大陸と日本列島が地続きだった時代に、少なくとも2回やってきたと見られているよ。

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そしてニホンジカは、日本列島にいた数千年間の中で、人間の狩猟対象として狩られてきたよ。その一方で鹿島神宮や春日大社では、日本神話の主神、建御雷命の使いの「神鹿」として手厚く保護されてきたよ。今でも奈良公園のシカは、国の天然記念物として保護されているよ。 pic.twitter.com/Xueby2ffL6

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ところで、これらの文化的に保護されてきたシカって、周辺の野山に生息しているシカって区別がつくのかな？長い距離を移動できる動物だから保護地区の内外を行き来きしているかもしれないし、保護地区にだけ特別な系統が生き残っているかもしれないよ。

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特に、1000年以上も保護されてきたと言われている奈良公園のニホンジカなら、ひょっとすると特別な系統がみつかるかもしれないよ。今回の福島大学や山形大学、奈良教育大学の研究チームが発表した研究は、人間が歴史的に保護してきた場所のニホンジカについて遺伝子的な特徴を調査したものだよ。

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調査対象となったニホンジカは、奈良公園内で死亡した個体や、紀伊半島の30ヶ所で、害獣駆除などの理由にて認可の下で狩猟された合計294頭で、筋肉や血液のサンプルからDNA配列を調べたんだよ。

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今回調べられたのは、ミトコンドリアDNAの「D-loop領域」の部分配列と、「核SSRマーカー」の繰り返し配列だよ。それぞれについて軽く説明すると、細胞にあるDNAは 、ミトコンドリアにある「ミトコンドリアDNA」と、細胞核にある「核DNA」の2種類があって、それぞれの特徴があるよ。

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D-loop配列は、ミトコンドリアDNAの中でも特に変異の起きやすい場所で、その変異を辿っていけば、その種がどういう風に分布を広げていったのかを辿る事が可能だよ。ミトコンドリアDNAは細胞の中に複数あるから、核DNAと比較してPCRなどで増幅して調べる事が簡単、という利点もあるよ。

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核SSRマーカーは、核DNAに観られる配列の事を言うよ。核DNAの塩基配列を調べてみると、特定の配列が数回繰り返して出現するところがあるよ。この繰り返し配列は多様性があり、個体を識別できるほどだよ。そしてこの特徴で個体をグループ化してそのグループがいつ分岐したのかを推定する事も可能だよ！

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今回調べた294個体では、ミトコンドリアDNAでの系統解析によって紀伊半島全体で18種類のハプロタイプ (遺伝子によって分けられるタイプ) に分けられる事が判明したけど、その中で奈良公園に生息するニホンジカは、他の場所では一切観られない独自のハプロタイプである事が判明したんだよ！ pic.twitter.com/KP4z4Qwf5z

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更に核SSRマーカーによる解析によれば、紀伊半島のニホンジカは半島の東部と西部、そして奈良公園という3つの集団に分かれる事、紀伊半島中央部では東部の集団と西部の集団が混ざっている事が分かったんだよ。この2つの点で、奈良公園のニホンジカの集団は特別なことが分かるね！ pic.twitter.com/MNVpeLnHg9

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更に、系統がいつ分岐したのかを調べてみると、かつては3つの集団は全て同じ祖先の系統に属していたんだけど、約1400～2000年前に奈良公園の集団が、続いて約500年前に東部の集団と西部の集団へとそれぞれ分岐が生じた、という事が判明したんだよ。

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これらの結果から奈良公園やその周辺のニホンジカで何が起こったかが推定できるよ。奈良公園の集団の分岐年代が古いということは、周辺ではニホンジカは絶滅あるいは激減してしまったんだけど、奈良公園の集団だけは1000年以上も例外的に生き残ってきたと考えられるんだ。

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春日大社が創建されたのは神護景雲2年、西暦で言えば768年だよ。ニホンジカを信仰の対象として保護されてきた事と、この地域でのみ例外的にニホンジカが生き残っていたことは、偶然の一致とは考えにくいよね？

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という事は、この地域のニホンジカだけは、一度も絶滅することなく人間によって1000年以上も護られてきたってことなんだ！ただ、ニホンジカは、害獣として駆除されたり、食糧難の時に密猟されて食肉とされた歴史から、色んな地域で数が一度激減しているよ。

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逆に、最近はいろんなところで、ニホンジカの数が増えすぎてしまって、いろいろな問題が起こってもいるよ。だから、人間とニホンジカとの共存はとっても難しい課題なんだ。これからの私たちが野生動物と共存していくためにも、生き物の歴史や多様性、その保護についての研究に関心を持てるといいね！

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[元論文] Toshihito Takagi, et al. "A historic religious sanctuary may have preserved ancestral genetics of Japanese sika deer (𝐶𝑒𝑟𝑣𝑢𝑠 𝑛𝑖𝑝𝑝𝑜𝑛)". Journal of Mammalogy, 2023: gyac120. DOI: 10.1093/jmammal/gyac120 academic.oup.com/jmammal/advanc…

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[参考文献&画像引用元] 福島大学, 山形大学 & 奈良教育大学. "「奈良のシカ」の起源に迫る ―紀伊半島のニホンジカの遺伝構造とその形成過程―". (Jan 31, 2023) 奈良教育大学. nara-edu.ac.jp/news/2023/01/e…