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タンパク結晶放射線損傷のはなし(ずっと続く)

@kita_shunの素朴な疑問をきっかけに繰り広げられた深夜の結晶損傷についてのツギャリ。「損傷がらみの議論の都度」足していけたらなぁと。
科学 jpxtal
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@kita_shun
今回、PFでの測定でRADDOSEを使おうと思ったのだが、よく理解していなくて利用できなかった。アミノ酸残基数とかASUの分子数とか記入するところがあるけど、計算に必要なのだろうか?次回の測定までに勉強しよう。
Naoki Sakai @nsakaii
@kita_shun 結晶の中の原子数がパラメータになるので必要なんだよー。だから結晶の大きさもパラメータになりまする。と,この前の結晶学会で勉強した気がする。これでええんか?>@kun32xu
ひ○たく @kun32xu
@nsakaii @kita_shun やぁ。「X線照射により結晶にエネルギーが蓄積されると内部に活性種(ラジカルとか)ができてそいつらが結晶の中で暴れて結晶が壊れる」という理解で概ねOK。(つづく)
ひ○たく @kun32xu
@nsakaii @kita_shun RADDOSEはその結晶の「エネルギー吸収のしやすさ」(線吸収係数)を計算する代物なので正味な話必要なのは「電子密度」となります。最終的には線吸収係数と「結晶全体の大きさ」(厚み)+X線情報で吸収されるエネルギー量を見積もる、と(つづく)
ひ○たく @kun32xu
@nsakaii @kita_shun ちゅうわけで、結晶の電子密度を計算するためのパラメータは少なくとも必要ってことに。注意するべきなのは「重原子の量」。金属はもちろん、C, N, O などに比べて電子が多い原子がリッチに入っている(バッファーも)場合には指定しろ、と(つづく)
ひ○たく @kun32xu
@nsakaii @kita_shun ひとまず参考URLは件のエルスペス研。http://t.co/rzfZplVs のここ。じゃまた!
@kita_shun
@kun32xu @nsakaii なるほどぉ。ありがとうございます。パッと見、結晶の大きさ以外は何とかなるかなって思いました(予め聞いておけば)。結晶の大きさがゴニオ上で見積もれればいいんですけどね。
ひ○たく @kun32xu
@kita_shun そうなんすよね~。factor of 2。簡単に2~3倍の誤差は入ってしまうのが結晶の大きさパラメータです。うちだとビームを細く絞って結晶を動かしながら回折とって、位置情報.vs.回折点数プロットでかなり正確に結晶サイズが分かります!@nsakaii
@kita_shun
@kun32xu えっ、すごいですね、その位置情報 vs 回折点数プロット  って。それは32番のみの仕様なんですか?@nsakaii
@kita_shun
@kun32xu なるほど、そういうことですか。ビームサイズによってどれぐらい誤差が出るんですかね。でもそれも結晶サイズにもよりますね。やっぱり勝負結晶だったら自分で大きさ測っておけってことでしょうか(顕微鏡で)。@nsakaii
@kita_shun
@kun32xu 今回他の人の結晶で、前にデータセットとったけど、途中からdecayしてたからそこのところ注意してデータとってほしいって言われたんです。だから低角サチらない程度に照射して、3カ所を移動してデータ撮りました。場当たり的です。これがbestかわからないんですね。
ひ○たく @kun32xu
@kita_shun 見積もりは可能なので考えてみてくだされw まずは使ってみて(RADDOSE)基準の測定条件を持つことが大切なのでそのきっかけ作りと思いましょう!@nsakaii
Naoki Sakai @nsakaii
@kun32xu @kita_shun 結晶のdimensionのゴニオ上での計測は僕もあるといいなあと思っているのです.顕微鏡ではイマイチなのよね
ひ○たく @kun32xu
@kita_shun 少なくとも両方のビームラインのフラックスビームサイズは知っておいて、後で比較検討ができるようにしないと「次も場当たり的」なはずですね。まずは「データが死んだ」と考えところをどこにするのか明確に。その条件を満たす、エネルギー、総入射フォトン数は概ね?
@kita_shun
@kun32xu はい。今度測定行く時は、事前情報を収集してRADDOSE使ってみます。ありがとうございました!!@nsakaii
ひ○たく @kun32xu
@kita_shun 3箇所の場所の移動のステップは?3点にした根拠は?1点あたりの総入射フォトン数は?使用エネルギーは?全て根拠がないように見えるのです。是非、RADDOSEで少なくとも1点あたりどのくらい露光しても大丈夫か、計算してみてください!わかんないことはいつでも!
@kita_shun
@kun32xu あっその辺は事前に調べていて(フォトンフラックス)、何枚目あたりからdecayしたから今回は60度づつ3カ所で撮れば十分だよね、とか2人で相談したんですけど、なにぶんdecayする前に場所変えちゃいますし、自信なかったんです。それでRADDOSEを見つけて...
@kita_shun
@kun32xu はい、その辺はめっちゃ曖昧なまま(感覚で)やってます。分からなくなったらまた相談します。よろしくお願いします。>3箇所の場所の移動のステップは?3点にした根拠は?1点あたりの総入射フォトン数は?使用エネルギーは?
Naoki Sakai @nsakaii
@kun32xu いやいや,ためになる解説でみんな助かっていると思うよ。僕はただの火付け役ですから。地道に広めて行こうぜ。Radiation damageの話。@kita_shun
K. Yam @yam_cpp
@kun32xu @kita_shun 3点とかに分けるよりは,基本的にはB因子vs frameが安定するhelical data collectionが良いんですかね.結晶内部での同型性が微妙な場合はどっちが良いか分からないですが..
ひ○たく @kun32xu
@kita_shun お、すばらしい!が、本当はずらす量もビームサイズや損傷伝播距離から見積もるべき。今回は当てなすぎの問題がある、ならば、時間が許せば同じ測定を二、三回(冗長的に)やってスケールの温度因子を見て寿命を決めるのが賢いです。
ひ○たく @kun32xu
@yam_cpp 同型性の議論はむずいが、損傷量をデータセット内部で均一に分配する方が精度は高くなるよ。確率的には同型性が問題になる方が少ないです。@kita_shun
@kita_shun
@kun32xu @yam_cpp ずらす距離も見積もれるんですね。今回は、長細い結晶で端、真ん中、端と当ててしまいました。分解能と回折斑点から感覚的に(あぁぁぁ)同型性を確認してです。
ひ○たく @kun32xu
@kita_shun @yam_cpp そのうち測定条件提案ツール、KUMAシステム(オレ作)が日本のスタンダードになるから待っててw
@kita_shun
@kun32xu KUMAシステムって測定条件提案ツールだったんすか。早く使ってみたいです!よろしくお願いします。こちらももう少し勉強して、とりあえず次回の目標として、RADDOSEを使ってみようと思います。@yam_cpp
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コメント

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