XDSによるIce ringの処理

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@kun32xu @yam_cpp XDS.INP探してるんですが、EXCLUDE_RESOLUTION_RANGEは無いですね。なんでだろ…

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@yam_cpp @kun32xu あ、分かりました。コマンド間違ってた…xdsme filename -I　って打つとコマンド認識しないんですね…xdsme -I filenameにしたらちゃんとありました。ごめんなさい…

ひ○たく @kun32xu

@HironoriSuzuki @yam_cpp てことはさらにデータがよくなる可能性？wktkですね。

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@yam_cpp @kun32xu 色々とありがとうございます。結果的にはMRで解けるようになって、Rwork/Rfreeが24%/33%となりました。もう少しyamさんが言ったように注意深く解析したら、なんとか出せる気がしてきました！

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@yam_cpp @kun32xu 遅くなってしまったけど、ありがとうございます。最近、構造解けなければ他の結晶試すばかりで、一つのデータをとことん解析するということをしていなかったので、勉強になりましたm(_ _)m

K. Yam @yam_cpp

@HironoriSuzuki @kun32xu 解けたのですか？おめでとうございます！解析を攻めるか、もっと良い結晶を作るかは、なかなか引き際が難しいですよね。

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@yam_cpp @kun32xu MRで解けて、imosflm使った時より、Rwork/Rfreeが下がったのでいい感じです。あとはどれだけ下げれるか…ちなみに自分でice ringの領域を指定したら、統計値が悪くなってしまいましたorzもっと修行が必要ですね(^_^;)

ひ○たく @kun32xu

@HironoriSuzuki @yam_cpp おめでとさーん。みんな自分が得意なとこをやり直すんだなぁ、うまくいかないときw がんばってファイナライズしてくださーい。

K. Yam @yam_cpp

@HironoriSuzuki @kun32xu 自動のice ring領域指定で処理したってことですか？それとも分解能で一律に削らずにoutlier削除ですか？どちらにせよ，ice ringなしの時に比べてマップも若干バイアスかかると思いますし，その点にも一応ご注意下さいー

K. Yam @yam_cpp

前にふぃる先生に「アイスリングはどう処理するのがベスト？」と聞いて，「アイスリングは無いのが一番さ！」と言われてビビったのを思い出した．でも，ごもっともです．

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@yam_cpp @kun32xu 自動のice ring指定ですね。outlier指定はまだ試してないです。また、試したらつぶやきまする！

K. Yam @yam_cpp

@HironoriSuzuki @kun32xu なるほどー．自動で指定された範囲全てにアイスリングが出ていたらそれで良いと思いますが，そうでなかったら勿体無いので手動で範囲を消してDEFPIXからやり直したら良いかもですね．というか今日は結婚式ですよね？！どうぞお楽しみ下さいー

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@yam_cpp まぁ間違いないですね。誰かどんな蛋白質でも使えるcryopeotectant開発してくれないかなぁ…と思う今日この頃です。

K. Yam @yam_cpp

@HironoriSuzuki そうですよね．高圧法はちょっと普通にはできませんし…．結晶丸裸法は誰か試してみてほしいです．

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@yam_cpp 結晶丸裸法？キャピラリートップマウント法とは違う方法ですか？細長い結晶でループからはみ出た場所と母液に入ってる場所を比較したことありますが、外はかなりデータが悪くなった覚えがあります。勿論、結晶によるとは思いますが…

K. Yam @yam_cpp

@HironoriSuzuki これですこれですhttp://t.co/iwfqRoUS キャピラリートップマウントと，ほぼ同じようなことかも知れません．これはあくまで「ループに乗った」状態ですが．