XDSによるIce ringの処理

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

ice ringがひどいデータを処理したいので、xdsmeのversionを上げてみた(0.4.9→0.5beta1)。xdsmeの処理の最後に出てたエラーが出なくなって、統計値が出るようになった。これはイイ！

ひ○たく @kun32xu

@HironoriSuzuki アイスリングの回避だけなら分解能範囲を指定してそのエリアを無視することが可能でする(複数指定可能)。手入力ですけどねw 新しいxdsmeには自動認識が？だとすると便利ですね。

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@kun32xu 新しいverにはice ring用のオプションがありました。ただ、あんまり今回のデータでは変わりませんでした。imosflmではice ring を除くとMRで解けたのですが、xdsmeでは解けない…スポットがice rigに比べて弱いのが原因かもしれないです…

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@kun32xu mosflmで処理したデータでは、Rfreeがどうしても落ちないので、統計値が良くなるxdsを使いたいのですが、色々いじらないと無理そうです。結晶化からやり直すしかないかもしれません…(TT)

ひ○たく @kun32xu

@HironoriSuzuki つ yamさんにデータ転送 というのは冗談でw 統計値は強度の統計値ですね。処理プログラム間で劇的に変わるんでしょうか？Rfreeがどのレベルで下がらないかによりますが35%切るくらいならば結晶化からってのは不要な気がします。

K. Yam @yam_cpp

@HironoriSuzuki @kun32xu これ(DeIce)試してみます？ｗ（半分以上興味本位で）http://t.co/3Z3tFazP 論文はこちら http://t.co/tFBTicf5

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@yam_cpp @kun32xu Rfree35%前後と言うところです。プログラム変えるとcompletenessも良くなるので、データ良くなるかなと思いまして。DeiceはValueErrorで止まってしまいました。Numpy入ってるはずなんですが…

ひ○たく @kun32xu

@HironoriSuzuki @yam_cpp デアイスだめかぁw 処理プログラムの問題か、リファインメントの問題かを早めに切り分けた方が良さげですね。デアイスに期待、てのは時間があるときとして、xdsのデータに期待。

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@kun32xu @yam_cpp Rfreeが下がらないのは、結晶=元データが悪いと思ってます。スポットが二つに分かれてる角度もありますし。試したcryoprotectantも結晶を溶かしてしまうので、ice ringは消せない…条件最適化もしたんですが、逆に分解能落ちました…

K. Yam @yam_cpp

@HironoriSuzuki @kun32xu アイスリングは積分のときにEXCLUDE_RESOLUTION_RANGE=で切ってる感じですか？切ってる範囲は実際にリングが出てる範囲と合ってます？場合によっては無視して処理してwilson outlierを切るだけで良いかも…

K. Yam @yam_cpp

@HironoriSuzuki @kun32xu あ，じゃあこれはどうですか？http://t.co/iwfqRoUS MicroMeshなどで拾って溶媒を吸い取ればクライオプロテクタント不要という…これも興味本位ですがｗ

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp @HironoriSuzuki 先生、ウイルソンアウトライヤー切る術を。correctのコマンド？HKLもリジェクションプロバビリティで切れるっす。てかすずきさんはHKL嫌い？

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp @HironoriSuzuki どんどん出てくるyamえもんの逆空間ポケットw

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@kun32xu @yam_cpp 今は色々試せる程、時間が無いっす…取りあえずHKLは好きではないですね(^^;) 前に自分のLinuxに入れたのですが、期限切れで使えません。 mosflm、xds試して駄目なら試してみても良いかな(消極的に)と思うくらいです。

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu @HironoriSuzuki 嘘言ったんで消して書き直しますｗ

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu @HironoriSuzuki CORRECT時，REJECT_ALIEN=で指定した（デフォルト20）Z値以上のoutlierが，XDS_ASCII.HKLでは負のσ(I)としてマークされて，その後の処理からは消されます．

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@kun32xu @yam_cpp なんちゃって構造解析者なのでimosflm、xdsmeで単純に処理するくらいしか出来ないです。ちゃんと構造解析学びたかったorz

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp @HironoriSuzuki ふぁぼったす。一回しかcorrectしてない場合にもすでにリジェクトされてるように思ってたんですが、もしやこの作業やって二回目しないと統計値テーブルに反映されない？

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp @HironoriSuzuki ふぁぼったす。一回しかcorrectしてない場合にもすでにリジェクトされてるように思ってたんですが、もしやこの作業やって二回目しないと統計値テーブルに反映されない？

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu @HironoriSuzuki あるいはデフォルトでZ>10のoutlierはログに出力されるので，たとえばgrep alien CORRECT.LP > REMOVE.HKLしてもう一回流せばこれらは消えますが，機械的にやらず注意深く確認することが推奨です

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu @HironoriSuzuki すみません，間違えたので消しましたｗ REJECT_ALIEN=以上の反射はリジェクトされますね．"alien"としてCORRECT.LPに出てくるのと混同してましたorz

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp @HironoriSuzuki らじゃw でもそうやってアウトライヤを削ってけるのは知っとくと便利ですなぁ。ありがとうヤム衛門w ところで注意してアウトライヤ削ってくとき注意してみてるパラメータってあります？あったらおせーてください。

Hironori Suzuki @HironoriSuzuki

@yam_cpp @kun32xu ごめん、全くついていけてないorz　yamさんが言ってるEXCLUDE_RESOLUTION_RANGE=だの、REJECT_ALIEN=が見つからないのですが、どこにあります？

ひ○たく @kun32xu

@HironoriSuzuki @yam_cpp XDS.INPをチェックするとよいはず。xdsmeでアイスのオプションをオンにしたらインプットに入ってるはず。リジェクトのは自分でXDS. INPに入れるといきるんじゃないかな？

K. Yam @yam_cpp

@HironoriSuzuki @kun32xu いまxdsmeのソースを見たら，iceオプションはEXCLUDE_RESOLUTION_RANGE=を設定（いつも同じ値；写真を見て決めるわけじゃない）するみたいです．なのでひ◯たさんが言うようにXDS.INPを見てみてください