相同性検索じゃなくて、配列類似性検索

ツバサ @wingedtw

はっ。BLASTは相同性検索と言うには若干語弊があるのか…。配列類似性検索と言うべきならしい。 http://bit.ly/fEmsDn 学問とは奥が深いもんだ。

オープンデータ推進者なので情報共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ @bonohu

送られてきた文書みてる。相同性検索じゃなくて、配列類似性検索じゃ？

meso_cacase @meso_cacase

@bonohu エッ、その２つを区別していませんでした。勉強してきます、、、

meso_cacase @meso_cacase

相同性というと、オーソログやパラログを指すのか。Wikipediaから引用「相同性はあるかないかのどちらかであって、「相同性が高い」「ホモロジーが低い」といった表現は誤りである。これはたいていの場合「配列類似性が高い」「シミラリティーが低い」と言い換えることで適切な表現になる。」

飯田 啓介 @ksukeiida

@meso_cacase 相同性はあるかないか，高い低いはまちがい．知らなかった．これから気をつけます

meso_cacase @meso_cacase

@bonohu 略称も無意識のうちに使っていました。より広い読者の視点でもう一度読み直して点検します。ありがとうございます！

meso_cacase @meso_cacase

ずっと塩基配列を扱ってきたのに区別せずに使っていたとは。過去の自分の文章を検索して恥ずかしくなっています。。。

飯田 啓介 @ksukeiida

@meso_cacase @bonohu まあ，そういうものですよ．そういうのを直すのがオイラの仕事

オープンデータ推進者なので情報共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ @bonohu

@meso_cacase はい。もともとは進化的な「類似性」、すなわち相同性を探すツールだったところから誤用が広まっているように思います。 拙著や拙訳のバイオインフォマティクスやゲノミクスではそのへん使い分けてますよw

meso_cacase @meso_cacase

@bonohu そういえば英語で書くときはhomologyとsimilarityをきちんと使い分けていました。それと同じと考えると納得です。

オープンデータ推進者なので情報共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ @bonohu

@meso_cacase えらった出しましょうw

meso_cacase @meso_cacase

@bonohu ネット上の記事など直せるものから修正し始めてますorz

Taro L. Saito @taroleo

@meso_cacase 情報系から入ると、その用語の使い方を新鮮に感じたのを記憶しています。意味はわかるので違和感はなかったのですが、「相同性」は正しく使った方がいいんですね。

(^_^)/ @_shk

inMeXes→WebLSDだとhomologyの用法がいろいろわかる http://t.co/e1RydQ4b