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「福島でゲノム解析」発言に対する生命科学クラスタのツッコミ....その後

細野環境相の「福島でゲノム解析」発言に対する生命科学クラスタのツッコミ(http://togetter.com/li/364596)の続きです。
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UO @druoh

@n0rr @kolmogorov45 いや個々の細胞レベルで異常のでるレベルの被曝があったとしても、全ゲノムシーケンスで個々の細胞レベルでの変化は捉えられないでしょ?仮にSNPが見つかったとして、それがSNPなのか、被曝によるものかも判らんよね?(続く)

2012-08-31 01:36:21
つぶ(す)あん @tsubu2an

@n0rr コントロールがそろってないんだよ。日本人はとくに出遅れてるんだ。データとしても今健常者として解析されているのはせいぜい200人程度じゃないだろうか。

2012-08-31 01:36:41
@n0rr

@kolmogorov45 @druoh 研究拠点が被災地の産業創成に繋がるなら合意が得られるのかもですよ

2012-08-31 01:38:19
なはとがる @Nachtigall_PhD

@n0rr @druoh @kolmogorov45 望んだ結果が出ればね。推論で科学的な物すら否定している姿は、散々報道されたり報道側がそちらに誘導するから、ふつうにあり得る。それは教育の問題じゃなく感情論。

2012-08-31 01:38:46
UO @druoh

@n0rr @kolmogorov45 被曝による変化は個々の細胞で異なっている=mosaicで起こるのだけど、どれくらいで起こっていればdetectできる?10%?1%?そんな高い割合で同じ変異が入らないよね?

2012-08-31 01:39:02
@n0rr

@tsubu2an じゃあいつはじめるんですか?

2012-08-31 01:39:26
UO @druoh

@n0rr @kolmogorov45 さっきも書いたけど全ゲノムシーケンスしたとして何%の細胞に同じ変異があれば、変異としてdetectできる?俺は10%の細胞で共通した変異があるならsomatic mosaicの可能性を疑うよ。(1%のsomatic mosaicだってある)

2012-08-31 01:56:22
@n0rr

@nisyam @druoh @kolmogorov45 体細胞の変異は体細胞の変異として見つかるのではないですか?

2012-08-31 01:58:00
UO @druoh

@nisyam @kolmogorov45 @n0rr 調べるなら事故前に生まれた子供と後に生まれた子供を親とセットで調べる、というのが一番妥当でしょうね。低レベル放射線被曝による次世代への変異。それでもただのde nove変異とどう区別するのかという感じですが。

2012-08-31 01:58:51
GyouzaSpec @GyouzaSpec

RT @nisyam: @druoh @n0rr @kolmogorov45 放射線による変異(現役世代)だと、体細胞変異なので全ゲノム解析では見つからない。赤子でこれまでSNPがあまり知られてない領域に変異が…というのが多数発見されれば価値はありますね。やってみないとわ ...

2012-08-31 02:02:15
@n0rr

@druoh @kolmogorov45 シーケンスしたなら一個からいけます qv高いシーケンスのミスマッチ塩基数数えて、それをスパイクで入れたphixで正規化して比較とかどうでしょう

2012-08-31 02:03:11
Satoshi NISHIYAMA @nisyam

@n0rr 放射線による体細胞遺伝子変異は、細胞ごとにランダムな位置に起きると考えられます。調べ方によるとしか言いようがないですが、一般的な方法でゲノム解析というと、組織全体のなかでレアな変異は検出しづらいのでは。@druoh @kolmogorov45

2012-08-31 02:03:46
@n0rr

RT @Nachtigall_PhD: なんか、福島のゲノム解析、うがった見方すると、至る所で世界に勝ち目がないNGS屋さんが延命のためにやるようなイメージが出てきてしまう(´・ω・`) これまでもだいたいそうやって日本の科学技術予算が変な風に偏って今の衰退に近い状況招い ...

2012-08-31 02:06:25
@n0rr

@nisyam @druoh @kolmogorov45 既存のツールは二倍体前提で変異が揃ってる?ところを検出するのでそれでやるとシーケンスエラーと一緒に捨てられますね

2012-08-31 02:08:38
UO @druoh

@n0rr 一般論として全ゲノムシーケンスをする場合、同じ領域は何回読むもの?

2012-08-31 02:08:51
Satoshi NISHIYAMA @nisyam

@n0rr 研究レベルの精度と、百万人を処理できる精度は大きく異なると思います(´・ω・`)。まぁ全福島県民、というのがあくまで談話レベルだと思うので、何も実行されないのを期待してますが。。@druoh @kolmogorov45

2012-08-31 02:09:02
@n0rr

@druoh すごく少なくて30と考えてます 平均でそれだと薄いところは泣きそうになりますが…

2012-08-31 02:13:15
@n0rr

@nisyam @druoh @kolmogorov45 サンプル調整は大部分自動化されてるのでデータの精度は期待できますしBGIに出したら文句なしだと…思います…ヽ(;▽;)ノ

2012-08-31 02:17:38
UO @druoh

@n0rr 平均100回として、ギリギリ1%の細胞に入っている変異が1リードに入っているって程度。実際の体細胞変異は0.1%にも入らないと思うから平均1万回ぐらい読めば何か見つかるかもねって程度じゃないかな?それを数万人規模でやれるの?

2012-08-31 02:17:50
@n0rr

@druoh 一カ所一カ所に注目すると無謀です。なのでシーケンス全体のうちのミスマッチを数えたいのです

2012-08-31 02:19:57
@n0rr

@druoh メカニカルなエラーについては既知のファージのサンプルを混ぜ込んで一緒に読んでそれを使って正規化したいです

2012-08-31 02:21:49
UO @druoh

@n0rr 同じ事じゃないの?同じ領域を読んで、9999リードはマッチして、1リードがミスマッチとかそういうレベルでの話になってくると思うんだけど。

2012-08-31 02:22:10
@n0rr

@druoh シーケンスされてマッピングされた塩基のうちのミスマッチな塩基の数を数えます。領域の特定はやらないです。シーケンスエラーかもしれないし、同じ変異は二度と見つからないと思うので

2012-08-31 02:25:58
@n0rr

シーケンスをマッピングした後多型抽出してアレイみたいなデータにしちゃったらあっても何も出て来ないに違いない。生のシーケンスのミスマッチの数を数えたなら何も出て来て欲しくないしないから出ないに決まってる。

2012-08-31 02:33:42
@n0rr

っていうか俺前にその解析やってないか…? snpコールじゃなくてミスマッチ数えて遺伝子間で比較してそれが発現量とちゅっちゅしてるやつ

2012-08-31 02:35:56
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