-
- いいね！0
Taro L. Saito
@taroleo
@skwsm http://www.w3.org/TR/rdf-dawg-uc/ の最初のWriting a simple queryのsectionで、もうすでにsimpleじゃないのがなんとも
2010-01-22 16:07:59
Taro L. Saito
@taroleo
@skwsm 実際、僕もラボに入ってきた人にSQLを教えて回るのが仕事（？）になってるので、RDFを理解して、それでかつ、SPARQLという流れを説明するのは大変です。
2010-01-22 16:28:59
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
@kumamushi KEGG APIってREST化されないのでしょうか？もしくはもうあります？多くのmethodはSOAPである必要がないような気がします。
2010-01-23 00:29:29
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
KEGG API REST versionとりあえず簡単にできるから作った。ライセンスはいずれ申請します。http://bit.ly/4Uhsjh
2010-01-23 01:59:25
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
オリジナルのKEGG APIに対する利点として、cpd:C00010みたいに、わざわざcpd:を付ける必要がありません。例：http://bit.ly/4yvjZA
2010-01-23 02:53:07
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
~_by_compound, ~_by_glycanなど、与えられたIDを見れば本来分けなくてもいいメソッド群を一つに統一する、というのもいずれやります。本家でサポートしていただけた方が嬉しいことは嬉しいですが。
2010-01-23 02:55:03
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
@skwsm もしよかったらTogoWSか本家ででも使って下さい、コード提供します（70行程度）G-language経由でのAPI利用にライセンス制限をなくしていただければ著作権も放棄します。PerlのSOAP::Lite経由なので本家の場合すごい非効率ですが。
2010-01-23 03:22:45
Keiichiro Ono
@c_z
ReactomeのBioPAXファイルが時々読めない事に悩んでたら、なぜか日本語とかの東アジア系言語環境だけで起きる事が判明した。だからReactomeの中の人達に聞いても「・・・？こっちでは読めるけど」って言われる訳だ。
2010-01-23 11:31:17
Kumamushi Genome
@kumamushi
シンプルなのはTogoWSで吸収。あとはSADIのプレゼンを見ながら考えてます。http://bit.ly/7CaRkg RT @gaou_ak: @kumamushi KEGG APIってREST化されないのでしょうか？もしくはもうあります？多くのmethodはSOAPである必
2010-01-24 02:17:10
Kumamushi Genome
@kumamushi
SemWebじゃないとできないかといわれると困るよねー。データがdistributedであることとRDF/OWLに統一されていたら再利用がラクなのがポイントなのかなぁ。biohack3 ML より http://bit.ly/8rZiGO
2010-01-24 04:39:28
Kozo Nishida
@kozo2
BiohackathonのメーリスでこういうのしたいんだけどSPARQLはどう書くの？って書いたつもりなんだけど，すでに答えあったのかな．俺書いたのトンチンカンなことだったのかな
2010-01-24 12:55:20
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
DBCLS BioHackathon、3回目とあって事前議論が成熟して来ているのを感じる。解こうとしている問題の難しさを参加者が確実に共有してきている。1回目でその難しさを知り驚き、2回目で実感し、今に至っている様子。この話はtwitterじゃなくてgaou.netの方が良いな。
2010-01-25 03:08:18
Kazuharu Arakawa
@gaou_ak
かなり専門的な内容ですが、BioHackathon 2010の事前議論と僕が考える主題についてまとめました。http://bit.ly/5xzzEK
2010-01-25 05:28:26
Taro L. Saito
@taroleo
Biohackathonに来る人がどういう考えを持っているかわからないので、とりあえずいろいろ質問してみている http://kml.dbcls.jp/pipermail/biohack3/2010-January/thread.html
2010-01-25 11:43:55
Taro L. Saito
@taroleo
データを再利用する前に、スクリプト書いてデータを加工する作業がなくならないなら、面倒なことには変わらないような気もするのだけれど、それとは違う世界がSematic Web屋さんには見えているのか
2010-01-25 12:02:31
@hrjn
そこを狙ったベンチャーが2つ、3つありますよ。特定業界向けですが。 RT @taroleo: データを再利用する前に、スクリプト書いてデータを加工する作業がなくならないなら、面倒なことには変わらないような気もするのだけれど、それとは違う世界がSematic Web屋さんには見え
2010-01-25 12:05:55
Taro L. Saito
@taroleo
@hrjn 専門家同士が作ったデータベースの意味の突き合わせ、結合をどうするかという問題なんです。僕はこうデータを書きたい、でも、僕はこう使いたい、という場合
2010-01-25 13:19:19
Kozo Nishida
@kozo2
SQLより SPARQLの方がこういう点がうれしいんだってのを具体的なbioinformaticsにおける実例と共に示してもらいたい．自分でやれこの甘ったれ，ですかね
2010-01-25 14:30:25
Keiichiro Ono
@c_z
The BridgeDb framework http://www.biomedcentral.com/1471-2105/11/5
2010-01-26 03:23:15
Kozo Nishida
@kozo2
こ，これは.... RT @c_z: The BridgeDb framework http://www.biomedcentral.com/1471-2105/11/5
2010-01-26 03:28:00
Keiichiro Ono
@c_z
@kozo_ni セマンティクスとかではなく、普通にありもののサービスを組み合わせてIDをマッピングするヤツです。直球型の実装。
2010-01-26 03:32:06