CyanoInfo2013

so @synobu

明日は「ラン藻ゲノム研究交流会2013」で発表します. http://t.co/miLUpuvX3S #cyanoinfo

サクセスリバーコーテシーinエイトプリンス @rei_nari

明日は駒場で恒例の「ラン藻ゲノム研究交流会2013」が開催されるのだが、 70を過ぎた（75近い？？）先生が話される。素晴らしいことですねぇ。　http://t.co/BJjPxpHxhs … #cyanoinfo

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ラン藻ゲノム研究交流会2013＠駒場東大　　http://t.co/miLUpuvX3S #CyanoInfo

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藤澤貴智（DDBJ）「ゲノム基盤情報のためのオントロジー開発とCyanoBase2013」#CyanoInfo

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ゲノム基盤情報をRDF化するのためのオントロジー（FALDO, INSDC）, CyanoBase機能更新について. #CyanoInfo

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DDBJリソースのRDF化の取り組みと進行状況. DDBJエントリ, BioProject, BioSample. INSDCにのっとり国際連携で進めている. #CyanoInfo

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INSDC Feature Table Definition をオントロジー化している（INSDCオントロジー）. DDBJ, NCBI, EBI 間での微妙な方言も考慮する方向. http://t.co/bljtMx8T5X #CyanoInfo

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FALDO: Feature Annotation Location Description Ontology https://t.co/Jcyjo03GzF #CyanoInfo

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山本泰智（DBCLS）「テキスト処理技術を用いたキュレーション支援」配列相同性から自動的に付けられたタンパク質ディフィニションをルールベースで改善するプログラム. #CyanoInfo

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文字列類似度計算アルゴリズムについて. トリグラムのコサイン距離の類似度を計算. さらに共起, 出現頻度, タンパク質名などによるスコアリングを行っている. #CyanoInfo

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川島秀一（DBCLS）「微生物データ統合を目指したオントロジーの開発 MCCVとMPOの紹介」TogoGenome/TogoStanzaに格納するデータの話. LODの紹介. データの大きさについて, ビッグデータと知識データ. #CyanoInfo

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微生物の表現型（MPO）と菌株保存機関のメタデータを記述するためのオントロジー（MCCV）を開発している. 日本菌株コレクションの歴史とNBRC, JCMの菌株データ. #CyanoInfo

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WFCC GCM Minimum Data Sets Descriptionの菌株標準項目 15項目を表記できるようにする. 菌株情報とNCBI Taxonomy IDのマッピングが大変だった. http://t.co/OoLMQXYob1 #CyanoInfo

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岩舘満雄（中央大）「CASP10 での中央大学での取り組みと課題」CASP: タンパク質立体構造予測 国際コンテストこれまでの取り組み. http://t.co/4cXtmp4We7 #CyanoInfo

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藍川晋平（神戸大）「レスポンスレギュレーターRre37 が窒素枯渇時のグリコーゲン蓄積に及ぼす影響」 シアノバクテリア生産性のグリコーゲンをバイオエタノールの原料糖として利用する系の開発. #CyanoInfo

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問：なぜシアノバクテリアにグリコーゲン生産が必要なのか？答：グリコーゲンをためると比重が高くなり沈むため, よりN源リッチな水域にアクセスできるのではないか？ #CyanoInfo

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森山崇（東大）「紅藻シアニジオシゾンにおける糖代謝・オルガネラゲノムの複製に関わる酵素の網羅的な細胞内局在解析」細胞内局在（サイトゾル, 葉緑体, ミトコンドリア）を考慮して酵素の細胞内局在を網羅的に決定. 既存のDBに記述された代謝経路の欠失個所を繋げた. #CyanoInfo

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紅藻での既存のタンパク質局在予測プログラムの正答率は50%前後といういう印象. 局在ペプチドのルールは分かるが, プログラミング出来ないので誰かプログラム作ってください... #CyanoInfo

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成川礼（東大）「光受容体シアノバクテリオクロムの構造情報を基にした機能予測」 色素結合型のタンパク質機能ドメイン "GAF" の色素結合コア領域を用いた配列比較と機能予測の試み. #CyanoInfo

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配列アライメントソフト STRAP を用いた. http://t.co/NNn1Daj5L4 #CyanoInfo

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色素結合コア配列のアミノ酸から塩基配列プロファイルを作成するのには, Codon Usage Database, KazusaMart (BioMart), DBCLS Galaxyなどを用いた. #CyanoInfo

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大林龍胆（東京農）「シアノバクテリアにおけるDnaA 非依存型のDNA 複製開始機構について」これまでに複製起点, 複数コピーのうち一部だけ複製, 光化学系依存的な複製制御があることを明らかにした. シアノにはDnaAがない種が存在する. #CyanoInfo

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dnaA欠損株で複製開始点をRepli-seq (NGS)で決定. 自分のプラスミドを染色体に組み込んで, その複製機構を使ってサバイブしていたことが分かった. シアノの進化と細胞内共生の関係を複製機構から予測. #CyanoInfo

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粟井光一郎（静岡大）「ゲノムDNA のメチル化とヘテロシスト分化」ヘテロシスト分化にゲノムのメチル化が関わってたらカッコイイよねーと協同研究者と話し合って始めた（談. #CyanoInfo

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仲本準（埼玉大）「Hsp90 を調節する新規天然小分子化合物の同定と作用機構の解明」 化合物アレイでHtpGと相互作用する化合物の探索. #CyanoInfo