分生2013 GGRNA/GGGenome

meso_cacase @meso_cacase

塩基配列やアミノ酸配列の検索には、漏れがないことが必須です #MBSJ2013 　 #4WA2

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

「GGGenomeの内部．DDBJ Release 92.0の12種のゲノムを全塩基配列を曖昧検索可能．PFI社製の曖昧検索エンジンを採用．」 #MBSJ2013

so @synobu

あとはガチで個別生物の表現型を説明してほしい

まこ @ma_ko

大野さん目当てで #4AW2 にきた俺を褒めたい #mbsj2013

Nakazato T. @chalkless

多分「検索」がここまで一番頻度が高かった語だろうな、この枠 #mbsj2013

Ⓝ @iNut

おー比較してるしてる

猫教授 @yaskaz

@iNut 後半は柔らかいネタですよみなさん〜 #mbsj2013 #4AW2

ことね @_ktnyt

bowtieってucscじゃないんだっけ

ことね @_ktnyt

Johns Hopkins Univ.だった

meso_cacase @meso_cacase

GenBank/EMBL/DDBJを全部検索するには、インデックスがメモリに乗らないくらい大きいので、SSDに置くしかない #mbsj2013 #4AW2

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

「GGGenomeとbowtie1/2, BWA, BLATとの比較．GGGenomeはsuffix array (+α)．インデックスはSSD上なので大きなデータもOK（他はメモリ上）．スコアリングは編集距離（bowtieはSW+NW，BWAはSW）」 #MBSJ2013

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

「GGGnomeの内部アルゴリズム．鳩の巣原理＋分割統治法＋Suffix array」 #MBSJ2013

meso_cacase @meso_cacase

GGGenomeのアルゴリズム。鳩の巣原理＋分割統治法＋接尾辞配列 #mbsj2013 #4AW2

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

Mayers, 1999のアルゴリズムを改良． http://t.co/Ob6GBLLfUV #MBSJ2013

meso_cacase @meso_cacase

おっと、未公開の情報がｗｗ #mbsj2013 #4AW2

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

「GGGenomeでのインデックスは3TB，SSDならおける」 #MBSJ2013

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

データ活用の話，気になる… #MBSJ2013

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

フロア「編集距離はどのぐらいまで許容できるか」　大野「アルゴリズム自体には制限はないが，実験の結果，30%ぐらいになると遅くなるため，GGGenomeでは20%までに抑えている」 #MBSJ2013

sum_ichi @sum_ichi

GGGenomeの裏側、スゴく知りたかったから今日このWS来てよかった！！　#MBSJ2013

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

フロア「鳩の巣原理＋分割統治法だと，10 mismatchの場合，6+3のような部分だととれない？」　大野「3ミスマッチの方から取れる」 #MBSJ2013

岩海苔昆布 @IwanoriCOMB

たった今統合TV見て「す、すげぇ…」 RT @h_ono: GGGenome with スプレッドシートのワザを紹介したときは、フロアから「す、すげぇ…」との感嘆の声があがりました。 https://t.co/lsw07KVLHR #MBSJ2013 #4WA2

meso_cacase @meso_cacase

速度と利便性のバランスを検討して20%で切りました RT @yuifu: フロア「編集距離はどのぐらいまで許容できるか」　大野「アルゴリズム自体には制限はないが，実験の結果，30%ぐらいになると遅くなるため，GGGenomeでは20%までに抑えている」 #MBSJ2013

Nakazato T. @chalkless

このコマ、ムービーで見せるワザが多いですね。インパクトある。#4AW2 #mbsj2013

meso_cacase @meso_cacase

フロアから「Sugoi」と声のあがったGGGenome with スプレッドシートのワザは、鐘ヶ江さん @hkanekane から教えてもらいました #mbsj2013 #4AW2

Masahiro Kasahara @mkasahara

@yuifu Myers からは何が改良されているんですかね。きになる。