「バイオインフォマティシャン」と三回早く言ってみた ～次世代シーケンサー～
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@_pseudoctor
@Butayama3 DNAシーケンサーの場合は、決めるって言うか、既にある並びを読み取るっていうイメージ。つまり｢読み取らなければ解らない配列を読み取る＝決める｣って感じ。
2015-05-28 22:06:16
Y Tambe
@y_tambe
@Butayama3 @_pseudoctor 「次世代シーケンサー」が特別なんです。「次世代」言うだけのことはあって。 ……と言いつつ、「いつまでもコイツが『次世代』ちゃうやろ」というツッコミは各所から。
2015-05-28 22:24:50ここでどうやら専門家の登場のようです。
沖縄のかき氷さん＠debugordieの解説です。
次世代シークエンサーとは。
B'r
@debugordie
ゲノムはとても長いので端から1文字ずつ読んでいるといつまでたっても終わらないので、適当なところでDNAの鎖を切ってばらばらにして、それぞれを端っこから読みます。
2015-05-28 22:35:18
B'r
@debugordie
ただ、分子の鎖を切るときにどこできれるかわからないのと、1文字ずつ読んでいくと途中で何文字か間違えちゃうこともあるので、同じDNAをいっぱいとってきて適当にぶっ壊します (とかいうと怒られそうですが)。ホールゲノムショットガン、というくらいなので散弾銃でばばっと打つ感じ。
2015-05-28 22:37:24
B'r
@debugordie
ちょっと前のシーケンサーは、一度に読むのが数千文字とかそれくらいで、けっこう時間もお金 (試薬代とか) もかかるわけですが、次世代シーケンサーは100文字とかくらいの長さのしか読めない (最近のはすごく長いのも読めるので) かわりに、一度にものすごい量の細切れ配列を同時に読めます
2015-05-28 22:40:47
B'r
@debugordie
で、次世代シーケンサー (NGS) が出てくる前は、配列読むってなったら、基本的になにかの生き物の細胞を純粋にとってきて、DNA 抽出して、ショットガンして読んでつなぎなおして完全長の配列を手に入れる、というのが普通の使い方だったのです。
2015-05-28 22:44:02
B'r
@debugordie
NGS で楽しいのは、腸の中とかからとってきた何かからDNAを一気に抽出して、なんだかわからないけどそこにある DNAを全部読んじゃう、ということがわりとお手軽にできるようになりました。
2015-05-28 22:46:41
B'r
@debugordie
そうすると、培養できるやつとか培養できないやつとか関係なく、そこにいる微生物のゲノムのかけらがずばーっと手に入るわけです。そこからきれいにつながったゲノム配列を復元するのは難しいけど、どんな生き物がどれくらいそこにいるかがわかります。
2015-05-28 22:47:56
B'r
@debugordie
あと、誰のだかわからないけどこういう遺伝子がある、ということも見えてくるので、そうするとそこでどういう生命現象が起きているかがなんとなくわかってくる、というのもありますね。
2015-05-28 22:50:07
B'r
@debugordie
そうそうそれで、培養、とか、増幅 (PCRとかそういう手法で、DNAを人為的にコピーして増やす) とかをしないで一気にサンプル中の配列を読めるので、どんないきものがどれくらいいるか、というのと、どんな遺伝子がどれくらいあるか、というのが両方わかります。
2015-05-28 22:58:46
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@Butayama3
そんなにいっぱい情報があってもちゃんとシンプルに考えられるのかしら。#次世代シーケンサー
2015-05-28 22:59:33