「糖鎖インフォマティクスシンポジウム」つぶやきまとめ
-
- いいね！0
Maori Ito
@maoringo
糖鎖3極かの 糖鎖構造中心（欧州:EuroCarbDB） 遺伝子中心（米国:CFG） いろいろ （日本:JCGGDB) #glycoinfo
2011-02-25 11:34:52
Maori Ito
@maoringo
A.Referenceに論文は載ってます。産総研で出たデータは別にアニメーションで見られます。http://riodb.ibase.aist.go.jp/rcmg/ggdb/ #glycoinfo
2011-02-25 11:41:12
Maori Ito
@maoringo
Q.Prediction に対する検証は？A.実験の方と協力すればPublishできると。まだ始めたばかりで他にも考慮すべきこと（局在性など）がある。#glycoinfo
2011-02-25 11:43:04
Maori Ito
@maoringo
北大の研究について、酢酸菌のセルロース生合成機構に関する研究について。ppmとかNMRデータについて説明されています（すみません、よく分からず・・・）#glycoinfo
2011-02-25 11:50:04
Maori Ito
@maoringo
京大での研究 糖鎖DBの整備。KEGG Glycan はもともとはCarbBankからデータをインポートし、更新停止以後の論文から糖鎖構造を抽出した（川嵜先生のご協力）糖鎖#glycoinfo
2011-02-25 11:52:06
Maori Ito
@maoringo
CarbBankではテキストファイルであり、なんとか糖鎖を記述したものだった。表記ゆれ、不可能な結合様式、合成糖鎖や曖昧な結合などがあって汚いデータだった。#glycoinfo
2011-02-25 11:53:29
Maori Ito
@maoringo
構造データ自体はKCF'(KEGG Chemical Function)でストア、フラフ解析アルゴリズムを応用して、構造比較プログラムを作成#glycoinfo
2011-02-25 11:55:48
Mariko Matsuura
@marikomatsuura
とても興味あり！ RT 北大の研究について、酢酸菌のセルロース生合成機構に関する研究について。ppmとかNMRデータについて説明されています（すみません、よく分からず・・・）#glycoinfo
2011-02-25 11:56:24
Maori Ito
@maoringo
マイクロアレイデータから（発現情報から）構造予測 ただ、発現情報は全てのGTを網羅していないので、DBから単糖間結合の共起を計算し、情報の欠損を補完。#glycoinfo
2011-02-25 11:57:42
Maori Ito
@maoringo
ただ単糖同士の共起ペアを見ていたが、もっと多くの部分構造を用いたり、質量分析のデータを使うなど工夫の余地があった。問題点は一番困ったのは実験データ（公開）の不足。何故か非公開で研究に支障・・・#glycoinfo
2011-02-25 11:59:53
Maori Ito
@maoringo
時間が・・・ここからがLSDBの本番～大型プロジェクトの成果共有が不十分（プロジェクトが終わると公開データも消えちゃうことも）#glycoinfo
2011-02-25 12:02:02
Maori Ito
@maoringo
DBCLSの説明。情報・システム研究機構内に設立。TOGO TVの説明。First Author'sの説明。#glycoinfo
2011-02-25 12:06:08