AlphaFold2座談会
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不限春眠不覚暁
@zampona_x31
#Alphafold座談会 まとめ：進化的な配列追跡から DB が作れるようになった(DCA) => そのデータを deep learning に突っ込めるようになった => DeepMind がやってきて搔っ攫っていった[イマココ]
2021-07-21 22:30:11
あみのさん
@bibi_bib_
#AlphaFold座談会 dcAアルゴリズムのブレイクスルーは、2010年あたりだと残基の差を解析して出力されるたんぱく質を調べることによって、塩基配列パターンの類似度みたいなものがわかってきたことらしい
2021-07-21 22:30:37
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@Yasufumi_Nakata
すごいですね笑笑 #Alphafold座談会 twitter.com/n0rr/status/14…
2021-07-21 22:32:33
不限春眠不覚暁
@zampona_x31
#Alphafold座談会 2010年代のその他のブレークスルー:メタゲノム配列DBが使われるようになった 生物側から機械学習系の人へのメッセージ : kaggle より CASP のほうが実験的検証もあって楽しいと思うよ！
2021-07-21 22:32:58
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@Yasufumi_Nakata
お、すごい人が集まってますね。 #Alphafold座談会 twitter.com/tdualdir/statu…
2021-07-21 22:34:36
不限春眠不覚暁
@zampona_x31
#Alphafold座談会 メタゲノム配列：シーケンシングが安くなる => 環境ゲノムをまとめてシーケンシングしはじめて => どの種に由来するかはわからないけどとにかく大量の配列が蓄積される => それらの進化的な関係の解析を試みる => 進化的解析の DB に使える
2021-07-21 22:34:44
不限春眠不覚暁
@zampona_x31
#Alphafold座談会 RosettaFold というやつもある（メタゲノムの人たちがやってる） Baker 一族で界隈の人には伝わるらしい
2021-07-21 22:35:52
不限春眠不覚暁
@zampona_x31
#Alphafold座談会 DeepMind のチームにソウル大学の人が入っておりおそらくその人がメタゲノムの利用については方針を練ったのではないか
2021-07-21 22:36:40
不限春眠不覚暁
@zampona_x31
#Alphafold座談会 メタゲノム：種や遺伝子座などが特定されていないが、とにかくたくさんとれた延期配列もデータとして使っちゃえ！
2021-07-21 22:38:03
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@Yasufumi_Nakata
twitter.com/i/spaces/1MnGn… 600人超えててちょっとした講演会になってます。 #Alphafold座談会
2021-07-21 22:41:39
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@Yasufumi_Nakata
？？？「いやー正直わかんないっすねー」 本当に学際なんだなあとお話聞いててもわかりますね。ワクワク。 #Alphafold座談会
2021-07-21 22:43:14
不限春眠不覚暁
@zampona_x31
#Alphafold座談会 処理の大構造(4段階) 1.HH-suite などを使って大量の類縁配列を取得 論文曰く「数十個あれば十分精度が出るよ」と主張 (google colab 版は本家より取得配列数は少ないらしい)
2021-07-21 22:43:18
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@Yasufumi_Nakata
本当にちゃんとやってる人じゃないと凄さを理解はできないし、なんですごくなったのかということはもっとわからないと。 #Alphafold座談会
2021-07-21 22:45:04
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@Yasufumi_Nakata
今やってます！ただいま内部の部分の解説中。 #Alphafold座談会 twitter.com/jaguring1/stat…
2021-07-21 22:45:52
小猫遊りょう（たかにゃし・りょう）
@jaguring1
専門家も脱帽、深層学習を使ったPFN・ENEOS量子化学シミュレーターの威力 xtech.nikkei.com/atcl/nxt/colum… 古山教授「20年近く計算化学の世界にいるが、圧倒的に汎用性が高いという感触。数千コアのCPUを3カ月占有して完了するような計算が、合理的な精度で1秒かからず終わる。わくわくする以外の要素がない」
2021-07-21 18:28:41