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トーゴーの日シンポジウム2011

〜ライフサイエンス分野のデータベース統合の"カタチ"を探る〜 2011年10月5日(水)10:00~17:40
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Fumihiro Kato @fumi1

#dayof105 種内に限らず近隣種についても比較研究をしている

2011-10-05 13:47:52
Fumihiro Kato @fumi1

#dayof105 塩基配列,タンパク質,表現型(?)などのDB統合

2011-10-05 13:48:42
Fumihiro Kato @fumi1

#dayof105 膨大な塩基配列のDB・解析システムを開発してきている

2011-10-05 13:50:25
Fumihiro Kato @fumi1

#dayof105 生命科学データベースアーカイブについて.NDBC/DBCLSと連携.メインデータはCSV.1つのアーカイブにつき1つのメインデータでテキスト以外のサブデータが複数ある.

2011-10-05 13:53:46
Fumihiro Kato @fumi1

#dayof105 横断検索について.これもNDBC/DBCLSと連携.検索エンジンとしてHyper Estraierを使用

2011-10-05 13:55:00
Fumihiro Kato @fumi1

#dayof105 ハードディスクが大量に.置く棚の購入が追いつかない.データは1回で数TB増えることを想定

2011-10-05 13:56:27
Fumihiro Kato @fumi1

#dayof105 これらを踏まえて新しいシステムの導入する.解析用サーバ: 100ノード(1000コア)のクラスタで遺伝子予測,メモリ2TBのサーバ2台でゲノム断片整列化

2011-10-05 13:59:06
Yuichiro Hara @Amiacalva

RT @bonohu: #dayof105 / “Metagenomics versus Moore's law : Abstract : Nature Methods” http://t.co/olJ58qYJ

2011-10-05 14:00:49
猫教授 @yaskaz

おなじようなことをしているのでこのあたりのエフォートもトーゴーしませんかとといかけてみたりとか。とおもったらGalaxyつこてますな

2011-10-05 14:01:34
Fumihiro Kato @fumi1

#dayof105 Galaxyを一般向けサービスとして使うことを検討

2011-10-05 14:01:46
Fumihiro Kato @fumi1

#dayof105 ゲノム情報を活用した新規遺伝予測機能,ゲノム断片整列化=>大量のゲノム配列と表現型情報から農業上有用なものを発見予測する

2011-10-05 14:03:33
Fumihiro Kato @fumi1

#dayof105 ゲノム断片整列化については将来的にはウェブサービス化

2011-10-05 14:04:21
Fumihiro Kato @fumi1

#dayof105 Q. ゲノム解析のパイプラインを運営していく上でのノウハウなどを広めることは考えているのか A. 共有していきたい.Wikiなどで情報共有していく意義はあるのではないか

2011-10-05 14:08:17
Fumihiro Kato @fumi1

#dayof105 こめんと: 遺伝研でもGalaxyなどを組み合わせて色々やっているので協力していきたい

2011-10-05 14:09:19
(^_^)/ @_shk

公開の意味について改めて考えざるを得ないな。万人が見れない状態を良しとしても、むしろ個人のデータをごにょごにょできる複数の研究者はそのデータを使い放題なわけで、かかわってる個人は良心的で社会は悪いという前提になってしまう。いいのだろうか。

2011-10-05 16:06:20
NBDC事業推進部 @NBDC_info

トーゴーの日シンポジウム2011 最後のセッションの配信を開始します ( #dayof105 live at http://t.co/O5iNqDLP)

2011-10-05 16:18:33
NBDC事業推進部 @NBDC_info

「大規模ゲノム疫学研究の統合情報基盤の構築」 松田 文彦 (京都大学 大学院医学研究科 教授) ( #dayof105 live at http://t.co/O5iNqDLP)

2011-10-05 16:19:11
(^_^)/ @_shk

コホートで調べる遺伝子や抗体のほうはどんなものを調べているかある程度わかるけど、生活習慣や環境因子とかはどんな項目でどれぐらい細かく調べてるのかな

2011-10-05 16:36:06
NBDC事業推進部 @NBDC_info

「微生物エンサイクロペディアの構築に向けて」 黒川 顕 (東京工業大学 大学院生命理工学研究科 教授) ( #dayof105 live at http://t.co/O5iNqDLP)

2011-10-05 16:46:25
まこ @ma_ko

今 UST 見てて, うっかり拍手してしまい恥ずい

2011-10-05 16:46:40
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