分子系統学の理論と実習

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#tbh155 数々の「名言」を残して斎藤画伯は去っていった……

Kawai_Yusuke @fiddler_K

#tbh155　距離データの解析(splitsdtree4) http://t.co/2kuxB4da

K.Ooi @k_ooi

#tbh155 田辺さんのテキスト、講義資料 http://t.co/sSz261Gu

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#tbh155 次の高座は，田辺晶史さんの「分子進化モデル選択論」．午後の演習も含めて使用テキストの最新版は〈五次元〉 http://t.co/HAXiD65P で公開されている： http://t.co/7Rnh0BP4 (pdf)　※116ページ！

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#tbh155 （承前）田辺さんの使用スライドも同じサイトからダウンロード可能．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#tbh155 TNB師の「虎の穴」系統推定実習なう．作業が終わった受講生が三々五々ランチに去っていく．はらへ．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#tbh155 午後はTNB師の分子系統演習．午前の続き．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#tbh155 TNB師，kakusan を熱く語る時間．

K.Ooi @k_ooi

#tbh155 田辺先生の実習(1) genbankから一括でダウンロードしたミトゲノムシーケンスをEMBOSS（コマンドラインのextractfeat, transeq）で加工。 http://t.co/HKV5LBEP

K.Ooi @k_ooi

#tbh155 (2) アラインメントは国産のMAFFTを使う。 http://t.co/tWSWXjc8

K.Ooi @k_ooi

#tbh155 (3) OTU（シーケンス）名はsakuraエディタの正規表現を使った一括置換を活用して種名に変換。 http://t.co/esmIkfSr

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#tbh155 TNB師，最尤法に正面から斬り込んでいきます．うらーっ！

K.Ooi @k_ooi

#tbh155 (4) COX1のアミノ酸配列を参照した核酸配列のアラインメントはEMBOSSのtranalign。16Sの不要部分のトリミングはtrimAlを使用。 http://t.co/B2C4g2ke

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#tbh155 Likelihood ratchet の演習〜．ばりばりオーバーハングしてるやん．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#tbh155 尤度とともに睡魔も降臨する昼下り．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#tbh155 初期樹：TNT＋無作為荷重＋無作為付加→ TreeFinder で最尤法．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#tbh155 kakusan4 で巨大データを最尤系統推定するときは RAxML を選択すべし．／分離モデルが選択されたときでも RAxML を使うといらいらしない．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#tbh155 いつの間にか「統計的信頼性」の議論に突入してるし！

Kawai_Yusuke @fiddler_K

#tbh155 ブートストラップで大事なのは対立（系統）仮説を見つけることができるということ

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#tbh155 系統推定マンダラ，今から配るよん．

K.Ooi @k_ooi

#tbh155 分子進化モデル選択 kakusan4 http://t.co/bNN8xMN6

K.Ooi @k_ooi

#tbh155 Treefinderなどを使うコマンド集phylogears http://t.co/ZakXACqm

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#tbh155 今回の分子系統ワークショップで使用された，教材・スライド・テストデータなどは追ってまとめて公開する予定．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#tbh155 TNB師，最終コーナーをまわった！

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#tbh155 ワークショップ全日程だん．