実践 xdsme & XDS

K. Yam @yam_cpp

@FumihiroKawai 候補に出てきた格子定数をUNIT_CELL_CONSTANTS=に指定（このとき必ずSPACE_GROUP_NUMBER=も指定）して再度IDXREFすればソレでやってくれます．積分が安定に進行するなら低い対称性で積分してから決め直すってことも可です

Kawai, F. @FumihiroKawai

@yam_cpp この場合は、XDS.INPの中のキーワードにそれを入力して、xdsme -3 を指定して再度走らせればOKというのであってる？　ちとやってみる。

K. Yam @yam_cpp

@FumihiroKawai @kun32xu いえいえ，何でも聞いて下さい．分かる範囲でお答えしますｗ

K. Yam @yam_cpp

@FumihiroKawai 僕ならその場合はJOB=IDXREFを指定して直接xdsを叩いちゃいますね．xdsmeを途中から呼び出したことは無いです．でもきっとそれでOKかと思います．ダメだったら教えて下さいw

Kawai, F. @FumihiroKawai

@yam_cpp xdsme -3 だと途中から始まって、xds だと、!!! ERROR !!! INSUFFICIENT NUMBER OF ACCEPTED SPOTSと言われてしまった。そもそも普通にxdsmeした時の積分も上手くいっていないのかも。

K. Yam @yam_cpp

@FumihiroKawai それってIDXREFの時のエラーでしたっけ．格子定数・空間群の指定なしで流した時に積分はうまく行っていますか？積分中のmosaicity (reflecting range e.s.d)やCORRECT後の統計値などを見た時どうでしょうか

Kawai, F. @FumihiroKawai

@yam_cpp 格子定数&空間群変更後のJOBS=IDXREFからのXDS時のエラーです。mosaicityが3付近で非常に高かったのとI/σが全体を通しても0.3位の値でおかしいなと思ってました。ちと他の統計値は帰ってから見ることにします。

K. Yam @yam_cpp

@FumihiroKawai 経験的にはmosaicity>1になる場合は大抵処理がうまく行ってないですね．そのI/SIGMAを見ても明らかに処理は失敗してると思います．その値は格子定数の指定なしの場合でしょうか？FRAME.cbfではちゃんとスポットは囲われてますか？

Kawai, F. @FumihiroKawai

@yam_cpp 別に同じデータセットをCystalClearで処理していたので格子定数、空間群は分かってました。その値をxdsmeで指定しても、しなくても処理はできていないみたいです。FRAME.cbfもうまく拾えてないです。ってことは、そもそも処理ができてないですね。。。

Kawai, F. @FumihiroKawai

@yam_cpp で、そのデータを3分割してそれぞれを処理してやると、CrystalClearで処理した格子定数で処理できます。FRAME.cbfを見ても綺麗に収まってます。あとで写真をアップして見ます。

Kawai, F. @FumihiroKawai

@yam_cpp これが1データセットをそのまま処理した場合のFRAME.cbf http://t.co/L1NZum6k

Kawai, F. @FumihiroKawai

@yam_cpp これは、1データセットを3分割して各々をXDSで処理した場合のFRAME.cbf です。 http://t.co/Wiy69c9m

K. Yam @yam_cpp

@FumihiroKawai その分割ポイントはX線の照射位置を変えてるとかでしょうか？たとえば分割した1つめのデータセットだけで指数付をして，それを全写真の積分に使った場合（つまりSPOT_RANGE=は最初の1/3だけ，DATA_RANGE=は全部）どうなります？

K. Yam @yam_cpp

@FumihiroKawai で，そのときは例えば http://t.co/z5LCqGZ1 これを使って写真ごとの統計値を見てみて下さい．

K. Yam @yam_cpp

@FumihiroKawai まあ3分割で上手く処理できるんであれば，あまり追求せずxscaleでまとめるっていう手もありますね

Kawai, F. @FumihiroKawai

@yam_cpp ホームソースで撮ったデータで特に照射位置などは変えてないです。積分をはじめるサイクルに入った時に急にmosaicityが高くなり始めたところがあったので、うまく言ってないんだろなと思ってそこで区切ったという感じでした。

Kawai, F. @FumihiroKawai

@yam_cpp 処理後にこれやってみますね。ありがとうございます:)

K. Yam @yam_cpp

@FumihiroKawai 何が変わったんでしょう．不思議ですね．．実はCrystalClearで処理したことが無いんですが，その時何らかの統計値の変動は（その分割した位置で）無かったのでしょうか？

K. Yam @yam_cpp

@FumihiroKawai あと例えば全写真で指数付け（SPOT_RANGE=に全領域を指定してJOB= COLSPOT IDXREF）した時にどうなるか，とかは気になりますね．

Kawai, F. @FumihiroKawai

午前中に結晶化して午後から昨日の続きする。

Kawai, F. @FumihiroKawai

（ﾔﾑくんに言われたことを未だできていないヘタレ←）

Kawai, F. @FumihiroKawai

まだこれから、tutorial, manual, keyword, 論文, ログなどを読みこまなくてはいけないが、XDS /xdsmeの使いかたがわかってきた。これはよい。

Kawai, F. @FumihiroKawai

あぁ、もしかしたらxdsmeでは、直接XDS.INを編集するんじゃなくて、-i オプションで入れ込めばいいのかもな。XDS.INをせっかく編集してもxdsme(xds)を走らせると上書きされてしまう（と思われる。検証がまだ必要ではあるが。）