タンパク結晶のデータ処理とか精密化とかの雑談

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu いやいや，絶対ひ○たさんの方がよくご存知です．私はScalaをデフォルト以外のオプションで使ったことなど殆どございません…論文も通して見ません…．そう考えるとXDSは大変シンプルですね．

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp やってみた。phenix.r_factor_statistics 3.0 。なるほど。phenixは万能ですねｗ とっても面白い、これ。ヒストグラムで見れるのね。オレの構造、めっちゃR悪いやん、って反省すんのかｗ

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu 「大丈夫，君は一人じゃない」となるか「こんな高いのお前だけだよ周り見ろよ」となるか「R低すぎてむしろ怖い」となるか，ですね．こういうのでミスを見つけられれば有用ですね．GUIのpolygonを使えばR以外にも色んな指標をみんなと比べられますｗ

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp うんうん。結合に対する束縛の考え方、溶媒モデル、温度因子のあれこれ、色々ねぇ。Rが下がるプログラム使用シーケンスを熱く語ってくれる人も昔は多かった・・・。煩雑な精密化過程を簡単にすることで、画一的な指標で構造が議論されつつあるような気が・・・ (phenix)

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp ここも少しでも内容を理解しておかないとノイローゼになりそうね・・・。楽しそうなのでGUIも見てみます。Lysozymeの精密化でもやってみようかしらｗ

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu リゾチームの精密化は面白くは無いですがphenix GUIの体験にはちょうど良いかとｗ（計算も速いでしょうし

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu 今は自動化が進んでますし，それなりに良い方法も定まってきてますからねえ．あらゆる局面で，自動化は時に危険になりえますが！まあそんな時代でも，新しい方法がどんどん提案されていて，まだまだ変化の余地はありそうです

K. Yam @yam_cpp

え，これは正直驚いた…「タンパク質結晶内のpHを可視化」 http://t.co/GwBDoTtK 某先生のFBから

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp 低分解能構造解析にしてもあんなに躍進するとは夢にも思わんかったもんね。ドッグイヤーよろしくですね。ビームライン技術もまたしかり。取り残されたくないものです。

K. Yam @yam_cpp

いや，注意深く読もう．．（いつか

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu 色んな事が可能になっていきますよね．いやはや，取り残されたくないものです．．