見た論文一言メモ

Shunsuke Matsuoka @Mtok_Snsk

Protoparmelia属の異なる気候帯から集めた地衣174標本について、菌と藻類それぞれの系統解析。菌は23藻類は20OTUに。温暖な地域では菌・藻類ともに少数種の相手と地衣形成し、進化的に宿主交代が何度も起こっている。 dx.doi.org/10.1111/nph.14…

Shunsuke Matsuoka @Mtok_Snsk

外生菌根樹種(ECM)とアーバスキュラー菌根樹種(AM)の割合が異なる林では、ECM割合が増えるにつれ、林床の菌:細菌比、菌バイオマス、C:Nが増加。細胞外酵素活性は、ECMが多い林はCよりもN・P獲得関連(分解)酵素が高い。 dx.doi.org/10.1111/nph.14…

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原産地/非原産地の病原菌(マツノネクチタケ属)感染がイタリアカサマツと菌根菌Tuberの共生関係に与える影響。どこの病原菌でも感染率増加に伴い菌根密度が増加。感染により発現が増えた菌根菌の遺伝子数は、原産地病原菌＞非原産地病原菌。 dx.doi.org/10.1111/nph.14…

Shunsuke Matsuoka @Mtok_Snsk

亜熱帯林で尾根/谷で土壌菌類群集と環境の関係。菌種の豊かさは尾根では植物種数と土壌環境、谷では地形とシイの優占度とそれぞれ関係。菌組成は尾根/谷、植物種組成、空間距離が強く関係し、植物種&空間距離との関係は特に尾根で明瞭。 dx.doi.org/10.1111/nph.14…

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新熱帯の森林におけるリター・土壌菌群集と環境の関係。単一樹種植林地・天然林どちらでも、菌組成は採集場所の樹木種と基質(リターvs土壌)と強く関係。 doi.org/10.1007/s00248…

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菌メタバーコーディングの配列クラスタリングでde novo(CD-HIT/USEARCH)、参照配列(UNITE)ベース(BLAST/NINJA)、組み合わせのどれがよさげか調査。 dx.doi.org/10.1111/nph.14…

Shunsuke Matsuoka @Mtok_Snsk

25タイプのきのこを混ぜた群集ならOTU数はUSEARCHが正解。 4つの野外基質を対象にしたメタバでは、α多様性は手法間では参照配列ベースで他より少なくなるが、手法が同じなら基質間でのαの傾向は同じ。β多様性は手法によらず同じ傾向が得られる。

Shunsuke Matsuoka @Mtok_Snsk

Exact sequence variants should replace operational taxonomic units in marker-gene data analysis. dx.doi.org/10.1038%2Fisme… 菌類メタバのデータもOTUよりもESVとかASVと呼ばれる考え方で解析した方がいい場合が圧倒的に多いだろうけど、置き換わるまでにどれくらいかかるかなぁ。

Shunsuke Matsuoka @Mtok_Snsk

2014年とちょい古めだけど時系列のβ多様性データの解析アイデアとRでの実行方法をまとめた論文。 基本的には空間データみたいに、環境変数(環境変動への応答)と時間変数(dbMEM等、浮動みたいなのに相当)で説明される部分に分割するというアイデアが使いやすいかなぁ。 dx.doi.org/10.1098/rspb.2…

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菌メタバ時のPCRキメラ形成率を操作(mock)群集を使って調査。ITS2だとキメラ形成率は0.2%くらいで、キメラチェックソフト(perseusとuchime)で擬陽性はあったけど、偽陰性はなかった。 doi.org/10.1111/1755-0…

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菌のメタバデータ(ITS2をMiSeqとPacBioで読む)を5つのplat formで解析し、結果を比較。エラー除去やOTU作成が完ぺきと思われるものはなかったけど今回のデータに関しては(PipeCraft、LotuS、PIPITS＞QIIME2、Galaxy)。 doi.org/10.7287/peerj.… 基本的にはVSEARCH呼んでるのが結果よさそう。

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森林と菌類(升屋勇人　編、共立出版) 第7章.気候変動による森林の変化と菌類への影響を執筆させて頂きました。群集集合の観点から、菌類の分布や群集変化を論じています。 菌類学のみならず生態学、森林科学の研究をしている方にも興味深く読んで頂ける教科書かと思います！ kyoritsu-pub.co.jp/bookdetail/978…

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Host Phylogeny Is a Major Determinant of Fagaceae-Associated Ectomycorrhizal Fungal Community Assembly at a Regional Scale frontiersin.org/article/10.338…

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Variation partitioningだと環境と空間距離の相関が出るけど、従来のVPだと環境要因の影響力を過大評価している？ Beyond neutrality: disentangling the effects of species sorting and spurious correlations in community analysis doi.org/10.1002/ecy.23…

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空気中の菌類DNA相は地理構造を持つ(近い場所で似てる)し、時間変化する。 Give me a sample of air and I will tell which species are found from your region: Molecular identification of fungi from airborne spore samples - doi.org/10.1111/1755-0…

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大気中と降下物(降下vs雨)中の菌類DNA相。粒子サイズで分類群が違う。雨で降下している分類群が多そうだし、雨のみに含まれる分類群もいた。 Taxonomic diversity of fungi deposited from the atmosphere doi.org/10.1038/s41396…

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Fungi in Polar Regions (Tsuji and Hoshino(ed), CRC Press)が出版されます。 第5章 DNA Metabarcoding for Fungal Diversity Investigation in Polar Regionsを書かせていただきました。菌類DNAメタバーコーディングについて用語解説と、実行手順をまとめました。 crcpress.com/Fungi-in-Polar…

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ダグラスモミの地理構造と土壌N利用可能性・外生菌根菌群集の関係。モミの成長はモミ自身の局所適応に加え、菌群集によって最適化されているかも。 doi.org/10.1111/nph.13… 調査地の外生菌根菌群集の地理構造は土壌N利用可能性と菌のアンモニア吸収能力に関係。 doi.org/10.1111/mec.13…

Shunsuke Matsuoka @Mtok_Snsk

ダグラスモミ老齢林<20kmくらいでのECM群集類似度の距離減衰と種数-面積曲線。~2.6kmくらいの範囲で距離減衰が見られたし、この景観でECM群集のγ多様性を捉えるには50haくらいが下限と推定。 doi.org/10.1111/ddi.12…

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森林河川(20km程度)水中の菌類DNAを調べました。水生菌や陸生と考えられる菌など、系統的にも機能的にも多様な菌のDNAが検出されています。DNA相は同じ支流内だと支流間より似ていて、支流間だと空間的に近いほど似ていました。doi.org/10.3897/mbmg.3…

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50mくらいの空間スケールで、植物の根関連菌群集は宿主植物の系統やアバンダンスによってよく予測された。宿主との関連は共生菌よりも寄生菌の方が強かった。 doi.org/10.1111/1365-2…

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大学院の時取ったデータを公開していただきました。水草堆肥を添加すると土壌中の細菌16Sとアルカリホスファターゼ遺伝子組成が変化するようです。 doi.org/10.1007/s10201…

Shunsuke Matsuoka @Mtok_Snsk

カナダのロブソン山の標高傾度と一次遷移系列に沿った落葉関連菌の多様性変化を調べた論文が出版されました(受理から1年以上。。） 以下から12月9日までフリーで読めます。 authors.elsevier.com/a/1Zwkx6g5o7A8…

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同じサンプルに対して、菌類ITS領域のDNAとRNAを対象にメタバーコーディングを行い結果比較。OTU組成はDNAvsRNAよりも場所間のばらつきが大きく、どちらでも群集組成パターンの解析は同じ結果になりそう。OTU数はRNAのがDNAより高かったらしい。 doi.org/10.3389/fmicb.…

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論文が公開されました。日本のスダジイ林の外生菌根菌相が地理構造を持ち(地理的に近い場所で似ており地域性がある)、この地理構造には菌の分散履歴や気候への応答に加えて宿主であるスダジイの系統地理(遺伝型)も関連する可能性を示しました。 doi.org/10.3389/fmicb.…