#kashiwaR_8

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「『自分で手を動かせ』→そりゃないよ！　コードを多めに出します」 #kashiwar

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「 sample() でランダムな数値ベクトルを作成する 」 #kashiwar

DDD @alias_o

おお！さいころふれた！ #kashiwar

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「図でなくコードをみてテンション上がる人は，R使いに向いている」 #kashiwar

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「seq() で等差数列を作成する」 #kashiwar

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「aggregate(): 因子（factor）ごとに関数を適用する」 #kashiwar

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「Rでは，真理値ベクトルによって，ベクトルの要素を取り出すことができる」 #kashiwar

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「curve() を使うと曲線が描ける」 #kashiwar

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「東京理科大は柏キャンパスに近いので仲良くしましょう」 #kashiwar

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「システム生物学とは，システム工学の考え方や手法を生物学に応用したもの．生命をシステムとして理解する」 #kashiwar

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「数理モデル．プロットに直線をひいたら，線形モデル．だが，現象が線形であるとは限らない．人口爆発，細菌の増殖曲線，振動，減衰振動，反応拡散モデル…」 #kashiwar

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「今日は常微分方程式モデル（ODE）をやります」 #kashiwar

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「ODEをやるツールは色々ある．Rはそのなかの一つ」 #kashiwar

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「Rでやるメリットはないけど，プロットがきれいですよね」 #kashiwar

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「対象とする現象は Quorum sensing．http://t.co/eOzMMPQS31 」 #kashiwar

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「緑膿菌のquorum sensing．ある個体数をこえると，バイオフィルムをつくる．どうやったら，バイオフィルムを作らせないように出来るか？」 #kashiwar

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「Autoinducerが，個体数が上がると，細胞内に入ってきて，状態が変化する」 #kashiwar

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「モデル化のポイント．素反応は入ってきたらプラス，出て行ったらマイナスとすればいいだけ」 #kashiwar

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「微分方程式の解き方．解析的に解くか，数値的に解くか．システムバイオロジーでは解析的に解けないモデルが多い．数値計算では，まず，漸化式をつくり，初期値を設定して，タイムステップごとに各変数（物質濃度）の値を算出」 #kashiwar

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「deSolveパッケージを使う．まず，function()でモデルを定義する（長い…）．パラメータの具体的な値を設定する．初期値を設定する．計算ステップを設定する．解く．結果をプロットする．」 #kashiwar

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「作ったモデルが現実の生命現象の挙動と合っているかを確かめる．その後，分岐解析やロバスト解析を行う」 #kashiwar

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次は .@tsutatsuta さんの「Rと同位体分析」です． #kashiwar

Ohue M/大上雅史 @tonets

#kashiwar 2時間遅刻で参加中。

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「生物が食べたものが生物の身体をつくるので，からだの同位体比を調べれば何を食べていたかを推定できる．知りたいのは，何をどれぐらい食べているか（食資源ごとの寄与率）なので，mixingモデルによって計算する」 #kashiwar

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「一番単純なmixingモデルは，未知の定数が２つの連立方程式になる．」 #kashiwar