#kashiwaR_8

(非公式的な)個人のメモ。 あとはスライドとあわせてみて下さい。 http://www14.atwiki.jp/kashiwar/pages/22.html
0
前へ 1 ・・ 3 4 次へ
Acafe(エーカフェ) @Acafe_info

「測る同位体を2つにすると,未知の定数が3つの連立方程式を解ける」 #kashiwar

2013-06-07 19:04:43
Ohue M/大上雅史 @tonets

存在比で表して総和を一定にしてるから測定元素はn-1で良いのね #kashiwar

2013-06-07 19:06:14
Acafe(エーカフェ) @Acafe_info

「問題点1: 未知の定数(推定したい食資源)がもっと多くなったら?  問題点2: それぞれの食資源で同位体比にばらつきがある(平均値で代表させていいのか)」 #kashiwar

2013-06-07 19:06:18
Ohue M/大上雅史 @tonets

平均値(点推定)からベイズ推定へ(siarモデル) #kashiwar

2013-06-07 19:07:16
Acafe(エーカフェ) @Acafe_info

「新たなmixing model: siar .ベイズ推定を組み込んで,MCMCで解くRパッケージ」 論文: http://t.co/mgQy5Wpg00 #kashiwar

2013-06-07 19:07:35
Ohue M/大上雅史 @tonets

ヒト、イヌ、その他動物で同位体存在比を推定。海産物由来の分布が示唆される。 #kashiwar

2013-06-07 19:12:36
Acafe(エーカフェ) @Acafe_info

「応用例: 北海道オホーツク文化の人骨から,何を食べていたかを推定する.その結果,ヒトは海洋哺乳類をよく食べていたという結果が得られた.一方,イヌはサカナもよく食べていた.使役動物と被使役動物で食べ物が分かれていたのだろう」 #kashiwar

2013-06-07 19:13:11
Ohue M/大上雅史 @tonets

ぱっとメタゲノムショートリードが思い浮かんだけど、どうこうできるかはわからんなぁ。 #kashiwar

2013-06-07 19:14:15
Acafe(エーカフェ) @Acafe_info

「分子生物学への応用: 何が混ざっているものの混合率を知りたいときに使える.特に,ばらつきを考慮したり,重みづけしたりできる」 #kashiwar

2013-06-07 19:14:46
Ohue M/大上雅史 @tonets

混ざっていて、というキーワードから短絡的に想像しただけw #kashiwar

2013-06-07 19:14:51
Acafe(エーカフェ) @Acafe_info

最後は, .@nukkie66 さんの「Rで薬剤標的プロファイリング」です. #kashiwar

2013-06-07 19:15:58
Ohue M/大上雅史 @tonets

仮にメタゲノムリードの種分類やりたかったら、学習法と組合せて如何に真面目な計算をサボるかだろうなぁ #kashiwar

2013-06-07 19:17:24
Acafe(エーカフェ) @Acafe_info

「最初はSを使えと言われていたが,Rの方が学びやすかった」 #kashiwar

2013-06-07 19:17:53
Acafe(エーカフェ) @Acafe_info

「一本目の論文.画像解析の結果から,薬剤の標的推定をする」 http://t.co/MEJaGnBkyc #kashiwar

2013-06-07 19:18:32
サイエンスえるらさん @erura5

メタゲノムに本当に使えるのだろうか。。。? #kashiwar

2013-06-07 19:19:11
Acafe(エーカフェ) @Acafe_info

「薬剤を加えたときの形態と遺伝子破壊株の形態を画像解析で比較すれば,標的遺伝子が分かる」 #kashiwar

2013-06-07 19:20:09
Acafe(エーカフェ) @Acafe_info

「最初から,遺伝子破壊株5000×形態パラメータ500のプロファイルはあった.薬剤かけたときの,形態パラメータに近いものをRで探した」 #kashiwar

2013-06-07 19:21:17
Ohue M/大上雅史 @tonets

マルチターゲットドラッグの推定とかに応用できるのかな、まず基盤となるデータとらないといけないんだろうけど。 #kashiwar

2013-06-07 19:22:31
Ohue M/大上雅史 @tonets

形態情報と遺伝子ネットワークレベルとのマッピングを是非やってほしい #kashiwar

2013-06-07 19:23:46
Acafe(エーカフェ) @Acafe_info

「2本目の論文 Vanillinが翻訳を抑制することを発見した」 http://t.co/JoeJaMD2Ol #kashiwar

2013-06-07 19:26:11
Acafe(エーカフェ) @Acafe_info

「バイオエタノールを酵母に作らせようとすると,Vanillinが副産物としてできる.成長や発光を阻害することは知られていたが,分子機構は分かっていなかった」 #kashiwar

2013-06-07 19:27:07
Acafe(エーカフェ) @Acafe_info

「先程の画像解析手法CalMorphを使って,Vanillin処理したのと似た形態プロファイルを持つ遺伝子破壊を抽出できた.リボソームの大サブユニットだった.リボソームの立体構造にプロットすると,クラスターを形成していた」 #kashiwar

2013-06-07 19:29:25
前へ 1 ・・ 3 4 次へ