STAP細胞：ChIP inputを使ったCNV解析の可否について
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草💦30代障がい者教授(CEO)
@n0rr
ChIPでCNV無理。単に解析ツール動かせることと解釈できることはこれほどまでに違う。〝ChIP-seqのリード数でもCNVが評価できるのだとしたら，〟 STAP細胞の非実在性について #5 http://t.co/JHDMZ1dyxG
2014-03-12 09:34:34
草💦30代障がい者教授(CEO)
@n0rr
査読システムさえあればchipでcnv調べたとか通るわけないッスよ。ネットに書いてあることは真偽不明だよ？嘘を嘘と見抜けない人には（インターネットを使うのは）難しい。慣れ親しんだ査読の世界へお帰りなさい。
2014-03-12 09:42:23
ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧
@dritoshi
@n0rr ChIP assay の IPのステップだけ抜いたサンプルを一般に input と呼びます。そのシーケンスですね。
2014-03-12 09:58:58
草💦30代障がい者教授(CEO)
@n0rr
@FrdmFries input、免疫沈降以外がマテメソ通りなら、ChIPのコントロールであってリシーケンシングではないですね。
2014-03-12 13:41:10
草💦30代障がい者教授(CEO)
@n0rr
タカラバイオのChIP法プロトコル(2/6) 【２】の1.6 にInput 画分について http://t.co/O3lmyk1Bk9
2014-03-12 13:56:07
草💦30代障がい者教授(CEO)
@n0rr
@FrdmFries DNAを上手くとる方法は経験的に構築されたもので理論からくみ上げられたものではない以上、それ以外の方法で行うとどうダメなのかはすっきり説明できないですが
2014-03-12 14:26:08
草💦30代障がい者教授(CEO)
@n0rr
@FrdmFries ふつうのリシーケンスデータと比べてマッピングに偏りがないことを示さないとChIPのコントロールデータをリシーケンスデータとして使うことはできないと考えています。
2014-03-12 14:29:01
ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧
@dritoshi
ChIP input わかってない人が多いので補足。タンパク質とDNAをクロスリンクして断片化しているのだから、ゲノムDNAがヌクレオソームにしっかり巻き付いているようなヘテロクロマチン領域はリードが少なくなり、クロマチンが開いているところは、多くなるのよ。
2014-03-12 21:54:36
ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧
@dritoshi
chromatin が開いているところは転写因子などがアクセスしやすい。アクセスしやすさを chromatin accessibility と言うの。chromatin accessibility と周辺の転写量がよく相関することは定量的に理解されている。
2014-03-12 21:57:49
ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧
@dritoshi
つまり同じ性質の細胞は、転写のみならずchromatin accessibility も傾向も似ていることになる。
2014-03-12 21:59:40
ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧
@dritoshi
そうなるとリードの厚みでの解析ではなく、CNVに見られるような、リードの厚みが断続的に変化する、というような解析のほうが相応しいのではないか?
2014-03-12 22:01:06
ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧
@dritoshi
そのような breakpoint の解析しようとすると、リード数が十分に必要となる。SNV解析にもリードが足りない。
2014-03-12 22:02:14
ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧
@dritoshi
なので、このデータでCNVの解析をすることには、僕は慎重な立場だ。僕なら、リードの厚みが均一になるよう non-amplified なシーケンスライブラリを作成し、シーケンスをするだろう。
2014-03-12 22:03:58