STAP細胞：ChIP inputを使ったCNV解析の可否について
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@mitsuhiroyana
@mitsuhiroyana
[exblog] おさまらないSTAP細胞作成手順のはなし http://t.co/eOp0klSNHJ
2014-03-09 08:55:26
論文捏造＆研究不正
@JuuichiJigen
これは！？ >> "ES細胞とSTAP細胞はCNVに差がなく，ほぼ同一であることが示されました．この近さは慎重な実験をするために，STAPを抽出したマウスからES細胞を作成したとしても説明がつかないように思われます．" http://t.co/96pRo1aGvc
2014-03-11 01:26:12
naka-take
@Yuhki_Nakatake
記事更新されたね→kahoの日記： STAP細胞の非実在について＃５ http://t.co/alttCMUpVp
2014-03-11 01:52:50
🌸🍀眞葛原雪🍀🌸
@pririn_
癌細胞のCNVと同じなのでは？“@JuuichiJigen: これは！？ >> "ES細胞とSTAP細胞はCNVに差がなく，ほぼ同一であることが示されました．この近さは慎重な実験をするために，STAPを抽出したマウスから" http://t.co/OXDzYoMdKl”
2014-03-11 03:51:03
Norio Nakatsuji
@norionakatsuji
やはり？"@#JuuichiJigen: これは！？"ESとSTAP細胞はCNVに差がなく，ほぼ同一であることが示された．この近さは慎重な実験をするために，STAPを抽出したマウスからES細胞を作成したとしても説明がつかないように思 http://t.co/0ULIZp3guP”
2014-03-11 04:00:14
ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧
@dritoshi
ほかの解析はともかく、ChIP input を使ったCNV解析は、非常に難しいと思うので、データに基づいて慎重な調査が必要だと思うよ。
2014-03-11 09:30:32
ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧
@dritoshi
ChIP input は IP のステップ以外、まったく同じ手順だとすると、chromatin accessibility も見ていることになるので、CNV と分けるのが難しいかも。リードが少なすぎる input でどこまで言えるかは、俺なら慎重になるかな。
2014-03-11 09:48:24
ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧
@dritoshi
カバレッジではなく、break point を見るような解析手法を使わないと、Chromatin accessibility との区別は難しい気がする。
2014-03-11 09:49:43
ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧
@dritoshi
僕はChIPは専門だがCNVは専門ではないけど、ChIP-Seq input で CNVを正確に認識できる方法を思いついたら、ゲノム系の雑誌に投稿できるレベルの困難さ、という感じでは?
2014-03-11 09:56:50
ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧
@dritoshi
breakpoint の解析をするにはリードのカバレッジが足りないだろうから、genome や exome のデータを取って示すかな、俺なら。PCRバイアスでカバレッジが不均一にならない non-amplified なシーケンスライブラリを作るとなお良い。
2014-03-11 10:39:16
🌸🍀眞葛原雪🍀🌸
@pririn_
なんかゲノム配列の問題とCNVの差異の問題がごっちゃにされて理解されている気がする>> "ES細胞と #STAP細胞 はCNVに差がなく，ほぼ同一" http://t.co/OXDzYoMdKl #STAP
2014-03-11 11:27:48
Toshi Kamei
@ToshiK1214
胎盤ができたのはどう考えればいいんでしょうか？“@norionakatsuji: やはり？"@#JuuichiJigen: これは！？"ESとSTAP細胞はCNVに差がなく，ほぼ同一であることが示された． http://t.co/UrWPmv680j””
2014-03-12 00:50:29
Norio Nakatsuji
@norionakatsuji
論文胎盤データは増殖能低のSTAP細胞、その後増殖させたSTAP幹細胞データはESと相違無い。前者は？"@ToshiK1214: 胎盤できたのはどう考えれば？“@norionakatsuji: やはり？"@#JuuichiJigen: "ESとSTAP細胞はCNV差がなく同一"
2014-03-12 07:23:15
Norio Nakatsuji
@norionakatsuji
論文胎盤データは増殖能低のSTAP細胞、その後増殖させたSTAP幹細胞データはESと相違無い。前者は？"@ToshiK1214: 胎盤できたのはどう考えれば？“@norionakatsuji: やはり？"@#JuuichiJigen: "ESとSTAP細胞はCNV差がなく同一"
2014-03-12 07:23:15
🌸🍀眞葛原雪🍀🌸
@pririn_
@norionakatsuji @ToshiK1214 @JuuichiJigen Stem cell同士のCNVの差異はそもそもどれくらいなのかが知りたいです #JuuichiJigen
2014-03-12 07:31:06
Norio Nakatsuji
@norionakatsuji
詳細誰かに回答願うとして国内で認識されてないのは、ES,iPS等細胞株は増殖中に多数のゲノム変異を蓄積、特に体細胞は既に蓄積"@ririn_: @norionakatsuji @ToshiK1214 @JuuichiJigen Stem cell同士のCNVの差異はどれくらいか”
2014-03-12 07:59:06
🌸🍀眞葛原雪🍀🌸
@pririn_
@norionakatsuji @ToshiK1214 @JuuichiJigen 増殖中にCNVを蓄積するのですね。増殖する前ではどうなのでしょうか。癌細胞のように少ないのでしょうか？
2014-03-12 08:07:15
Norio Nakatsuji
@norionakatsuji
ES細胞株の出発点ゲノムは生殖細胞なので変異少ないが、iPS株の元の体細胞には既に蓄積の筈、初期化過程でも起きる可能性"@pririn_: @norionakatsuji @ToshiK1214 @JuuichiJigen 増殖中にCNVを蓄積するのですね。増殖する前ではどうか”
2014-03-12 08:20:28
草💦30代障がい者教授(CEO)
@n0rr
ChIPでCNV無理。単に解析ツール動かせることと解釈できることはこれほどまでに違う。〝ChIP-seqのリード数でもCNVが評価できるのだとしたら，〟 STAP細胞の非実在性について #5 http://t.co/JHDMZ1dyxG
2014-03-12 09:34:34