朝まで生ツイッター：複数微小結晶回折データマージ四方山

2438@ROM @t2438

@kun32xu 基本的にはLCPの結晶の同型性は高い傾向にあると思いますが、時々レイヤー間のパッキングが疎になっていて、そういう奴はマージしない方が良い印象ですかね。単純化すると、異方性があるやつはマージしない。@emeKato

kiyoshikanata @kkanata

@timasaki 前のあいつは、晶系の時点では全く区別つかなかったので、まあ出来るものなら一個で解きたいよねえ、というのが今現在の個人的な気持ちですね。

ima3 @timasaki

@kkanata でーたせっとならRisoとかできますが枚数少ないとどうなんでしょ

kiyoshikanata @kkanata

@timasaki どうなんでしょ（困った

ima3 @timasaki

@kkanata ではGWの宿題で

kiyoshikanata @kkanata

@timasaki 解ける気がしないですん

ひ○たく @kun32xu

@t2438 @emeKato なるほど。みんな同型性をどう評価してるのか興味ある。私はFのRisoを見てましたけど、格子定数とRisoの関係は見たことが無く格子1%未満がどのくらい正しいか検討が付きません。最初にやるのは格子定数が簡単すね。異方性は定量化が難しい・・・。

とりさん @biochem_fan

@t2438 @kun32xu @emeKato それ、low dose の X線トモグラフィーでやろうとしてる人が数年前からいますが、すっごく遅くて実用的ではないらしいです

2438@ROM @t2438

@kun32xu晶系と格子がある程度近かったら、なんも考えずにXSCALE放り込んで、相関性見ちゃってますね。SFXまたあにポストリファイメント的なことはやったこともないです。 @emeKato

ひ○たく @kun32xu

@t2438 @emeKato なる。それが最も近道ですなぁ、メイビー。相関みて排除されるデータセットって多い？何割くらいなもん？

とりさん @biochem_fan

@t2438 @kun32xu @emeKato BLEND の中の人曰く、単純に格子定数でクラスタリングしてもかなりの成績が出るようです。wedge が非常に狭いと、共通する反射がほとんどなくてうまくスケールできない(CC が出ない) ペアが出現しますので。

ひ○たく @kun32xu

@biochem_fan @emeKato @t2438 ですよね。きっと対象のサイズに合わせたり空間分解能あげて見たりってなことをやってると・・・。

とりさん @biochem_fan

@kun32xu @emeKato @t2438 そうやって得た結晶形状を EVAL15 に放り込んで云々って話もききましたが、とにかく時間がかかるわりにご利益が少ないとか

2438@ROM @t2438

@biochem_fan 基本的には、ある程度カバーしているデータしかマージしたことがないんですよね。それ以外は格子などをベースに選んで、モデリングしてから相関性見るような方法がよいんですかね？@kun32xu @emeKato

kiyoshikanata @kkanata

なんか話続いているけど寝よ。。。

kiyoshikanata @kkanata

（誰かまとめるやろ）

ひ○たく @kun32xu

@biochem_fan @emeKato @t2438 なるほど。そうですね、スケールできない、比較できない、は絶対出てきますよね。

とりさん @biochem_fan

@t2438 @kun32xu @emeKato BLEND の人はそんなようなことを言ってました。あと、全ての pair にオーバーラップがなくても、少しずつ重なりがあればマージ可能なので(A-B, B-C で重なりがあって A-C はない場合とか)。

ひ○たく @kun32xu

@biochem_fan @emeKato @t2438 昔ESRFかどこかの人が吸収補正を正確に入れるために結晶外形をポリゴンで再現みたいなことをやっていたポスターを見たような気が #曖昧すぎる情報すみません

とりさん @biochem_fan

@t2438 @kun32xu @emeKato ただ、そういうことをやりだした時に、既存のスケーリング手法がどの程度 robust なのかは難しい問題です。特に variance の扱いが難しいというのが、この前の会合の話題でした。

ひ○たく @kun32xu

@biochem_fan @emeKato @t2438 なるほど。マージして解けてる構造はデータセット全てを公開してくれると良いかもですねｗ #結局生データほしくなるオチ

とりさん @biochem_fan

@kun32xu @emeKato @t2438 本当にそれです。回折画像は大きすぎるので厳しいにせよ、unmerged intensity の deposit があるだけで、どれほど楽しめることか!

とりさん @biochem_fan

@kun32xu @emeKato @t2438 JCSG は既に unmerged I (phasing 用も含め)のPDB 登録をやってますが、あれは CIF にする時にフレーム番号が失われてるので、スケーリングの実験には使えないんですよね……

ひ○たく @kun32xu

@biochem_fan @emeKato @t2438 楽しむｗｗｗ 変態チックですが本当に重要ですよね。著者にかけあったら貰えるんでしょうか？ｗ みんなで片っ端からもらってみるってのもひとつかもｗ #壮大なプロジェクト

とりさん @biochem_fan

@kun32xu @emeKato @t2438 それは政治的になりすぎるので、社会的スキルの高い方におまかせします(汗) < 著者にかけあう (実は以前、JCSG Data Archives のアカウントを申請したんですが、返事が来ません)