CCP4 school

とりさん @biochem_fan

今日、1ヶ月ぶりに CCP4 の人たちと再会して、最初は調子が出なかった(アタマが日本語になってた?)けれど、夕食を一緒に食べているうちに調子が戻ってきた感じ。

とりさん @biochem_fan

講義資料は ccp4.ac.uk/schools/Japan-… に順次アップされていきます

とりさん @biochem_fan

「理論上は3Dのほうがいいんだけど、現実的にはほとんど差はない」積分について Phil

とりさん @biochem_fan

「低分解能(-3.5Å) では cell refinement は不安定になりがちなので、やらないほうがいい(代わりに複数 wedge から指数付け)。積分後は、スポット・プロファイルの変動を確認すべき」

とりさん @biochem_fan

qtRView のフォントサイズが Ubuntu とかで小さすぎる。設定からフォントを変えても、ログのフォントは変わるが、表とかが変わらないからなんとかして → 今日、修正された。次アップデートで配信予定。

とりさん @biochem_fan

AIMLESS (や POINTLESS) で、一部のフレームだけ除くのは "Resolution and batch exclusions" から from X to Y in file # というふうに指定できる。"Define Runs" ではないのでご注意を。

とりさん @biochem_fan

POINTLESS で観測が少ない(回転軸と結晶の軸が近いとか)ために、らせん軸の有無について自信が持てない場合、Space Group confidence が 0 に近くなる。これは、例えば、 「絶対に P2x2x2x ではないけど、 P2かP21かは不明」みたいな場合も含む

とりさん @biochem_fan

CCP4i のプロジェクトを階層的に管理したい(@t2438) → 「GUI 2 で可能。現行の GUI 1 の場合、古い(完了した)プロジェクトをリストから削除してもメタデータはそのフォルダに残るので、同じフォルダを再指定してプロジェクトを作れば、ジョブ履歴も復活する」

とりさん @biochem_fan

CCP4 school 二日目。今日のテーマは、experimental phasing

とりさん @biochem_fan

「P1 では、回転軸近くの blind region に加えて、PILATUS などのタイル間の gap にも注意! 」「1度振りは、たいていダメ。0.1-0.5 度を推奨」

とりさん @biochem_fan

「高分解能 shell で completeness が低い。除外すべきか」→「精密化には悪影響はない(はず)。map は汚くなる。補完すると bias がかかるし、しないと artifact が出る」

とりさん @biochem_fan

kappa 軸がないビームラインで位相決定のデータをとりたいとき、360度を超えて(同じ軸で)回し続けるのは意味があるのか → 「systematic error や blind region の点からは意味がないけど、損傷の点では意味があるとも言える」

とりさん @biochem_fan

MOSFLM で指数付けが成功したかを判断する上で一番重要なのは σ(xy) である。

とりさん @biochem_fan

qtRView をコマンドラインから起動するには logview something.log とする。

とりさん @biochem_fan

ハリーが作った Advanced MOSFLM tutorial が高度すぎて、講師の Phil も苦労している。特に、Example 4 が、「これは未公開の開発バージョンなら自動で解けるけど、現在の公開版で解けるのは、本当の expert か中の人だけである」とか書いてあるw

とりさん @biochem_fan

「分子置換の後、REFMAC で Jelly body を 100 cycle 回すのを推奨。そうすると、自動でのモデル構築の成功率も上がる」

2438@ROM @t2438

@biochem_fan 最終モデルとあまりに離れすぎているときはその前にmorphingを入れたほうがよい時もある気がしますが、とにかくJelly body最強と感じてます。

とりさん @biochem_fan

遠いモデルで分子置換したあと、そのままでは精密化が難しいので、MR-SAD の位相も入れようというストーリのチュートリアル(ccp4.ac.uk/tutorials/ の6番)があるのだが、最近の REFMAC は Jelly body が優秀なので、そのまま精密化できてしまう

とりさん @biochem_fan

iMOSFLM で twist, tilt が変動しすぎだという警告が出ることがあるが、プロファイルの中央にスポットが居続けるのであれば問題ない。

とりさん @biochem_fan

CCP4 workshop、4日目の今日は精密化。

とりさん @biochem_fan

Phenix と同じく、REFMAC の人も Ramachandran restraint の使用には反対とのこと。(ただし、coot での real space refinement ではアリだろうと)

とりさん @biochem_fan

proteincrystallography.org/ccp4bb/message… CNS の DEN と、REFMAC の jelly body の違いについて、PROSMART の中の人が過去に ccp4bb で説明してた。

とりさん @biochem_fan

ysbl.york.ac.uk/refmac/papers/… twin がある場合とない場合で、ランダム構造の R factor がどうなるかについての論文。

とりさん @biochem_fan

「R factor はスケール(global B factor)に依存する。B を増やすと、見かけ上は下がる。CC average は安定」

とりさん @biochem_fan

「精密化の最初の段階では twin refinement はいれるべきではない。見かけ上 R が下がるけど、twin refinement の本当の効果なのか artifact なのか区別しにくくなる」