CCP4 school

とりさん @biochem_fan

「データセットによって、どのプログラムがベストな結果を与えるかは異なる。解くのが目的なんだから、1つのプログラム/手法に固執せず、いろいろ試すべき」

とりさん @biochem_fan

「Jelly body の sigma は CCP4i のデフォルトでは 0.02 になっているが、0.01 をオススメ」

とりさん @biochem_fan

「化学は、電子1つで全く物性が変わってくるからとても面白い。ある程度は量子化学計算でボトムアップに理解できるが、リガンドは真空中にあるわけではない(環境に影響を与え、環境から影響を受ける)のが難しい」

K. Yam @yam_cpp

@biochem_fan もしよかったら聞いてみて欲しいのですが，2mFo-DFcが最良であるという根拠はRead (1986)で実験（例示）的に示されたということで良いんでしょうか．Main (1979)による2Fo-Fcに関するノイズ項の考察みたいなものはされてないですよね．

K. Yam @yam_cpp

@biochem_fan あとFo-FcとしてmFo-DFcを使うというのは，どこで決まったのでしょうか．自明の理なのでしょうか

とりさん @biochem_fan

@yam_cpp 昼休みに EM map の話が出たので、ついでに訊いてみました。理論としては Read (1986) 以前に出ていて (Srinivasan だと思いますが、ちゃんと聞き取れず )、PX に応用したのが Read だと。

とりさん @biochem_fan

@yam_cpp ノイズについては、状況によるので、あまり定量的評価はできない(意味がない)的なことを言っていました。

とりさん @biochem_fan

例の逆空間ビューアを Zanuda の中の人に見せたところ、「これで仕事が大変はかどる!」「某 pseudo precession よりずっと強力」「最近見たソフトの中で最も有益」と大絶賛され、GitHub で公開予定と言ったら、今くれと言われたのであげた。CCP4 に入るかも。

とりさん @biochem_fan

CCP4 school から帰宅。最終日の今日は、Andrey による twin や pseudosymmetry の講義がものすごく面白かった。各テストが何によって影響を受けるのかとか、OD twin の体系的な理解など。講義資料は ccp4.ac.uk/schools/Japan-…