PCR検査の精度(偽陽性・偽陰性)が問題？その嘘を資料を元に検証(2020.7.12作成) #新型コロナウイルス

makotokasai @makotokasai

PCRでお米の偽装を暴いているけど、コシヒカリとあきたこまちを見分けることも出来る。あきたこまちの親の片側はコシヒカリだけど、あきたこまち特有の配列を選んでプライマーを設計すれば確実にわかる。あきたこまちと言ってるのにコシヒカリ何％ササシニキ何％混入してますねってところまで分かる。

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近縁種の交配や突然変異体で作出された種などでは、DNAの配列の差がほとんど無い場合もあり、そういう場合はPCRをかけて増幅されたDNA断片を制限酵素処理して切れるか切れないかで見分けたりする。今ではバンバンゲノムを読むけどね。

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コロナの検出キットで問題になるのは、偽陽性でも偽陰性でも特異度でもない。その使われているプライマーは、本当に今調べたいコロナウイルス だけを検出するの？ってことでしょ？違う？そしてマニュアルにはキチンと書かれてるよ。インフル・アデノウイルス・マイコプラズマ等は反応しませんって。 pic.twitter.com/N9ws5e0QMq

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このキットは二箇所の遺伝子(ORF1abとN遺伝子)の2019型コロナウイルス 特異的な配列がプライマーになっていて、SARS2003やコウモリSARS様ウイルス株は検出しないって。知りたい情報って、こういうものでしょ？違う？偽陽性とか偽陰性とか抗原抗体検査じゃあるまいし、PCRの技術において問題にならない pic.twitter.com/WZS83oezPz

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そもそも、インフルの検査だって鼻の奥まで棒を突き刺してうちの娘は大泣きだったし、抗体検査は圧倒的にPCR検査よりも精度が落ちる。検査するタイミングで検出されないことは、今や日本国民の多くが知るところだろう。感染したてはインフルかどうかはわかんない。偽陰性どころの騒ぎじゃ無い。

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ちなみに、これ脳外科医とか色んな医者がインフルやマイコやクラミジアも検出するからコロナ検出キットはダメだ！って言ってる。めっさ恥ずかしい。医師免許剥奪もんだろうさ。 pic.twitter.com/0VPvzLLD8w

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高校レベルの英語もできないんだよ、日本の医者って。大学教授達もだけど。もう一回、みんなで日本の教育のあり方や選抜方法を考え直した方がいいと思う。

makotokasai @makotokasai

PCRはテンプレートに知りたい塩基配列が含まれていたら、増幅する。その精度と力は凄まじいものがある。たとえるなら、一枚のコピーを持って国会図書館でこのページを含む本が読みたいと思ったら、自動的に引きずられて1冊の本のありかにたどり着くようなものである。1ページもいらない。文字列でOK

makotokasai @makotokasai

しかも、マッチする条件を下げる(アニール温度を下げる)と、似た本もズラッと手繰り寄せることができる。DNAの二重螺旋が子孫に受け継がれるのは、DNAの構造と相補的なメカニズムによる。プライマーがいい加減な場所に勝手にくっついてしまうのなら、逆鎖(3'-5'側)のDNA複製がいい加減なものになる。

makotokasai @makotokasai

5'-3'への順調なDNA複製とは異なり、逆鎖のDNA複製には岡崎フラグメントが必要になる。つまり、少しDNAが複製されるたびに新しいプライマー=岡崎フラグメントが必要になるからだ。brh.co.jp/s_library/inte…

makotokasai @makotokasai

こういう基礎的な知識というのは、分子生物学の基礎も基礎も基礎の話で、何十年も前からがん遺伝子を追っている医学の世界では、当たり前の技術で当たり前の知識だ。今では進んだ中学校でも実験しているし、高校ではもっと高度な知識が学ばれている。昔の医者だから知らないとかどんだけバカなのか。

makotokasai @makotokasai

鉄のクワや鎌を作ろうと磁石で砂鉄を集めようとしたら、「磁石じゃ砂が混じるからダメ使えない」とか「磁石じゃ砂鉄を全て回収できないからダメ使えない」「磁石が汚れるからダメ！」と抜かす鍛治屋がいたら、おまえは偽物だろう！！って突っ込むと思うんだよね。

makotokasai @makotokasai

PCRは精度が悪いというなら、今後日本ではインフルの検査も禁止にしないと話の辻褄が合わない。ほんと此の期に及んで、PCRのピの字から説明を繰り返さないとダメな国ってどーなのいったい。恐ろしいんですけど。

日付切取線 @krtr_date

✄------------ 7/8(水) ------------✄

日付切取線 @krtr_date

✄------------ 7/9(木) ------------✄

ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

東京の陽性率5.8%ってけっこうあり得ない数字ですよ。今は0.5%とかの国も多いですから。 でも最近のキナ臭い流れを見るていると、これから東京の検査は減るんじゃないかと予想。そして東京の数字がわからなくなる一方で、全国の感染者が増えてくるのではないかと危惧します。杞憂だといいですが… pic.twitter.com/kT9BAKD3rx

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ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

メンバーから以下の発言。これは相当な修羅場があったのでしょう。 「専門家の側も、異なる立場の利害関係者と粘り強く交渉できないと、務まらないと思います。ただ今回、なにがあっても途中で放り出すことなく、どなたも辞任されなかったのはすばらしかった」 dailyshincho.jp/article/2020/0… #デイリー新潮

ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

だからって変な特異度で「偽陽性ガー」とか言い出すのは全く許せません。検査が追いつかず結局自粛頼みになってしまうような対策しか出してこなかったことも一因でしょう。このままでは今後も変わりません。

日付切取線 @krtr_date

✄------------ 7/10(金) -----------✄

ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

活動再開(右)+検査抑制(左)という最悪な発想。「過度な自粛」より検査を憎悪する(左)のが謎。ノーガードを主張？ 全員検査はある条件下でのオプションであり、今は軽症者、接触者やハイリスク施設が優先。「検査・隔離で企業倒産」は全くロジック不明。全体に論理性ゼロなので放置で良いか。 pic.twitter.com/iL34tovWfj

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ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

問題視すべきは前提に巧妙なウソ(特異度99%のような)が含まれていて、そこから先はロジックに沿っているような場合。 ロジックも何もなく、全体的に破綻しているなら自然消滅すると期待したい。 肩書きと書き込みの水準のギャップがあまりにも大きいが、なぜこのようなことばかり起こるのだろうか。

ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

ゼロリスク信仰を揶揄する口で「偽陽性」をゼロリスクに出来ないと訴える愚。結論は「特異度100%、でも陽性率が高い時はコンタミに注意」。無からコンタミしない以上「たいてい間違えます」は起こり得ない。岩手で陽性が出たら再検やシーケンスをすればいい。そろそろ退場を。 buzzfeed.com/jp/yutochiba/c…

makotokasai @makotokasai

僕の言ってることが嘘だ間違ってる部分があるという人がたくさんいるから、まあタカラ(お酒だけじゃなく分子生物学の研究試薬を昔から売ってる会社なんだよ)のPCRマニュアルを見てごらんよ。絵がついているからわかりやすいよ。 takara-bio.co.jp/kensa/pdfs/boo…

makotokasai @makotokasai

日本の多くの医者や大学教授が、知らないことだよ！