“分子を見たい！” 新分子ビューアGLmolの誕生と成長

WebGL はシェーダを自分で書けるので(というか書かないといけないので)、その気になれば、ray casting によるボリュームレンダリングもできるようだ。検索するといくつか解説が出てくるので、これも自分で実装してみたい。

2011-10-21 22:06:49

Jmol の開発者メーリングリストを覗いてみたら、Android への移植が進んでいるようだった。半年くらい前に同じことをやろうとして挫折したので、大変興味深い。Graphics3D なとから swing/awt 依存部分を分離する作戦のようだ。

2011-10-22 19:14:28

JmolはレンダリングにJava3Dなどを使わず、自前でZバッファ方式のレンダラを実装している。これはPCでは依存性が少なくなるという強みであるが、AndroidのようにCPUが弱い環境では、極力ハードウェアを利用する実装にしたほうがいいのではなかろうか?

2011-10-22 19:17:41

@biochem_fan JOGLも使ってないんですか？GPU使わないともったいないような。

2011-10-22 19:20:02

Jmol における高次のグラフィック・プリミティブは線・円・球・三角ポリゴン・エルミート曲線などだが、最終的にはピクセル1つ1つについてメソッドが呼び出されて、Zバッファの更新などを含む描画処理が行われる。Android では、この多量の関数呼び出しのコストが響くのではなかろうか

2011-10-22 19:21:23

@meta_a1 使っていません。Jmol は、3D処理を全てソフトウェアでやってるというのが、売りの一つのようです。

2011-10-22 19:22:01

@biochem_fan なるほど。それだとPCはともかく携帯機でまともに使えるのは5年後ですかねぇ。ってPCでも相当きつくないです？現状。

2011-10-22 19:24:56

@meta_a1 PC だと、驚くべきことに、けっこうサクサク動くのです(起動は遅いけど)。@ecochem さんの http://t.co/A70HTZ5k とかにJmolの設置例があるので、見てみてください。

2011-10-22 19:26:42

@biochem_fan ちょっと見てみます。どうも。

2011-10-22 19:27:13

WebGL で分子ビューアを実装中の体験からいうと、PDBファイルを読み込んで表示方法を確定した時点で座標データを作ってしまい、頂点バッファオブジェクトなどに登録してしまって、回転や拡大縮小といった操作においては、変換行列を書き換えるだけにしておくのが軽量化のコツに思える。

2011-10-22 19:29:36

@biochem_fan 確かにしょぼいノートでもサクサク動きました。この実装ならタブレットでもいけそうな気はしますよ。巨大タンパクとかなるとわかりませんが。

2011-10-22 19:39:52

@biochem_fan @meta_a1 最先端のお話感謝。環境が増えすぎて半可通ですが，プログラム（土台含め）をどこに置くかとか，データ取得方法（圧縮ファイルの利用など。通信速度の問題）等。課題山積でしょうか。今は昔，小分子さえどうやって動かすかを議論したことを思い出します。

2011-10-22 20:15:54

#カガク。#分子。#生体分子。#プログラミング。 #npuh RT @ecochem: 「“分子を見たい！” 新分子ビューアGLmolの誕生と成長」をトゥギャりました。 http://t.co/VbAmntnA

2011-10-22 20:53:20

DKarasuTengu @DKTengu

RT @ecochem: 「“分子を見たい！” 新分子ビューアGLmolの誕生と成長」をトゥギャりました。 http://t.co/VbAmntnA

2011-10-22 21:06:26

@ecochem 私の発言をまとめてくださり感謝しています。WebGL のおかげで、ウェブブラウザ上での可視化の世界がぐんと広がったように思います。また、使い勝手のよいライブラリが多く、楽しくプログラミングできています。

2011-10-22 21:14:35

@ecochem 環境が増えすぎたというのは、まったくおっしゃるとおりで、標準技術のハズの WebGL も、IEでは動きませんし Android や iOS での対応も未知数です。Flash も 11 になって3D対応しましたが、iOS で使えないという問題があります。

2011-10-22 21:16:10

関連情報：[BioWiki] PDBカテゴリhttp://t.co/IChU295Q RT @ecochem: #カガク。#分子。#生体分子。#プログラミング。 #npuh RT 「“分子を見たい！” 新分子ビューアGLmolの誕生…http://t.co/VbAmntnA

2011-10-22 21:17:42

関連独言（通信速度） http://t.co/b6BchWlk RT @ecochem: #カガク。#分子。#生体分子。#プログラミング。 #npuh RT 「“分子を見たい！” 新分子ビューアGLmolの誕生と成長」をトゥギャりました。 http://t.co/VbAmntnA

2011-10-22 21:19:24

@headline00t

“分子を見たい！” 新分子ビューアGLmolの誕生と成長 http://t.co/NGGUhSah

2011-10-22 21:20:50

関連話題（拙サイトにおけるPDBデータの加工）http://t.co/b3vGFHIF RT @ecochem: #カガク。#分子。#生体分子。#プログラミング。 #npuh RT 「“分子を見たい！” 新分子ビューアGLmolの誕生と…http://t.co/VbAmntnA

2011-10-22 21:22:49

@biochem_fan 意欲的なプログラム公開に感謝です。私のプログラミングはN88で終わりましたがw，夜中までその改変のことが頭にあるのは同じだと感じました。

2011-10-22 21:25:06

.@ecochem さんのパソコンと分子表現の変遷が面白い。こうみるとすごい進歩してるのねぇ… http://t.co/48vjhiGb

2011-10-22 21:27:19

@biochem_fan 老化で最近の多様化にはついていけない状態です。Chimeが使えなくなってJmolに取り組んだことを思い出します。今後は一層波乱万丈で大変と思いますが，多くの環境で使えるビューアに期待しています！

2011-10-22 21:28:03