2014年9月24日

BioCodefest2014

EU codefest@EBI
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toshiaki katayama @tktym

ケンブリッジ大学のCambridge Systems Biology Centre (CSBC)のGosさんのラボに寄らせて頂き、滞っていたBH13論文のTODOを整理。これから軽く飲んで帰国へ。

2014-09-21 00:16:55
toshiaki katayama @tktym

BioNode/Datの始め方やJSON-LDやNCBI連携や、、したかったこと色々やり残しつつ時間切れ。やはりハッカソンは最低5日間くらい欲しいな~。ともあれとても有意義でした!来年はISMB/BOSCと… instagram.com/p/tIlTKZo6Cs/

2014-09-20 01:39:37
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toshiaki katayama @tktym

BioJSのサンプルを作り、TogoStanzaに組み込んで表示する方法までを Sebastian @greenify に教えてもらいながら試した。evernote.com/shard/s1/sh/b0… #codefest

2014-09-20 01:24:34
toshiaki katayama @tktym

EBIの方々が使ってくれるようになった(うれしい)ので d3sparql の改定を少々。オプションの指定などもう少しジェネリックに仕上げたい。あと insdc2ttl の更新をした。ランチ〜。

2014-09-19 20:50:34
toshiaki katayama @tktym

Ensembl RDF化に関連してChromosomeやCytogeneticBandのURIやクラスもEBIで整備されることに。こちらからはINSDC/DDBJ, Taxonomyのオントロジー提供の話を伝えて相互に利用できそう。

2014-09-19 20:44:27
toshiaki katayama @tktym

TogoGenomeに最近追加したID Resolver togogenome.org/resolver と Converter togogenome.org/converter を紹介したらUIの評価が高い。デザイナーの永野さんGJ! BH14のTシャツ等もお願いしてるので乞うご期待

2014-09-19 20:41:09
toshiaki katayama @tktym

おぉ、Google docsのリンクをツイートしたら1秒以内にanonymousのアクセスが6人位からあった。これってTweetされたURLは一瞬にしてロボットによって自動的にアクセスされるようになってるのかなぁこわい。(or人間がクリックしまくってる?!)

2014-09-19 20:24:55
toshiaki katayama @tktym

Ensembl RDFからリンクされてるDBの一覧 docs.google.com/spreadsheets/d… リンク先はオリジナルのURIとhttp://t.co/cJdSWKCB6gのURIでともにEDAMオントロジーで型付けする予定とのこと

2014-09-19 20:17:53
toshiaki katayama @tktym

昨晩はBioRuby geeksと壁紙がRNAコードに見えるレストランCAUでrib-eyeステーキを頂きました。テンダーで美味しかったなー instagram.com/p/tHs4-yI6Dd/

2014-09-19 17:26:42
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toshiaki katayama @tktym

おはようございます。6:30に起きてテレビつけるとスコットランド独立Yes 45% (1,539,920票) No 55% (1,914,187票) 31/32 declaredとなってました。bbc.co.uk/scotlanddecides グラスゴーはYesエジンバラはNoとか

2014-09-19 14:52:25
toshiaki katayama @tktym

EU codefest の会場。EBIのキャンパス内にあるミーティングルームは緑に囲まれ窓も広くてとても解放的で綺麗。 instagram.com/p/tGIe29I6Bs/

2014-09-19 02:49:20
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toshiaki katayama @tktym

Bruno VieiraさんがBioNodeを始めたのは今年に入ってからだそう。プリンシプルはUNIXと同じように1つのタスクを1つのモジュールで簡潔に記述しパイプライン化。JSのエコシステムのおかげですでに多くのことが実現されててNode.jsらしくストリーム処理が強み。

2014-09-19 02:37:20
toshiaki katayama @tktym

bionode-ncbi search assembly cyanobacteria -l 10 など。入出力はJSONなのでBioNodeの他のモジュールを使ってパイプライン処理が可能。BioNodeスクリプトでは同じことをメソッドチェインで記述でき並列ワークフロー作成も。

2014-09-19 02:32:55
toshiaki katayama @tktym

BioNode bionode.iotry.bionode.io はDockerを使ったサンドボックス。リターンを押すと現れるプロンプトから自分でnpmモジュールをインストールする。

2014-09-19 02:30:14
toshiaki katayama @tktym

明日はNCBIとEnsemblとTogo*でRDFの標準化について少し詰めよう。RDF on the flyの流れでJSON-LD+MongoDBでSPARQLも試してみたい。

2014-09-19 02:10:41
toshiaki katayama @tktym

TogoGenomeではインハウスのEdgeStoreを使ってやってるDB間のリンク管理をIdentifiers.org, Ensemble, Bio2RDF共同で維持できるスキームをBH14で作る必要あり。

2014-09-19 02:05:20
toshiaki katayama @tktym

今日はBrunoの個人授業のおかげでいろいろ最近の(特にJS周りの)技術の進展を学ぶことができたけど、昔はワクワクしてた場面でもはやフォローしきれないなーと思ってしまうあたりオジサン化してる自分がいる

2014-09-19 01:55:17
toshiaki katayama @tktym

BioRubyからTogoWSで言語非依存のウェブサービスに移行しRDFでデータの標準化へシフトしてきたけどワークフローまで考えるとJS/JSONに巻き返されるかもなー。Bionodeにセマンティックウェブのモジュール書いてみたらいいかも。

2014-09-19 01:38:27
toshiaki katayama @tktym

Variant calling をデータ取得中からストリーミングで slideshare.net/c.titus.brown/…

2014-09-19 01:18:52
toshiaki katayama @tktym

Gasket github.com/datproject/gas… を使うとDatからのデータ入出力、コマンドライン、Nodeのモジュールなどを組み合わせたデータ処理のパイプラインをJSONで管理でき、並列化も。JSはユーザ多いのでここ数年でスクラッチからすごく色々できてる。

2014-09-19 01:18:17
toshiaki katayama @tktym

Datについては github.com/maxogden/dat のdoc/にドキュメントが。様々なデータファイルのストア、形式変換の他、データ更新のためのウェブIF、REST APIなどが提供される

2014-09-19 01:14:00
toshiaki katayama @tktym

Datはデータの取得・ストア・バージョン管理を行えるツールでデータのGitのようなイメージ。バイオ系以外にもgov系・geo系等のデータでも使われているそう。

2014-09-19 01:10:37
toshiaki katayama @tktym

BioNodeはNode/JavaScriptのエコシステムを活用していてデータ処理をストリームで行えるところが今どきっぽい。

2014-09-19 01:06:59
toshiaki katayama @tktym

BioJSはJavaScriptによる可視化モジュールのためのコミュニティ(テンプレート・レポジトリ)で、BioNodeはJavaScript用のOpenBio*ライブラリとコマンドラインツールに近い感じ

2014-09-19 01:05:22
toshiaki katayama @tktym

これから1時間BioJS (Reusable JavaScript for Life Sciences)のチュートリアルby David Dao/Sebastian Wilzbach #codefest

2014-09-18 22:02:20
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