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toshiaki katayama
@tktym
ケンブリッジ大学のCambridge Systems Biology Centre (CSBC)のGosさんのラボに寄らせて頂き、滞っていたBH13論文のTODOを整理。これから軽く飲んで帰国へ。
2014-09-21 00:16:55
toshiaki katayama
@tktym
BioNode/Datの始め方やJSON-LDやNCBI連携や、、したかったこと色々やり残しつつ時間切れ。やはりハッカソンは最低5日間くらい欲しいな～。ともあれとても有意義でした！来年はISMB/BOSCと… instagram.com/p/tIlTKZo6Cs/
2014-09-20 01:39:37
toshiaki katayama
@tktym
BioJSのサンプルを作り、TogoStanzaに組み込んで表示する方法までを Sebastian @greenify に教えてもらいながら試した。evernote.com/shard/s1/sh/b0… #codefest
2014-09-20 01:24:34
toshiaki katayama
@tktym
EBIの方々が使ってくれるようになった（うれしい）ので d3sparql の改定を少々。オプションの指定などもう少しジェネリックに仕上げたい。あと insdc2ttl の更新をした。ランチ〜。
2014-09-19 20:50:34
toshiaki katayama
@tktym
Ensembl RDF化に関連してChromosomeやCytogeneticBandのURIやクラスもEBIで整備されることに。こちらからはINSDC/DDBJ, Taxonomyのオントロジー提供の話を伝えて相互に利用できそう。
2014-09-19 20:44:27
toshiaki katayama
@tktym
TogoGenomeに最近追加したID Resolver togogenome.org/resolver と Converter togogenome.org/converter を紹介したらUIの評価が高い。デザイナーの永野さんGJ! BH14のTシャツ等もお願いしてるので乞うご期待
2014-09-19 20:41:09
toshiaki katayama
@tktym
おぉ、Google docsのリンクをツイートしたら1秒以内にanonymousのアクセスが6人位からあった。これってTweetされたURLは一瞬にしてロボットによって自動的にアクセスされるようになってるのかなぁこわい。(or人間がクリックしまくってる?!)
2014-09-19 20:24:55
toshiaki katayama
@tktym
Ensembl RDFからリンクされてるDBの一覧 docs.google.com/spreadsheets/d… リンク先はオリジナルのURIとId.orgのURIでともにEDAMオントロジーで型付けする予定とのこと
2014-09-19 20:17:53
toshiaki katayama
@tktym
昨晩はBioRuby geeksと壁紙がRNAコードに見えるレストランCAUでrib-eyeステーキを頂きました。テンダーで美味しかったなー instagram.com/p/tHs4-yI6Dd/
2014-09-19 17:26:42
toshiaki katayama
@tktym
おはようございます。6:30に起きてテレビつけるとスコットランド独立Yes 45% (1,539,920票) No 55% (1,914,187票) 31/32 declaredとなってました。bbc.co.uk/scotlanddecides グラスゴーはYesエジンバラはNoとか
2014-09-19 14:52:25
toshiaki katayama
@tktym
EU codefest の会場。EBIのキャンパス内にあるミーティングルームは緑に囲まれ窓も広くてとても解放的で綺麗。 instagram.com/p/tGIe29I6Bs/
2014-09-19 02:49:20
toshiaki katayama
@tktym
Bruno VieiraさんがBioNodeを始めたのは今年に入ってからだそう。プリンシプルはUNIXと同じように１つのタスクを１つのモジュールで簡潔に記述しパイプライン化。JSのエコシステムのおかげですでに多くのことが実現されててNode.jsらしくストリーム処理が強み。
2014-09-19 02:37:20
toshiaki katayama
@tktym
bionode-ncbi search assembly cyanobacteria -l 10 など。入出力はJSONなのでBioNodeの他のモジュールを使ってパイプライン処理が可能。BioNodeスクリプトでは同じことをメソッドチェインで記述でき並列ワークフロー作成も。
2014-09-19 02:32:55
toshiaki katayama
@tktym
BioNode bionode.io の try.bionode.io はDockerを使ったサンドボックス。リターンを押すと現れるプロンプトから自分でnpmモジュールをインストールする。
2014-09-19 02:30:14
toshiaki katayama
@tktym
明日はNCBIとEnsemblとTogo*でRDFの標準化について少し詰めよう。RDF on the flyの流れでJSON-LD+MongoDBでSPARQLも試してみたい。
2014-09-19 02:10:41
toshiaki katayama
@tktym
TogoGenomeではインハウスのEdgeStoreを使ってやってるDB間のリンク管理をIdentifiers.org, Ensemble, Bio2RDF共同で維持できるスキームをBH14で作る必要あり。
2014-09-19 02:05:20
toshiaki katayama
@tktym
今日はBrunoの個人授業のおかげでいろいろ最近の(特にJS周りの)技術の進展を学ぶことができたけど、昔はワクワクしてた場面でもはやフォローしきれないなーと思ってしまうあたりオジサン化してる自分がいる
2014-09-19 01:55:17
toshiaki katayama
@tktym
BioRubyからTogoWSで言語非依存のウェブサービスに移行しRDFでデータの標準化へシフトしてきたけどワークフローまで考えるとJS/JSONに巻き返されるかもなー。Bionodeにセマンティックウェブのモジュール書いてみたらいいかも。
2014-09-19 01:38:27
toshiaki katayama
@tktym
Variant calling をデータ取得中からストリーミングで slideshare.net/c.titus.brown/…
2014-09-19 01:18:52
toshiaki katayama
@tktym
Gasket github.com/datproject/gas… を使うとDatからのデータ入出力、コマンドライン、Nodeのモジュールなどを組み合わせたデータ処理のパイプラインをJSONで管理でき、並列化も。JSはユーザ多いのでここ数年でスクラッチからすごく色々できてる。
2014-09-19 01:18:17
toshiaki katayama
@tktym
Datについては github.com/maxogden/dat のdoc/にドキュメントが。様々なデータファイルのストア、形式変換の他、データ更新のためのウェブIF、REST APIなどが提供される
2014-09-19 01:14:00
toshiaki katayama
@tktym
Datはデータの取得・ストア・バージョン管理を行えるツールでデータのGitのようなイメージ。バイオ系以外にもgov系・geo系等のデータでも使われているそう。
2014-09-19 01:10:37
toshiaki katayama
@tktym
BioNodeはNode/JavaScriptのエコシステムを活用していてデータ処理をストリームで行えるところが今どきっぽい。
2014-09-19 01:06:59
toshiaki katayama
@tktym
BioJSはJavaScriptによる可視化モジュールのためのコミュニティ（テンプレート・レポジトリ）で、BioNodeはJavaScript用のOpenBio*ライブラリとコマンドラインツールに近い感じ
2014-09-19 01:05:22
toshiaki katayama
@tktym
これから1時間BioJS (Reusable JavaScript for Life Sciences)のチュートリアルby David Dao/Sebastian Wilzbach #codefest
2014-09-18 22:02:20