1815年のインドネシアのタンボラ火山の噴火がコレラ菌の変異させパンデミックを引き起こしたのか？

Masa-aki Yoshida @yoshidamasaaki

勢いコレラ菌について調べてしまった

Masa-aki Yoshida @yoshidamasaaki

強毒性化はTCPクラスタそのものの出現の問題なのか、強毒性TCPの出現の問題なのか、それが問題だ、

T. Itoh @taitohjp

@akihito_suzuki 近縁系統の全ゲノムを幾つか解読すれば、推定は可能でありましょう。 細菌は外来DNAを取り込んで大きく性質を変えますし、あり得ますね。 sciencemag.org/content/347/62…

akihito suzuki @akihito_suzuki

@taitohjp ありがとうございます！できる範囲で勉強して、あと少し、理解を深めます。もしかしたら、ご質問することもあるかもしれませんが、その折にはよろしくお願いします。

akihito suzuki @akihito_suzuki

ありがとうございます。「分岐年代推定」をキーワードにして、少し、自分で調べてみますが、この本を読めばという推薦がありましたら、初心者にも読めそうなものを挙げていただければ。お忙しい中、お手数をおかけして恐縮の極みですが。 twitter.com/leeswijzer/sta…

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

ClustalW でアラインメントし，PAUP* でアミノ酸配列の NJ tree を構築．分岐年代推定まではやっていないのかな． twitter.com/akihito_suzuki…

2015-10-20 15:02:32

akihito suzuki @akihito_suzuki

今日は、TLの皆様から、コレラ菌の突然変異の年代を推定することについて学びました。恂にありがとうございます。教えてくださった先生方に感謝いたします！

akihito suzuki @akihito_suzuki

ありがとうございます！　と思ってから引用サイトを見て、目の前が暗くなっています・・・（涙）　しかし、本当にありがとうございました。理解のために進むべき道があることが、まずわかりました。進めるかどうかは別問題ですが（笑） twitter.com/leeswijzer/sta…

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

分岐年代推定は分子系統学でも相当な “淵” です．日本語で読める解説はたとえばOIST井上潤さんの「mcmctree の例題〜入門編〜」 ow.ly/TC47n かなあ．べいじあんなら致死的ではありません． twitter.com/akihito_suzuki…

2015-10-20 16:35:12

akihito suzuki @akihito_suzuki

重ねてありがとうございます！慶應でも所蔵しておりましたので、すぐにリクエストをかけました。中身を見るのが、怖いもの見たさなのか、楽しみです。 twitter.com/leeswijzer/sta…

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

@leeswijzer @akihito_suzuki Ziheng Yang 2014. Molecular Evolution: A Statistical Approach という定番教科書の旧版は共立出版から翻訳あり：『分子系統学への統計的アプローチ：計算分子進化学』．

2015-10-20 16:43:54

MASUDA Kooiti @masuda_ko_1

読書メモ(2015-10-20) Gillen D’Arcy Wood (2014) Tambora — The Eruption that Changed the World macroscope.world.coocan.jp/yukukawa/?p=60…

MASUDA Kooiti @masuda_ko_1

Wood (2014) Tambora の本を読んだので覚え書きを書きました。macroscope.world.coocan.jp/yukukawa/?p=60… 火山噴火とコレラをつなぐ話は仮説としてはおもしろいのですが検証困難と思います。(コレラ菌の変異については、わかりません。) @akihito_suzuki